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转录组学（transcriptomics），是一门在整体水平上研究细胞中基因转录情况及转录调控规律的学科，从RNA水平研究基因表达情况，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同，...
小RNA是一类长度在20-30nt的RNA分子，主要包括miRNA、siRNA和piRNA等，参与调控基因表达、生长发育、非生物胁迫和病原菌的侵害等过程。小RNA测序是基于Illumina HiSeq2500测序平台对目标物种小...
转录组是指一个活细胞在特定状态下所能转录出来的所有RNA的总和，包括编码RNA和非编码RNA。 转录组测序技术主要是针对转录产物mRNA进行高通量测序，无需了解物种基因组信息，能够...
长链非编码RNAs（long non-coding RNAs，lncRNAs）一般是指大于200 nt的RNA，位于细胞核内或胞浆中，不参与蛋白质编码功能，以RNA形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等...
人类基因组计划开启了基因组学研究的新纪元，推动了科学研究的平台化和规模化。二代测序技术迅速发展，广泛用于各种 DNA 研究，尤其对基因组学研究起到了巨大的推动作用。运用...
全外显子测序是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。是一种选择基因组的编码序列的高效策略，外显子测序相对于基因组重测序成本较...
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来一波Illumina二代测序文库构建原理介绍。一个制备好的Illumina二代测序文库就是含有一堆双链DNA的海洋，其中每一段DNA的5‘和3’部分的序列都是固定的(adapter)，而中间的序列是可以随便变化的。所以测序文库的构建就围绕着如何给未知序列的上下游加上特定的adapter而展开的。Illumina
最经典的建库原理如图1所示：首先将DNA整理成双端都是blunt
ends的形式，然后再用酶给3'端加上一个A(还记得taq酶的PCR产物可以直接和T载体连接吧，一回事)，之后就是用TA连接方法加上Y形adapter，最后用PCR将文库扩增并回收后就可以上机测序了。这个Y形adapter可是很有创意，当时看懂这个的时候感觉五体投地，简直是高。图1. 图片来源：
接下来介绍一种最近兴起的建库方法，基于Tn5转座子的建库方法。具体的不同如图2所示： 首先就是用Tn5酶将adapter连接到DNA双链中，这样两个Tn5插入就可以形成一个完整的文库，之后就用酶将Tn5插入导致的gap修复好，然后经过PCR完成文库扩增。 图2. 图片来源：Tn5本身是一个DNA转座子的转座酶，它可以带着自己的DNA在基因组上到处插入，研究人员就借用了Tn5的这个特点将其用于文库构建。对其中细节感兴趣的读者可以打开图注中的链接仔细研究。368 条评论分享收藏文章被以下专栏收录介绍最新奇的生物技术和有意思的生命科学研究，这里有无数围绕着生物技术运转的行星，欢迎大家前来分享好东西！【图文】DNA第2代测序技术_百度文库
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DNA第2代测序技术
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你可能喜欢二代测序数据常用的pipeline浅谈
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|系统分类:|关键词:二代测序软件|
& & & &测序的发展以及成本的降低迅速地推动了微生物生态的研究和发展，使之在过去的十年里成为一个研究热点。下面就介绍下目前用于二代数据分析常用的pipeline:1. Mothur &由密西根大学(University of Michigan) 的Dr. Patrick Schloss领衔的团队开发的，其团队还开发有DOTUR和SONS软件。Mothur的特点是可以本地运行，相对易学，有非常详细的SOP，比较适用于新入门的研究人员。且其团队每隔一定时间会更新软件的版本，增加一些新的命令，在二代测序数据分析方面有较强的竞争力。配合一些数据可视化的软件，诸如R语言，SPSS，Origin, Sigmaplot等，就可以做出很多高质量的图。2. QIIME 由科罗拉多大学博尔德分校(Univeristy of Colorado at Boulder) 的Professor Rob Knight领衔的团队开发的，其全称是Quantitive Isights Into Microbial Ecology, 该软件的特点是安装及命令较Mothur要繁琐一些，运用软件的自由度也高一些，但是其融合了一些统计分析的命令，且可以直接生成一些可直接用于发表的高质量的图。此外，我想补充一点的是，该校是坐落在山脚下的一所非常美丽的学校。3.Uparse (&由来自Tiburon, California的独立研究员Robert C Edgar开发的，他还开发了一些非常优秀实用的软件(，Uparse的特点就是数据处理速度快，但是难免出错的概率就会大一些。对于大量数据的处理，有一定的帮助。4. RDP pipeline (&由密西根州立大学的美国科学院院士James M. Tiedje以及Jame R. Cole领衔的团队开发的，RDP的特征是在线的，对于国外用户，要首先将自己的数据传输到他们在美国的服务器上，然后才能开始分析，这是制约利用他们这个pipeline分析数据的主要因素，但是近年来他们也在考虑做一些命令，以实现在本地的运行及处理数据。该团队还做了一些功能基因的数据库以及分析流程 (，推动了功能基因多样性的研究和发展。这个团队里面有两个非常厉害的中国人，Qiong Wang和Bneli Chai。 & & & &此处，分享一个运用Uparse和QIIME来进行分析的pipeline (。 & & & &总结，Mothur和QIIME还是相对用得较多的软件来分析二代测序的数据，但是各有千秋，没有谁比谁更好这一说。这里引用一下胡兴伟在科学网上发表的一篇博文(，以供大家学习。同时也有很多的工作人员来解决研究人员在分析过程中遇到的问题，bug（有专门的论坛供研究人员交流）以及软件的更新，举办workshop等等来推动这些软件的应用和发展。&
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【求教】二代测序怎么做
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弥漫大B复发咨询克晓燕主任，让做二代测序，华西医院做不了，想请教下如果要做二代测序应该怎么做，哪里做的最权威，谢谢。
祝大家圣诞快乐
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武汉同济医院做
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天津血研所也做
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弥漫大B复发一般都有基因问题，所以，必须做二代测序
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猎豹刚哥 发表于
弥漫大B复发一般都有基因问题，所以，必须做二代测序
怎么做？怎么联系？需要什么东西？
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楼主，你就找个能做测序业务的医院，一般就是医院有这个业务也是把血样交给公司去做，现在的二代测序都是全自动仪器，谁做结果都一样。
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你可以问问血液科的医生，哪个医院能做，如果实在没人告诉你，南方做的比较有名的是华大基因，你打个电话问问他们有没有这个业务，去哪个医院采血，现在流感高发期，没有必要为这个特地跑外地去。
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daisy8098 发表于
你可以问问血液科的医生，哪个医院能做，如果实在没人告诉你，南方做的比较有名的是华大基因，你打个电话问 ...
好的，非常感谢！
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可到武汉同济医院做
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攒人品 发表于
这个我做过，克主任那边有，合作方的是上海源奇生物。费用五千左右，和做病理差不多，蜡块或者新鲜组织。不 ...
您是什么分型啊
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据说抹上就能吃饭，2天恢复，效果杠杠的
快递切片，我们就能帮你会诊专家
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