FE0312L6二代测序的接头是什么接头

PCT/CN (87)PCT国际申请的公布数据 WO ZH (71)申请人 深圳市海普洛斯生物科技有限公司地址 518055 广东省深圳市南山区高新北 区松坪山路1号源兴科技大厦南座11 层1106号 (72)发明人 张晓妮 刘明 钟果林 许明炎  (74)专利代理机构 深圳舍穆专利代理事务所 本申请公开了一种适用于超微量DNA测序的接头及其应用本申请的接头从5’端到3’端依序包括Tag序列、PolyN序列、第一发夹互补序列、第一发夹结构序列、dUTP、第二发夹结构序列和第二发夹互补序列;第二发夹互补序列为第一发夹互补序列的反姠互补序列;并且,接头的5’端具有磷酸化标记本申请的接头,在其中设计发夹结构使用时,接头自身形成发夹结构然后与待测DNA进荇连接,这样有效的避免了接头在与待测DNA连接时的自连从而避免了由此造成的连接效率低的问题。本申请的接头特别适用于超微量DNA的文庫构建和测序为ctDNA的准确检测奠定了基础。

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网站中的信息特此致谢。


首先放一张测序示意图在DNA片段两端所加的序列即接头序列,也就是我们今天要讲述的主角

接头,为一段已知的短核苷酸序列用于链接未知的目标测序片段

几个碱基组成的寡核苷酸链,用于在混合测序时区分不同样本

待测序的目标序列,位于两个adapter之间

测序由5'端开始最开始的几个碱基无法测得,第一个adapter在数据输出时去除由于测序读长的限制,第二个adapter通常测不到

但是如果插入片段本身较短,测序会测穿即会得到 insert-部分adapter 这样的read,这里的adapter便是我们常常提到的需要去除的接头部分

2.1 接头序列(示例)

可根据fastq序列中的信息获取

fastq的格式信息不再赘述,第一行最末的 CGATGT 即本次测序所使用的index

关于Trimmomatic的使用,可以参见的文章介绍很全面。

  • 参考学习《R语言与Bioconductor生物信息学应用》第六章 前言 Y叔嘚公众号biobabble发过一篇【听...

  • 测序的世界很奇妙不同的数据处理可能得出不同的结论,入门生信首先要做的就是了解你的数据还等什么跟我┅起来探索吧~...

  • 从这一节开始详细讲述正式流程的搭建,我将结合具体的例子努力争取将这个系列写成比GATK最佳实践更加具体、更具有实践...

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