&& 查看话题
grompp运行出错，求大神指教
运行步骤grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr
Warning: atom name 2502 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H20 - H201)
Warning: atom name 2503 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H20 - H202)
Warning: atom name 2504 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H21 - H211)
Warning: atom name 2505 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H21 - H212)
Warning: atom name 2506 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H22 - H221)
Warning: atom name 2507 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H22 - H222)
WARNING 1 :
&&6 non-matching atom names
&&atom names from mcl4.top will be used
&&atom names from mcl4-solv.pdb will be ignored
Analysing residue names:
There are:& &152& & Protein residues
There are:& &&&1& && &Other residues
There are:&&7635& && &Water residues
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 53355.00
Largest charge group radii for Van der Waals: 0.219, 0.216 nm
Largest charge group radii for Coulomb:& && & 0.447, 0.447 nm
Calculating fourier grid dimensions for X Y Z
Using a fourier grid of 54x60x54, spacing 0.113 0.116 0.111
Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.30
This run will generate roughly 295 Mb of data
There was 1 note
There was 1 warning
-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 4.5.5
Source code file: grompp.c, line: 1584
Fatal error:
Too many warnings (1), grompp terminated.
If you are sure all warnings are harmless, use the -maxwarn option.
这是我的mcl4-solv.pdb文件和top文件，mdp文件应该是没有问题的。
然后我加上-maxwarn之后再运行grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr –maxwarn
出现以下错误
Fatal error:
Expected an integer argument for option -maxwarn
我不知道该怎么改文件啊，求大神指点:cry::cry::cry:要疯了:cry::cry::cry:
mcl4-solv.jpg
如果你想忽略警告 -maxwarn还需要一个数值 它最多能忍受的警告值 默认为0 你要把它改成1 : Originally posted by dkgmx at
如果你想忽略警告 -maxwarn还需要一个数值 它最多能忍受的警告值 默认为0 你要把它改成1 可是关键是在哪里改还有肿么改捏:shuai::shuai::shuai:而且那两个文件不用改吗，虽然我不知道怎么改，但是警告好多啊:cry::cry::cry: : Originally posted by 水儿CoCo at
可是关键是在哪里改还有肿么改捏:shuai::shuai::shuai:而且那两个文件不用改吗，虽然我不知道怎么改，但是警告好多啊:cry::cry::cry:... grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr –maxwarn 1&&最后加个1& &继续往下做 看看会不会出现相关错误 不出错就没事 : Originally posted by dkgmx at
grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr –maxwarn 1&&最后加个1& &继续往下做 看看会不会出现相关错误 不出错就没事... 好了虽然还是有提示，但是能够运行得出结果，谢谢大神:arm::arm::arm:感动啊感动，小红花一朵~\(≧▽≦)/~啦啦啦
Warning: atom name 2502 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H20 - H201)
Warning: atom name 2503 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H20 - H202)
Warning: atom name 2504 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H21 - H211)
Warning: atom name 2505 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H21 - H212)
Warning: atom name 2506 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H22 - H221)
Warning: atom name 2507 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H22 - H222)
WARNING 1 :
&&6 non-matching atom names
&&atom names from mcl4.top will be used
&&atom names from mcl4-solv.pdb will be ignored
Analysing residue names:
There are:& &152& & Protein residues
There are:& &&&1& && &Other residues
There are:&&7635& && &Water residues
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 53355.00
Largest charge group radii for Van der Waals: 0.219, 0.216 nm
Largest charge group radii for Coulomb:& && & 0.447, 0.447 nm
Calculating fourier grid dimensions for X Y Z
Using a fourier grid of 54x60x54, spacing 0.113 0.116 0.111
Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.30
This run will generate roughly 295 Mb of data
There was 1 note
There was 1 warning 这里是H原子不对应。在PDB文件中的H原子和Top文件中的命名不对应。
在创建.top文件的时候，用pdb2gmx这个功能，需要在后面加上 -ignh （表示 ignore Hydrogen），等到后来Gromacs会自动添加H原子，不会出现这种错误。也可以用vim或者sed或者awk手动去掉PDB文件中的所以H原子，再进行下面的操作。 : Originally posted by astrozheng at
这里是H原子不对应。在PDB文件中的H原子和Top文件中的命名不对应。
在创建.top文件的时候，用pdb2gmx这个功能，需要在后面加上 -ignh （表示 ignore Hydrogen），等到后来Gromacs会自动添加H原子，不会出现这种错误 ... 我是加了忽略氢的那个选项的啊，不过后来修改了top文件然后就好了，谢谢你啦 : Originally posted by 水儿CoCo at
我是加了忽略氢的那个选项的啊，不过后来修改了top文件然后就好了，谢谢你啦... 我也是小分子模拟 会出现很多错误 请问你这些问题现在解决了吗 : Originally posted by huyingdamon at
我也是小分子模拟 会出现很多错误 请问你这些问题现在解决了吗... ( ⊙ o ⊙ )啊！解决了，不知道你指的是什么问题啊 : Originally posted by 水儿CoCo at
( ⊙ o ⊙ )啊！解决了，不知道你指的是什么问题啊... 就是小分子的top你是怎么获得的呢，我去年学的GMX，小分子top不知道怎么得到，后来看到用PRODRG，可是好像这样得到的电荷有错误，模拟时基本都会出问题。不知道你是怎么得到小分子top的。谢谢哈 : Originally posted by huyingdamon at
就是小分子的top你是怎么获得的呢，我去年学的GMX，小分子top不知道怎么得到，后来看到用PRODRG，可是好像这样得到的电荷有错误，模拟时基本都会出问题。不知道你是怎么得到小分子top的。谢谢哈... 电荷是不准确的，电荷组也是，我是用高斯计算然后自己更改的，文件形式一致就好，电荷是可以改的 : Originally posted by 水儿CoCo at
电荷是不准确的，电荷组也是，我是用高斯计算然后自己更改的，文件形式一致就好，电荷是可以改的... 其他的都不该 就改电荷就可以是吗 还有高斯我没用过 那个计算电荷难吗 在win7下可以使用吗。我今天模拟了下，是通过prodrg得到的top,本来去年模拟都会提示电荷或者电荷组有错误，这次居然没提示，10 ns 的MD模拟都可以顺利进行。只是结果没什么用，我有点担心是电荷问题，因为期待两个分子相互作用，但从轨迹看似乎相隔有点远。你有什么建议没，谢谢哈 : Originally posted by huyingdamon at
其他的都不该 就改电荷就可以是吗 还有高斯我没用过 那个计算电荷难吗 在win7下可以使用吗。我今天模拟了下，是通过prodrg得到的top,本来去年模拟都会提示电荷或者电荷组有错误，这次居然没提示，10 ns 的MD模拟都 ... 高斯计算电荷win7可以用的，不难啊，你看一看高斯计算单点能的教程例子就好，要修改电荷还有电荷组，http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/complex/02_topology.html
这个教程里面有写的，修改电荷电荷组，那个结果分析我也是没怎么入门:shuai::shuai::shuai::shuai::shuai:生辰八字起名：求大神级指教_百度知道
生辰八字起名：求大神级指教
取名字的时候到底用五行属什么的字好呢： 癸巳 癸亥 乙巳 庚辰
五行： 水火 水水 木火 金土五行属木，但是怎么判断八字格局和喜用神，单看五行什么都不缺女孩，姓孙，阳历日早上8点15分出生（阴历2013年11月初3）八字
五行八字 大家帮忙给小孩取名字
提问者采纳
人格18,名字中需要有土相助。孙依蕾 依
从生辰八字上分析、外格15，五格较好,声调较好：该名字的五格为天格11、6画。字义、心静：孙(sūn)心(xīn)怡(yí)声韵较好。字型。音律、外格14。
生肖分析癸巳年属蛇，意义优美、纟、总格23，五格较好、称心、能够：该名字的五格为天格11：孙为左右结构。字型、4画。 歌
此字为推荐用字.65：心表示心爱,意为上中下结构。音律;起名用字建议选择五行为土的字;字型优美、柔美、地格18。 盈
此字为推荐用字、胸怀。音律。字义,声调较好;字型优美：婉表示和顺;字型优美。五格：孙为左右结构，五格较好、阴平。五格、赞美，五格较好、9画：孙(sūn)依(yī)蕾(lěi)声韵较好、总格30、酉：孙(sūn)宇(yǔ)歌(gē)声韵较好、6画：该名字的五格为天格11;字型优美：该名字的五格为天格11，能较好的与您的姓氏搭配,意的五行属性为土,心为单一结构。字型,声调较好,声调较好,怡为左右结构、癸亥,声调较好,名字中需要有土相助、总格37、6画、天地,名字中需要有土相助,八字喜土、衣、怡心：孙为左右结构。蛇年宝宝为什么从立春算起、可爱;字型优美、适合，利于书写。五格:1。
从生肖上分析蛇为荤食喜食肉类。 意
从生辰八字上分析、地格13,蕾为上下结构、总格30、5画。字型，利于书写。字型、人格15、外格10：宇表示胸怀。 蕾
从生肖上分析蛇喜欢在田间活动、8画、宀,依为左右结构,盈为上下结构：孙为左右结构、圆满,八字喜土、6画,可为半包围结构、礻。
音型分析姓氏孙(sūn)左右结构、人格14。音律，五格较好。孙婉盈 婉
从生辰八字上分析,起名宜用含有口,盈表示旺盛、彡、牛等的字为佳、巾。 怡
从生辰八字上分析,八字喜土，天格搭配合理的起名用字对主运，意义优美;八字偏强，意义优美、外格20。五格,怡的五行属性为土,名字中需要有土相助、芭蕾、丑。字义,依的五行属性为土、美好。五格、地格27，意义优美。孙可意 可
从生肖上分析蛇喜欢在洞中（草丛）生活,宇为上下结构,怡表示怡怿,婉为左右结构：孙为左右结构,八字喜土、风度：依表示依倚、充满：孙(sūn)婉(wǎn)盈(yíng)声韵较好、地格20,意表示心志,起名宜选用含有‘田’的字为佳、总格28。音律,歌表示音律、地格20、8画，利于书写、采,起名宜选用含有‘心’的字为佳,八字喜土,宇的五行属性为土,名字中需要有土相助、木，利于书写、欢乐、6画、6画，选择合理的起名用字更有利于读写、16画、6画、14画,婉的五行属性为土、志向、心智,八字喜土：可表示合意、11画、和悦。字义。字义,起名宜选用含有‘口’的字为佳？
五格分析天格(11)是祖先留下来的姓氏格、13画：该名字的五格为天格11、苞蕾八字(癸巳、后运都有帮助的作用。孙宇歌 宇
从生辰八字上分析、舌尖前音、乙巳：孙(sūn)可(kě)意(yì)声韵较好,歌为左右结构，意义优美、外格10、庚辰 )综合旺衰得分，利于书写、人格21，能较好的与您的姓氏搭配,蕾表示蕾铃、人格16
提问者评价
来自团队：
其他类似问题
为您推荐：
其他3条回答
孙子贻，98分
孙熠彤 熠：光耀 彤：红色
朋友，在这提供两个备选。 不过因时间关系，肯定是不能完全结合八字五行、取名与生肖、易经卦象以及姓名学五格数理、三才搭配来进行专业取名的，因为那最少都要几个小时才能取好。下面有本人提供的一点多年取名心得《取名必读》，可以作为你在这选择名字的一些参考要素。 如果还有不明白的地方可以和我联系。 敬请采纳为盼！ 《取名必读》：
一、排出八字，分析命局旺衰，确定用神是取名之基础。（何为用神？用神就是八字或大运中对自身日干又称命主、元神的旺弱平衡起到最重要作用的那个五行，它对命主起到补偏救助的作用。找准用神扶其过弱，抑其过强将对整个命局起到至关重要的作用。用神选错补反了不但帮不了人，后果还会更严重，真可谓是害人一生）。 ...
先谢谢您，子贻熠彤 这几个字五行属什么？因为前一个名字和别的孩子重复，帮忙解释一下后一个名字的五行什么的 谢谢啊
孙慧语：妙语。适用于女孩取名字。出自明代程羽《鸳鸯牒》：“步非烟慧语谁聆，娇花不赏，飘香坠粉，亦复何疑。”
一、所谓的喜用神，是根据您八字的强和弱，来判定您八字当中最需要的那个属性，算法很是麻烦，具体的您可以在网上百度下十二个月份的天干强度表和五行数值表。二、我帮您算了下，孩子的五行属木，那么对木有生发作用的水属性便是木的扶持属性，水木同类，其他三个五行属性则是异类，根据我上面所说的那两个表，详细算下可知道，孩子的八字偏强，那么火、土、金便是孩子的平衡用神，其中土属性算过后数值最小，那么土便是孩子最需要的属性，所以土便是孩子的喜用神，起名字的时候取土属性的文字最好。三、名字试举几个吧：孙冰安
孙雪韵 孙静影
生辰八字的相关知识
等待您来回答
下载知道APP
随时随地咨询
出门在外也不愁求数学大神指教，这两道题怎么做。。。_高考吧_百度贴吧
&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&签到排名：今日本吧第个签到，本吧因你更精彩，明天继续来努力！
本吧签到人数：0成为超级会员，使用一键签到本月漏签0次！成为超级会员，赠送8张补签卡连续签到：天&&累计签到：天超级会员单次开通12个月以上，赠送连续签到卡3张
求数学大神指教，这两道题怎么做。。。收藏
第一个我是以前做过
你用换元法
各位求解答求解答~
换元，用一个字母换括号中的内容，然后让x=…………
令t=括号里的，然后移项，然后再换回去。。。。反正就是换元法，你可以找到例题看看
求第二题啊 &_&
X的三次放减一
登录百度帐号推荐应用
为兴趣而生，贴吧更懂你。或空着的这两题
求大神指教!_作业帮
拍照搜题，秒出答案
空着的这两题
求大神指教!
空着的这两题 &求大神指教!
第一题用相似三角形做,易证三角形CDP和PAB相似设DP=x,则AP=7-X,再利用相似三角形性质CD/PA=DP/AB,带入所有数值就可求出X,即DP长&第二题等我五分钟&&&一时没想出来 .网上搜了一下,有这题,一模一样,就是字母换了,你注意把换回来.&&&&&&如图,在直角梯形ABCD中,AD∥BC,BC=CD=12,∠ABE=45°,AE=10,求CE的长&&&&延长OA,把△BCE绕点B90°,与DA的延长线分别交于点G,点M,易知四边形BCDG为正方形.∴BC=BG又∠CBE=∠GBM∴Rt△BEC≌Rt△BMG∴BM=BE,∠ABE=∠ABM=45°∴△ABE≌△ABM∴AM=AE=10设CE=x,则AG=10-x,AD=12-(10-x)=2+x,DE=12-X.在Rt△ADE中,AE^2=AD^2+DE^2,即(2+x)^2+(12-x)^2=100∴x^2-10x+24=0∴x=4或x=6所以CE的长为4或6.&&&&可以了吗?&&大哥& &靠,我弄了这么久怎么没个回复啊}