反义lncRNA调控邻近基因的经典模式与例外。...
在上一期LncMyoD的文章中，作者在选择lncRNA做作为研究对象时，除了从RNA-Seq数据出发，考虑lncRNA的差异表达外，还从lncRNA与邻近基因的位置关系出发，选取了与编码基因MyoD处于邻近关系的LncMyoD作为研究对象，并通过CHIP-PCR、荧光素酶报告基因实验证明了MyoD对LncMyoD起到转录激活的作用。
一般来说，根据了lncRNA与邻近编码基因的关系，可以将其分为五类：
antisense , intronic, intergenic和bidirectional。我们前面讲过一个分子lincRNA-P21就是intergenic这一类，全称是 large(long) intergenic non coding RNA P21。
我们今天说的主角是一类antisense（反义）lncRNA，简单来说就是lncRNA与编码基因分别位于DNA的正义链和反义链上并有一定的重叠（overlap）关系，而且这种lncRNA的命名方式也不复杂：基因+AS（antisense），比如：lncRNA BACE1-AS就是与编码基因BACE1处于antisense关系的一条lncRNA。
这类lncRNA一直是文章和基金关注的重点，我们选取2016年部分中标基金：
LncRNAUCHL1-AS1在人肝癌中的生物学作用及分子机制研究 一个新的lncRNAZEB1-AS1调控ZEB1及其下游靶分子长链非编码RNAA FAP1-AS1促进鼻咽癌侵袭转移的机制研究长链非编码RNA—HNF1A-AS1对肝癌的抑制作用及其分子机制长链非编码RNA HOXD-AS1调控HOXD3表达介导结直肠癌转移的功能及分子机制研究TAZ激活长链非编码RNA Zeb2-AS1促进口腔鳞癌侵袭转移的分子机制研究长链非编码RNA HIF1a-AS1通过调节内皮细胞功能影响动脉粥样硬化发病的机制研究LncRNA-MNX1-AS1促进胆囊癌增殖转移的机制及其潜在诊断治疗价值GATA3-AS1在支气管哮喘CD4+T细胞功能调控中作用机制的研究长链非编码RNALBX1-AS1在青少年特发性脊柱侧凸发病中的调控机制研究长非编码RNAFAM83H-AS1调控非小细胞肺癌恶性进展的机制研究部分文章：
Long non-coding RNA FEZF1-AS1 facilitates cell proliferation and migration in colorectal carcinoma. Oncotarget. 2016 Feb 3. Upregulated long non-coding RNA AFAP1-AS1 expression is associated with progression and poor prognosis of nasopharyngeal carcinoma.Oncotarget. 2015 Aug 21HOXD-AS1 is a novel lncRNA encoded in HOXD cluster and a marker of neuroblastoma progression revealed viaintegrative analysis of noncoding transcriptome.BMC Genomics. 2014The long non-coding RNA HNF1A-AS1 regulates proliferation and metastasis in lung adenocarcinoma.Oncotarget. 2015 Apr Upregulation of long noncoding RNA ZEB1-AS1 promotes tumor metastasis and predicts poor prognosis in hepatocellular carcinoma.Oncogene. 2016 Mar 24大家可以把基金和文章一起看，找找灵感。那么，这类反义lncRNA与邻近基因之间的关系是怎样的呢？
我们先说经典模式：反义lncRNA通过与邻近基因的mRNA形成RNA-RNA二聚体，提高邻近基因mRNA的稳定性，从而上调邻近基因表达。
1. Expression of a noncoding RNA is elevated in Alzheimer's disease and drives rapid feed-forward regulation ofbeta-secretase.
lncRNA BACE1-AS与BACE1mRNA形成二聚体，降低RNA酶对BACE1mRNA的降解。
2. Long non-coding antisense RNA KRT7-AS is activated in gastric cancers and supports cancer cell progression by increasing KRT7 expression.Oncogene. 2016 Feb 15.
3. Long noncoding RNA FGFR3-AS1 promotes osteosarcoma growth through regulating its natural antisensetranscript FGFR3.Mol Biol Rep. 2016 Mar 29.
当然也有例外，比如：
1. Long non-coding RNA FEZF1-AS1 facilitates cell proliferation and migration in colorectal carcinoma. Oncotarget. 2016 Feb 3.
FEZF1-AS1 能够上调FEZF1表达，不过却没有与FEZF1 mRNA形成二聚体。
2. Upregulated long non-coding RNA AFAP1-AS1 expression is associated with progression and poor prognosis of nasopharyngeal carcinoma.Oncotarget. 2015 Aug 21;
FEZF1-AS1 表达沉默后FEZF1蛋白表达上调，mRNA表达水平变化不显著，作者推测FEZF1-AS1可能影响的是FEZF1的翻译或者降解。
实际上，所谓的经典模式只是常见的一种方式而已，反义lncRNA调控邻近基因的方式还有很多种，所以也会有很多例外。
最后呢，我们补充说明两点：
1. 反义lncRNA与邻近基因之间可能没有表达调控关系。2. 能够发挥经典调控模式，即与基因的mRNA形成二聚体提高其稳定性的也不一定是反义lncRNA，甚至有可能是编码基因的mRNA。That's all. Thank you!
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科学家首次揭示lncRNA基因的详细作用机制
摘 要：　　加州理工学院的科学家说他们已经发现了长非编码RNA（lncRNA）可以调节的关键基因。　　通过研究一种叫做Xist的重要lncRNA，
　　加州理工学院的科学家说他们已经发现了长非编码RNA（lncRNA）可以调节的关键基因。
　　通过研究一种叫做Xist的重要lncRNA，研究人员发现这种RNA聚集一组蛋白质，最终阻止妇女有一个额外的功能的X染色体，这是导致女性胚胎发育早期死亡的一个条件。
　　这是研究人员首次揭示出lncRNA基因的详细作用机制。
　　＂多年来，我们都只是将基因视作为是编码蛋白质的DNA序列，而这些基因只占大约1%的基因组。哺乳动物基因组还编码了成千上万的lncRNAs。＂该研究的领导者、生物学助理教授Mitch Guttman说。
　诸如Xist一类的lncRNAs发挥着重要的结构作用，充当了支架&&聚集并组织了参与基因表达和干细胞分化等一些细胞和分子过程的关键蛋白。
　　所有的女性出生时每个细胞中都有两条X染色体，一条遗传自母亲，另一条遗传自父亲。相比之下，男性只有一条X染色体和一条Y染色体。然而，像男性一样，女性只需要一个拷贝的X染色体基因&&有两个拷贝是一种异常情况，可以导致发育早期死亡。基因组通过&关闭&每个细胞中的一条X染色体绕开了这些问题。
　　以前的研究表明，Xist对于这一过程至关重要，其通过某种方式阻止X染色体上的基因转录做到了这一点。但由于Xist不是一种传统的蛋白质编码基因，直到现在研究人员也难以弄清楚Xist阻止转录及关闭整条染色体的确切机制。
　　&要开始了解是什么让一些lncRNAs如此特异，以及它们如何控制所有这些不同细胞过程，我们需要去认识lncRNA基因发挥作用的机制。由于Xist是如此重要的一个分子，大家皆知它的作用，试图剖析它和其他lncRNAs发挥作用的机制看起来是一个大的系统工程。&　Guttman博士继续说。
　　用一种新的方法，称为反义RNA纯化和质谱（rap-ms），研究人员提取和纯化XIST lncRNA分子，以及小鼠胎干细胞中直接与Xist相互作用的基因蛋白。随后，加州理工学院蛋白质组探索实验室的合作者应用一种叫做定量质谱法的技术鉴别了这些互作蛋白。
　&RNA通常只遵守一条规则：与蛋白质结合，rap-ms就像分子显微镜识别RNA到蛋白质相互作用。RAP-MS将提供有关lncRNAs如何发挥功能组织蛋白质，转而调控基因表达的一些极其重要的认识。&哈佛大学干细胞和再生生物学副教授John Rinn （未参与这一研究）说。
　　将这一技术应用于Xist揭示出了10种与Xist相互作用的特异蛋白质。其中有三个蛋白SAF-A (Scaffold attachment factor-A), LBR (Lamin B Receptor)和SHARP (SMRT and HDAC associated repressor protein)对X染色体失活至关重要。Guttman说：&在这项实验之前没有人知道Xist沉默X染色体转录所需的单个蛋白，借助这种方法我们立即发现了这三个必需的蛋白。如果你失去其中的一种蛋白，Xist就无法发挥作用&&在发育过程中它将不会沉默X染色体。
　　这些新研究结果提供了lncRNAs如何在一个细胞过程中起作用的第一个详细图像。通过进一步的(/sell/76/)，研究人员发现这三个蛋白发挥了三种不同但至关重要的作用。SAF-A帮助连接了Xist和所有到达X染色体DNA上的搭便车的蛋白质，在这里LBR重塑了染色体使得它不太可能表达。Guttman和同事们发现实际的&沉默&工作是由第三个蛋白SHARP完成。
　　要让一条染色体的基因生成功能性蛋白质，首先必须通过RNA聚合酶II将基因转录为RNA。Guttman和他的研究小组发现SHARP将聚合酶排除于DNA之外，因此阻止了转录和基因表达。
　　这一信息将有可能很快获得临床应用。Xist lncRNA定位在X染色体上因此沉默了它。以往的研究证实可以利用这一RNA和它的沉默机器来失活其他的染色体&&例如存在于唐氏综合症个体内的第三条21号染色体。
　　Guttman 说&&我们正开始理清lncRNAs发挥作用的机制。例如，我们现在知道了Xist是如何定位到X染色体上的一些位点，以及它是如何沉默转录，如何改变DNA结构的。让我们感到真正兴奋的一件事是，我们有可能利用lncRNAs的这一原理，让它们在基因组四处移动，利用它们作为治疗(/)来靶向疾病中特异的缺陷信号通路。&点击次数：
越来越多的研究表明，lncRNA与癌症的发生存在密切的关系。lncRNA可通过多种途径调节DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重构和作为miRNA 的前体。内源性miRNA 的研究已取得重要的成果，像miRNA一样， lncRNA 在疾病诊断和治疗上也代表了另一个重要的分子来源。目前的研究表明,lncRNA表达水平上的差异或某些癌症类型特异型lncRNA的表达，可作为肿瘤诊断和治疗的新分子标志物。在肿瘤病人的血液、尿液和痰中可发现癌症特异性的miRNA。同样，研究发现lncRNA也可作为某些特殊类型癌症的液体分子标记物，如lncRNA DD3( 也称PCA3)已被定位前列腺癌高度特异的核酸分子标志物，其特异性高于血清前列腺癌特异性抗原( PSA)。下面就介绍几个与肿瘤相关的lncRNA。
表1 部分已知lncRNA与相关疾病
H19 是第一个被发现的非编码RNA 基因，它在多种癌症中如食道癌、结肠癌、肝癌、膀胱癌和转移性肝癌等都异常表达。但是H19具有癌基因和抑癌基因的双重功能。比如在肝癌、前列腺癌中H19表达量升高，发挥了类似于癌基因的作用；在结肠癌细胞株和原发性结肠癌中，H19 作为miR-675 的前体，表达量上调。miR-675具有下调抑癌基因RB表达的作用，因此H19在结肠癌细胞株和原发性结肠癌中发挥了癌基因的作用。相反，在对结肠癌、畸胎瘤、肝癌等模型的研究中发现，缺少H19可促进肿瘤的发生或肿瘤的增大，这显示H19在肿瘤中起抑癌基因的作用。最新的研究显示，P53，HIF1-α和H19 之间存在相关性。实验显示，体外过表达HIF1-α和同时抑制P53 基因表达可协同提高肿瘤细胞中H19的表达水平；且在P53 突变型细胞或无P53的肿瘤细胞制备的移植瘤体内，H19的表达水平同样显著提高。H19作为癌基因还是抑癌基因的差异主要是由于lncRNA 的双功能的自然特性或可能依不同的背景而定，然而H19准确的功能和生物学作用仍有待进一步确定。
HOX 基因的反义基因间RNA( HOX antisense intergenic RNA，HOTAIR) 是一个长度为2.2 kb 的基因，定位在哺乳动物12q13. 13 上HOXC位点，不编码任何蛋白质。这个非编码RNA在原发性和转移性乳腺癌中显著上调，高出正常乳腺组织2000倍，而且HOTAIR 的表达与肿瘤转移和预后有关。同样的，与正常非癌变的结肠组织比,HOTAIR在结肠癌组织中的表达量增加，而且高表达HOTAIR的病人预后差。有研究表明，HOTAIR与哺乳动物多梳蛋白抑制性复合物2( PRC2) 密切相关，而PRC2介导了发育过程中控制分化的几千个基因的转录表达。HOTAIR可至少连接两个不同的组蛋白修饰复合物，从而充当一个脚手架的作用，如其5’端区连接PRC2 复合物，负责H3K27 的甲基化；3’区连接LSD1（组蛋白赖氨酸去甲基化酶）介导H3K4me2 的去甲基化。最近，Chou等通过RNA纯化染色体分离结合测序技术研究发现，HOTAIR能与更广泛的PRC2 和H3K27连接，表明HOTAIR 同染色体的相互作用与PRC2 的重定位和基因沉默相关。目前，尽管HOXAIR 重编程染色体状态而启动癌症的转移是清楚的，但是HOTAIR 活性的准确作用机理仍有待阐明。
母系表达基因3 ( materally expressed gene 3，MEG3) 是第一个被发现有肿瘤抑制功能的lncRNA。MEG3是由10 个外显子组成的单拷贝印迹基因，到目前为止，由于不同的剪接方式共发现12 个MEG3表型，每个表型包含共同的外显子1-3 和8-10。而外显子4-7 则有不同的链接方式；同时，MEG3 基因的最后几个内含子可编码miR-770。在结构上，12个不同表型的MEG均具有3 个明显的二级结构域。功能上，MEG3能与cAMP、P53、鼠双微基因2( MDM2)和生长分化因子15 相互作用，MEG3 作为调控性RNA 可通过依赖性和非依赖性P53 而起作用。MEG3本身的表达受表观遗传学的控制，在多种癌症类型中MEG3 存在异常CpG 甲基化。MEG3 表达于多种正常组织中，特别在脑组织呈现高表达，然而，在脑癌及一些肿瘤细胞株中不表达，说明MEG3 具有肿瘤抑制因子的作用。Zhang等报道，MEG3 与脑膜瘤的病理发生、临床进展相关，在正常脑膜细胞高表达，而在大多数人脑膜瘤组织或细胞株中不表达，同时MEG3 表达的缺失与肿瘤的分级存在强烈的相关性。最新研究显示，MEG3 与神经胶质瘤增殖相关，MEG3 的异位过表达抑制细胞增殖，诱导细胞凋亡。从功能上看，MEG3 抑制脑膜瘤细胞的DNA 合成及细胞集落的形成，而且刺激P53 介导的转录活化。在对多发性骨髓瘤、急性髓性白血病、骨髓增生异常综合症病例MEG3 基因启动子差异性甲基化区的甲基化状态分析发现， 57%的多发性骨髓瘤存在异常的甲基化谱，并且甲基化谱与疾病的亚型和疾病的阶段具有相关性，同时发现， 34.9% MDS和47.6%的急性骨髓性白血病有异常甲基化，但在甲基化状态与核型、疾病亚型和预后评分系统间没有重要联系。目前，MEG3在细胞生物学上的重要性及在肿瘤发生的作用还在不断研究中。
肺腺癌转移相关转录因子1 ( metastasis-associated lung adenocarcinoma transcript 1，MALAT1)广泛表达于正常人组织、成年人脑组织中，且呈现高水平表达，敲除小鼠成神经瘤细胞株的MALAT1 基因后影响了神经原轴突与树突发育相关的基因的表达，提示MALAT可能与神经系统的发育有关。有报道指出，在多种人肿瘤包括前列腺癌、结肠癌、肝癌、子宫癌中MALAT1 表达上调。Xu等发现在结肠癌病人中MALAT1 的3'末端存在突变，而MALAT1的一个重要生物功能域就定位在此突变区。另有研究者通过qRT-PCR对9例肝癌细胞株和112 例肝癌病例包括60例已获得肝移植的病例进行了MALAT1表达分析，他们发现无论在癌细胞株还是临床病例中，MALAT1的表达均上调，而且在MALAT1高表达的病例中，肝移植后的病例也更易复发，因此经多研究分析，MALAT1可作为预测肝癌复发的一个重要生物标志。同时，在HepG2 细胞中，抑制MALAT1表达能有效降低细胞活力、流动性和侵袭力，并增加细胞对凋亡刺激的敏感性。研究还发现高水平MALAT1与转移密切相关，多项研究提示MALAT1调控细胞的流动性。例如沉默MALAT1表达将阻止肺腺癌细胞体外的迁移，减少宫颈癌细胞的增殖和侵袭潜力。
(Tripathi, V., J. D. Ellis, et al. 2010. &The nuclear-retained noncoding RNA MALAT1 regulates alternative splicing by modulating SR splicing factor phosphorylation.& Molecular cell.)
ANRIL是细胞周期激酶抑制因子4b( INK4b) 位点的反义非编码RNA ( antisense non-coding RNA in the INK4 Locus)，其表达与INK4a的表观遗传学沉默相关。
INK4b-ARF-INK4a 位点在调控细胞周期、细胞衰老、干细胞的自我更新和调亡中具有重要的作用。ANRIL的异常表达和单核苷酸多态性与包括癌症在内的一些疾病有关。而且，INK4b-ARF-INK4a在白血病、黑色素瘤、肺癌和前列腺癌等多种肿瘤中易发生缺失和高甲基化。另有证据表明ANRIL是介导INK4b-ARF-INK4a沉默的机制之一。像HOTAIR 连接PRC2 和LSD1 复合物一样，ANRIL可连接两个多梳抑制复合物PRC1、PRC2，从而导致ANRIL/PRC 介导INK4b-ARFINK4a基因沉默，然而，需要进一步阐明的是ANRIL与染色体调控因子是如何相互作用的。
随着人们对lncRNA 在肿瘤发生中作用的认识，人们开始着手开发以lncRNA 为靶点的新药。尽管对lncRNA 作用的分子机制的认识还相当有限， lncRNA 有可能成为临床肿瘤治疗的理想靶点。
编辑: gaowei2010
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【专题讨论】lncRNA研究专题讨论答疑贴
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如何在UCSC上查找某一基因nearby的可能的lncRNA，或者说知道它的exon、ORF size、 start/end code等信息？谢谢各位老师
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能介绍下starbase数据库的用法吗?
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请问一下，lncRNA逆转录需要特异性的引物吗？
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能介绍下starbase数据库的用法吗?starBase的首页上有专门的用法 。starBase是非常容易使用、全面和结构可靠，从2011年发表至今，已经被国内外的同行引用超过300次（Google Scholar）。
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用CRISPR技术可以完全敲除掉lncRNA吗
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请问放在-80℃的血清，其中的lncRNA能保存多久？
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kittyyaoyao 用CRISPR技术可以完全敲除掉lncRNA吗可以，已经有很多文献做相关的实验。但是敲除lncRNA的时候有很多需要注意的问题，如：可能lncRNA那个座位上有转录因子/其他调控因子的结合位点，那么敲除后的表型可能是这些结合位点引起的，而不是lncRNA引起的。lncRNA功能研究的相关注意事项可以查看Elife上发表的论文:Considerations when investigating lncRNA function in vivo. Elife. 2014 Aug 14;3:e03058
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感谢的精彩解答，想请教您， 如何用UCSC查看一个基因或lncRNA的保守性？能否稍详细解答下操作步骤！生物信息分析初学者，对UCSC系统完全不了解，在UCSC genome browser输入基因名字后出来的界面完全看不懂！ 多谢多谢！
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freegoto 感谢的精彩解答，想请教您， 如何用UCSC查看一个基因或lncRNA的保守性？能否稍详细解答下操作步骤！生物信息分析初学者，对UCSC系统完全不了解，在UCSC genome browser输入基因名字后出来的界面完全看不懂！ 多谢多谢！网上应该有很多UCSC Genome Browser的使用手册和PPT，UCSC Genome Browser对研究编码基因和非编码RNA都非常有用。查看基因或lncRNA的保守性，主要是要选择“” track，然后查看基因或lncRNA的exon对应的conservation track的peak高度，peak越高保守性越强。
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yjhua2110 edited on
最近一个新的 （http://mirlab./starscan/） ：StarScan基于降解组测序（degradome sequencing）数据预测动植物的各类小RNA(miRNA，piRNA和内源的siRNA)靶向的lncRNA，circRNA，pseudogene和mRNA的软件服务平台。目前已经整合了20个动物和植物的物种的降解组测序数据。StarScan能预测动植物各类小RNA的靶标，包括长非编码RNA(lncRNA)、环状RNA（circRNA）、编码基因和假基因等。例如：能够预测人类已知的hsa-miR-671切割环状RNA (CD1AS， 是一个miR-7超级海绵)分子。
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yjhua2110 edited on
lncRNA新手，请教 一个简单的问题，预测lncRNA的蛋白编码潜能，UCSC的txCDSpredict
以及PhyloCSF软件预测 的值 界于什么范围时，支持它是一个lncRNA而不翻译蛋白呢。谢谢！
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sysu284 lncRNA新手，请教 一个简单的问题，预测lncRNA的蛋白编码潜能，UCSC的txCDSpredict
以及PhyloCSF软件预测 的值 界于什么范围时，支持它是一个lncRNA而不翻译蛋白呢。谢谢！我看UCSC Genome团队的txCDSpredict预测分值是&600就认为是具有编码蛋白的潜能。我看文献报道PhyloCSF这个软件取的阈值是&20为预测的lncRNA。
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yjhua2110 edited on
楼主大神，XLOC_002908这个lncRNA的ID如何转换成noncode上的ID啊！麻烦您指点指点
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zhonglintao 楼主大神，XLOC_002908这个lncRNA的ID如何转换成noncode上的ID啊！麻烦您指点指点XLOC_002908应该是Broad Institute的rinn实验室发表在Gene Dev上的lncRNA，它在UCSC上的ensembl编号为ENSG; RP11-298O21.2; ENSG.1; OTTHUMG.1。
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yjhua2110 edited on
楼主 SAM可以用来分析差异表达的microRNA吗，比如在GEO上下载一个lncRNA的表达谱，有疾病和正常的对比，想找出其中的差异基因，可以用SAM吗，如果不能，还能用什么软件呢，感激涕零T_T
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sunnyleeyue 楼主 SAM可以用来分析差异表达的microRNA吗，比如在GEO上下载一个lncRNA的表达谱，有疾病和正常的对比，想找出其中的差异基因，可以用SAM吗，如果不能，还能用什么软件呢，感激涕零T_T只要是microarray的表达谱数据，应该都是可以用SAM来分析的，也可以用R上的Limma包分析。如果是测序数据一般都不能用SAM分析。
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大家好，最近在做lnRNA的实验，由于实验室之前都没有人涉及过，有好多地方不是特别懂？最简单的来说，我要针对测序得出的lnRNA设计引物的话，应该从哪开始？？？
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请问楼主，lncRNA有一种作用叫做内源性分子海绵，这是什么意思啊，您能帮我解释一下吗？先谢过了
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楼主大大，怎么证明一个lncRNA与一个mirRNA相互作用！能不能具体点，先谢谢了
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CLIP-seq与RIP-seq的区别是什么CLIP-seq:其主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生耦联，以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后，回收其中的RNA片段，经添加接头、RT-PCR等步骤，对这些分子进行高通量测序，再经生物信息学的分析和处理、总结，挖掘出其特定规律，从而深入揭示RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用及其对生命的意义RIP-seq:RNA Immunoprecipitation是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，能帮助我们发现miRNA的调节靶点。这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。两者都是研究RNA与蛋白，所以搞不懂这两者究竟有什么区别？麻烦楼主大大指点一二
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zhonglintao 请问楼主，lncRNA有一种作用叫做内源性分子海绵，这是什么意思啊，您能帮我解释一下吗？先谢过了lncRNA作为内源性海绵分子是基于它可以跟miRNA作用，跟另外具有相同miRNA作用的蛋白基因竞争性吸附miRNA。目前很多报道的lncRNA的作用是通过这种作用机制的。最明显的就是PTEN和PTENP1这个假基因的互作作用或称为互为CeRNA。这专题的讨论前面的帖子有相关的文献。
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楼主大大，从结果上看，哪一个相对可靠，也就是我看那个指标去判断结果的可靠度（但从计算机软件预测角度来看），麻烦楼主了！
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zhonglintao 楼主大大，从结果上看，哪一个相对可靠，也就是我看那个指标去判断结果的可靠度（但从计算机软件预测角度来看），麻烦楼主了！你可以根据bioComplex（实验支持的数目）和点击target site看看配对的种子区类型（8mer&7mer&7mer-A1&6mer）以及cancer number（负相关分析支持的癌症类型数目）。
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yjhua2110 你可以根据bioComplex（实验支持的数目）和点击target site看看配对的种子区类型（8mer&7mer&7mer-A1&6mer）以及cancer number（负相关分析支持的癌症类型数目）。非常感谢楼主！
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yjhua2110 XLOC_002908应该是Broad Institute的rinn实验室发表在Gene Dev上的lncRNA，它在UCSC上的ensembl编号为ENSG; RP11-298O21.2; ENSG.1; OTTHUMG.1。 楼主大大，先感谢您的细心回答，告诉我这么具体的信息，还有就是您怎么把这个ID转换的，方法是什么（如在那个数据或者网站上转换）
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鸟蛋，完全是鸟蛋啊，只准备在实验室待一年，只知道是lncRNA是长链非编码RNA，实验技术：会养细胞，会做Western blot，qPCR做的不太好，实验室老板让搞lncRNA，已经测序完成，一年时间能做出来点什么吗？专业学位外科学，马上研二，各位老师，指条明路呀，跪了。。。。。。。。。。。。。
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zhonglintao
楼主大大，先感谢您的细心回答，告诉我这么具体的信息，还有就是您怎么把这个ID转换的，方法是什么（如在那个数据或者网站上转换）你这个ID：XLOC_002908放到google搜索就会出来，搜索结果可以发现在http://www.lncipedia.org/这个lncRNA数据库可以找到这个lncRNA的各种描述。
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zhonglintao CLIP-seq与RIP-seq的区别是什么CLIP-seq:其主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生耦联，以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后，回收其中的RNA片段，经添加接头、RT-PCR等步骤，对这些分子进行高通量测序，再经生物信息学的分析和处理、总结，挖掘出其特定规律，从而深入揭示RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用及其对生命的意义RIP-seq:RNA Immunoprecipitation是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，能帮助我们发现miRNA的调节靶点。这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。两者都是研究RNA与蛋白，所以搞不懂这两者究竟有什么区别？麻烦楼主大大指点一二最大的区别是：CLIP-Seq是可以鉴定RNA结合蛋白的确切的结合位点（有些时候可以达到单个核苷酸精度，非常高的精度）。而RIP-Seq只能够鉴定RNA结合蛋白结合了哪些RNA，不知道结合的位点。CLIP-Seq比RIP-Seq的特异性高很多。如：Ago的CLIP-Seq就能鉴定Ago的结合位点，即某些miRNA的靶标位点。CLIP-Seq已经发展出非常多的相似的方法，包括：HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH, hiCLIP等等，这些技术方法及其应用很多都发表在NCS及其子刊杂志上。
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楼主大神，我是一名研究lncRNA的新手，最近用芯片筛选出来了一些LncRNA，不知道该如何下手研究。请问我用UCSC查找过芯片返还回来的seqname，有的的BIOTYPE显示是antisense，有的是LNCRNA，有的显示是假基因。大部分的ENST开头的RNA都可以查到biotype，但是NR或者uc开头的seqname在UCSC上查询就查不到biotype是什么。1.请问哪一种BIOTYPE的lncRNA更好研究呢？然后查不到biotype的那些RNA应该去哪里查它们的BIOTYPE呢？2.我用UCSC预测它们的序列，然后用网站合成它们的引物 这样可靠吗?
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偷猪趁天黑 楼主大神，我是一名研究lncRNA的新手，最近用芯片筛选出来了一些LncRNA，不知道该如何下手研究。请问我用UCSC查找过芯片返还回来的seqname，有的的BIOTYPE显示是antisense，有的是LNCRNA，有的显示是假基因。大部分的ENST开头的RNA都可以查到biotype，但是NR或者uc开头的seqname在UCSC上查询就查不到biotype是什么。1.请问哪一种BIOTYPE的lncRNA更好研究呢？然后查不到biotype的那些RNA应该去哪里查它们的BIOTYPE呢？2.我用UCSC预测它们的序列，然后用网站合成它们的引物 这样可靠吗?1. 因为很多预测的lncRNA可能会重叠于蛋白基因或具有编码潜能，挑选antisense 且不重叠蛋白基因的lncRNA以及lincRNA会更好些。具体选哪个要根据你的实验设计。其实很多查不到biotype的NR或uc可以在UCSC Genome Browser上看看它对应ENST是哪个基因及其biotype来解决。2. 因为UCSC整合了各大基因资源（ENSEMBL, RefSeq等），UCSC上给出的序列是准确和可靠的。
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好的。谢谢，我再推敲推敲。找到候选的研究对象
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先回复一下，漫漫看：）
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