Blast2GO 本地化方法及注意事项 - 生物信息 - 生物秀
标题: Blast2GO 本地化方法及注意事项
摘要: [Blast2GO 本地化方法及注意事项]http:
www plob org
6113 htmlhttp:
whybiocc blog 163 com blog static
准备工作下载Mysql数据库并安装：http:
www mysql com downloads mysql
。下个Essentials版本的就可以了。然后装上。（出问题自己解决）下载所需的数据文件…… [关键词:数据库 杀毒软件 目录 序列 最大值 测试 蛋白质]……
http://www.plob.org//6113.htmlhttp://whybiocc./blog/static//1. 准备工作
下载Mysql数据库并安装：/downloads/mysql/ 。下个Essentials版本的就可以了。然后装上。（出问题自己解决）
下载所需的数据文件：
http://archive.geneontology.org/latest-full/go_201309-assocdb-data.gz
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz
ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz
以上数据均下载最新的。
下载local_b2g_db_tutorial_0609.zip. 在blast2go的网站上下载。
2. 本地化构建
更改数据存放目录
因为要导入的数据很大，不要默认安装，最好要安装到一个空间比较大的盘上，如果默认安装Mysql数据库的话，所以要改变一下Mysql 的数据存储目录。
查看路径：mysql & show variables like “%dir%”; 在这个命令的结果中会看到datadir的路径，下边就是将这个路径改到别的位置。
改变路径：
停止mysql服务： 更改my.ini中的datadir信息，并将原来的data目录copy到更改以后的路径中；重启服务：net start mysql.
创建数据库和表
在local_b2g_db_tutorial_0609 中有个b2g_db.sql文件，该文件是用来构建b2g数据库和建立相应表的文件，可以直接导入到mysql 中。
原始的这个文件有几个错误，要改一下：
1) 原始第9行：GRANT * , 改为 GRANT ALL.
2) 原始第10行：添加 use b2g;
3) 原始第26行：’description’ text NOT NULL default ‘’, 将default ‘’去掉。
这样，这个文件就可以直接导入了。
导入：sh& mysql –uroot –p password & c:/b2g_db.sql
这样在原来的mysql数据库中就多了一个b2g的数据库，同时这个库中还有三个表。自己查看一下，同时查看一下现在的数据存放目录是否改变了。
导入数据：
下边要导入已经下载好的4个数据文件。先都解压了，数据还是比较大的。
1) 导入go_&YYYYMM&-assocdb-data数据(压缩包1.18G，解压后7.45G)
进入mysql:
sh& mysql b2g –s –b –uroot –p
-s : silent mode: produce less out and speed up
-b : suppress the beep when errors occur
然后 mysql& source c:/go_****-assocdb-data
时间很长，等吧。
导入gene2accession
mysql& load data local infile “path/gene2accession” into table gene2
OK, 无错误
导入gene_info
Mysql& load data local infile “path/geneinfo” into table gene_
导入PIR file(idmapping),这个是做蛋白质比对的 http://pir.georgetown.edu/，如果只做GO的话，可以不导入。
这个需要通过blast2go界面进行导入。Blast2go下的Tools-& DB configuration, 改变db-host, name, password，一般变为localhost, root , ***，然后选择 tools-& import PIR mapping to a local B2G-DB,导入。
这里导入的数据仅仅解决了mapping的步骤，其他的步骤还需要通过网络，并没有本地化，mapping的速度是最慢的，本地化后会快很多。
检测是否构建成功：在blast2go的主界面中点击绿色的箭头，出现图形说明数据库已经建好了。
4. 可能出现的错误
Network Connection Problem Premature EOF.过早结束。这个错误可能是由于杀毒软件造成的，关掉杀毒软件试试。不想关的话，放宽一下杀毒软件的过滤条件试试。
Blast2go的blast步骤需要多作几次，直到最后两次的miss blast一样为止，一般不存在blast结果的序列还是很少的。如果你没有大型的服务器，个人觉得通过NCBI blast反而比自己本地blast要快。
富集分析：有时不报错，但是长时间不出结果，可能是杀毒软件的问题，关掉就很快出结果了。如果P值全为1，也这么做，试试看了。
Could not create the java virtual machine的问题，可能是启动的blast2go需要的内存太多，设定一个小的内存使用量就可以了。
Blast2go 会自动覆盖重复记录。会用后边的记录覆盖前边的记录。如果前面导入的结果为20个hit,后面相同记录为19个hit,那么最终的结果为19个hit.所以再比对nr和swissprot的时候，应该分开计算结果，然后再合并。
Blast2go导入本地blast结果文件，受到序列条目和文件大小的限制，3000条序列一个文件是可以的（测试过），占内存很严重。文件大小在100M左右是可以的。
用独立的blast程序比对swissprot数据库出现问题，xml结果中hit-id不正确，导致blast2go无法识别，可能是formatdb时出现了错误，自己检查一下。
一般GO 分类中，biological process的节点很多，在blast2go中，这步出图的时候总是容易卡死，需要改变一下blast2go配置文件中图形节点的最大值，改大点应该可以出来。
富集分析做barchart的时候，用p-value比较好，可以在图形中显示over 和under。不推荐用FDR。
Blast2go出来的分类饼图是不包括unknown类别的，个人建议用blast2go出来的数据重新画一个分布饼图，将unknown类放进去。
做blast的时候HSP的长度最好设定一下。
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bioinformatics（30）
1. 从/b2glaunch/resources &下载相应资源(
/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5.zip
/data/blast2go/local_b2g_db_tutorial_0809.zip
1.5 (可选,依据mysql版本)
替换b2g_db.sql 里的TYPE=MyISAM & 为 ENGINE=MyISAM&
同上替换go_201110-assocdb-data里:
sed -i 's/TYPE=MyISAM/ENGINE=MyISAM, DEFAULT CHARACTER SET latin1/' go_201110-assocdb-data
2. 编辑后运行tutorial 里download_and_install.sh &或像下面这样手工运行:
3. 编辑并运行b2g_db.sql:
mysql -u root --password=xxx && b2g_db.sql
导入数据时可能出现Variable 'sql_mode' can't be set to the value of 'NULL' 之类的错误, 我的方法是把那行删掉. &然后继续导入:
把剩下的写入新文件:&sed -n '12229,$p' go_201110-assocdb-data & tmp.txt
然后再导入tmp.txt就可以了
12229表示从这行开始(最好包含drop table 那行), $表示文件最后一行
参考知识库
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