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首先放一张测序示意图在DNA片段两端所加的序列即接头序列,也就是我们今天要讲述的主角
接头,为一段已知的短核苷酸序列用于链接未知的目标测序片段
几个碱基组成的寡核苷酸链,用于在混合测序时区分不同样本
待测序的目标序列,位于两个adapter之间
测序由5'端开始最开始的几个碱基无法测得,第一个adapter在数据输出时去除由于测序读长的限制,第二个adapter通常测不到
但是如果插入片段本身较短,测序会测穿即会得到 insert-部分adapter 这样的read,这里的adapter便是我们常常提到的需要去除的接头部分
2.1 接头序列(示例)
可根据fastq序列中的信息获取
fastq的格式信息不再赘述,第一行最末的 CGATGT 即本次测序所使用的index
关于Trimmomatic的使用,可以参见的文章介绍很全面。