以下是我在另一个相关问题的回答，供参考：怎样高效的管理自己阅读过的文献资料？ - 物理学由于工作需要，我们每天都需要检索、管理、阅读大量的文献（以下的讨论就不局限于医学类文献了，我觉得不管什么学科，管理文献的基本思路是一致，但是仍以医学类文献举例）。在开始介绍主体内容之前，先明确一下用户基本的文献管理“现状”或者说需求：我觉得对于许多人来说，产生文献管理需求的时候都是手里已经有大量的文献储备了（多数以PDF格式居多）。在收集、积累文献一开始，没有意识到管理文献的需求，也就说没有顶层设计，文献存储不科学、杂乱无章，检索困难，利用困难。许多现有的文献管理工具（软件）都有外部文献（或者文摘）导入模块，但是大多数只能做到导入和分类存储，不能很好的提取文献（特别是PDF文献）元数据。也就是说，文献即使导入了，在软件内也很难实现高效的检索。这是目前此类软件共有的软肋（这个问题牵涉的技术很多：有的软件厂商选择直接与学术出版商合作，拉取出版商的数据库后台补全文献的元数据；也有的厂商试图通过文摘数据库，例如生物医学领域的Pubmed、Biosis、Web of Science、Embase等等，补全文献信息（最常见！）；也有的技术实力比较强的，直接识别、抽取文献全文中的数据，也就是标题、作者、单位、关键词、基金、参考文献等等信息）文献管理的目的是为了高效的利用。我见过一些小伙伴即使没有使用文献管理软件，文献的本地存储也做得“井井有条”——为啥子要打引号呢？因为我觉得他们实际是在追求形式上的满足感：文件夹套文件夹，一层又一层，数量够多时，花在思考“该把这篇文献扔在哪呢？”比阅读文献的时间还长。而且，对于涉及话题较多，维度多，信息量大的文献咋办？你很难把它限定在某一个子类下边——一维的、线性的文件夹式存储会直接限制一篇文献能给你带来的价值，因为你在分类的时候就已经下意识的把它切割、打磨，以便塞到你的分类体系中了。如何尽可能完全地榨取一篇文献的价值才是文献管理的最终目的。（我发现这么写下去没完没了了~以后再补充吧。下边直奔主题，只谈谈我使用过的文献管理软件，当然也是偏医学类的）Readcube。力荐！界面优美、功能较全，最重要的是，基础版本是免费的。他们的开发活动很活跃，基本每隔几个月看一下他们的最新版本都会有惊喜。感兴趣的话，下载下来自己研究一下，你会发现他们背后真的花了很多心思。他们不仅在文献管理上做的很不错，也在和出版商的合作上有许多创新（主要在文献支付方式、交互阅读方面）【2015-11-23更新：我在另一个问题下对Readcube的使用问题做了一些描述：如何建立管理文献的总体框架和思路？ - 知乎用户的回答】Mendeley。之前和readcube一样，是个初创项目，2013年抱到了Elsevier的大腿（当时被骂成open access运动的叛徒），基本的功能是都有的，可以尝试，但是我觉得没什么亮点。Endnote、Reference Manager、Refworks。Endnote大家都知道的，功能最全，最老牌，背靠汤森路透这棵大树，乘凉很容易啊。这三者都是收费的，而且价格“都对得起出身”~Zotero。我没有尝试过，只是简略的看过，貌似主要是浏览器插件式的管理方式，对于在线发现、收集文献应该很方便。但是没有stand-alone的本地软件，总给人一种“东西不在手里”的感觉~哈以上的软件貌似都有一个问题：对中文文献支持很差（除了土豪Endnote做的稍微好一点儿）。当然，如果你基本不读中文文献，无妨。国内的医学文献王、Notefirst、Noteexpress等等。推荐第一个！基本版免费，各种功能几乎可以用应有尽有来形容，开发也很活跃（其产品经理是个大美女，哈哈~）。虽然叫医学文献王，但是用这个软件管理其他学科的文献也是可行的。另外，国产的还有CNKI的E-learning，也可以尝试尝试，这个软件似乎在知识管理方面着力较多。如果你真的想花时间仔细对比一下各个软件之间的区别的话，Wikipedia的这篇文章是很好的开始：Comparison of reference management software总之，大的原则是：如果你意识到以后要在“阅读文献的道路上一去不复返”，莫不如一开始就对自己需要涉猎的文献进行顶层设计，不要等硬盘里乱成一锅粥了再开始：检索（订阅）、收集、整理、阅读、标注、再利用等等——这个应该是管理使用文献的完整流程，从这几个角度去考虑如何设计自己的文献体系。检索阶段，要做到熟悉自己领域常用数据库的检索技巧、数据结构。说的这么复杂，实际就是对数据库文献的元数据、组织形式做到心里有数（例如，文摘数据库一般都会提供标题、作者、期刊、摘要等信息）。实际文献管理软件在管理格式化的文摘（Abstract）方面是强项。直接向软件导入检索结果列表是最为高效的方式！真的需要看全文的话，再去获取全文。收集。承接第一条，从大型文摘数据库获取文献是管理起来最为顺手的方式：不管是通过RSS订阅还是主动检索，都可以尝试——这个也可以算是主动、格式化地探究你感兴趣的话题的方式了。整理。对于收集到的文摘（文献），勤于整理，绝不积压：有价值的保留，无价值的直接舍弃，对保留的文献建立主题属性、文章属性等等的标签云（Readcube支持此功能）。当然，如果你做到了收集的文摘基本都是来源于数据库的，那么这步就可以省略了：再傻的软件也支持对格式明晰的文摘进行检索，随用随查就行。阅读、标注、再利用就不多说了。（Readcube甚至可以对你在PDF内创建的批注进行检索）收集文献不要贪大求全，染上囤积癖。对于自己的领域，要清楚核心期刊、核心作者（thought leader)、核心机构，有针对性、有选择性的去收集高质量的文献（这个话题会牵涉文献计量学或科学计量学的内容，有兴趣的可以了解一些基本概念，对于收集文献、储备领域知识、辨别前沿进展的效率是有提升的）}