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空里流霜 发表于
哦！明白你的意思了。你这个其实就是ROI分析了。你需要的是ROI里面的均值。我的帖子里面有一些代码和方法 ...
哎哎，看了一晚上代码，真是看得一头雾水，师兄能简单说下marsbar批量提取每个被试ROI均值的简单操作步骤吗
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水晶3449 心级1424 精华2主题帖子
qxz1 发表于
哎哎，看了一晚上代码，真是看得一头雾水，师兄能简单说下marsbar批量提取每个被试ROI均值的简单操作 ...
marsbar好像不能提取ROI均值吧。批量的话归根到底还得用代码。你哪里不明白我跟你讲。
空里流霜不觉飞，汀上白沙看不见。
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水晶125 心级7 精华0主题帖子
本帖最后由 qxz1 于
10:19 编辑
matlabbatch{1}.spm.util.imcalc.input = {
& && && && && && && && && && && && && & 'C:\Users\XZ\Desktop\paper data\data\male0.15\swxsP02-.img,1'
& && && && && && && && && && && && && & 'C:\Users\XZ\Desktop\paper data\data\male0.15\swxsP4-.img,1'
& && && && && && && && && && && && && & 'C:\Users\XZ\Desktop\paper data\data\male0.15\swxsP4-.img,1'
(省去200幅图像)
& && && && && && && && && && && && && && & 'D:\matlab2013a\bin\mask0.9.img,1'
& && && && && && && && && && && && && & };
matlabbatch{1}.spm.util.imcalc.output = 'output.img';
matlabbatch{1}.spm.util.imcalc.outdir = {''};
matlabbatch{1}.spm.util.imcalc.expression = 'i1.*i201';
matlabbatch{1}.spm.util.imcalc.options.dmtx = 0;
matlabbatch{1}.spm.util.imcalc.options.mask = 0;
matlabbatch{1}.spm.util.imcalc.options.interp = 1;
matlabbatch{1}.spm.util.imcalc.options.dtype = 4;
师兄你看，上面是我导出的mask脚本，前200幅是平滑后的图像，第201幅是我做的mask，我要的是从i1.*i201得出图像，i2.*i201得出图像，i3.*i201得出图像....依次直到i200.*i201，然后在输出文件夹中得到200幅与mask点乘后的图像
师兄能帮我修改一下上面的脚本吗
PS：昨晚看了一晚上您这帖子，依旧没弄明白循环语句该怎么写。。。。没程序基础太难操作了，哎哎
我觉得我要改的是不是imcalc.output=‘’及imcalc.expression=‘’这两步，再加一个循环语句，但总不知怎么改
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水晶3449 心级1424 精华2主题帖子
qxz1 发表于
matlabbatch{1}.spm.util.imcalc.input = {
& && && && && && && && && && && && && & 'C:\Users\XZ\Deskto ...
你说的对。不过我觉得你可能需要使用更好的方法。这个imcalc也只是解决你的一部分问题。最后提取均值不也还是需要再做一步吗。
请问你的图像是结构像是吧？200个图像是每个被试一个图像是吧？你提取的均值是要做什么的？你的ROI大致在什么地方？
空里流霜不觉飞，汀上白沙看不见。
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水晶77 心级4 精华0主题帖子
太棒了，很好的解释了我的困惑呀，点赞
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水晶125 心级7 精华0主题帖子
空里流霜 发表于
你说的对。不过我觉得你可能需要使用更好的方法。这个imcalc也只是解决你的一部分问题。最后提取均值不也 ...
我的图像是功能像，每个被试只有一个图像，ROI在额叶，我提取出来后，想和全脑做相关
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水晶5 心级81 精华0主题帖子
师兄，你好，请问你2个问题
1.是如何获取到第二幅图像这样的显示方式的，比如我现在有一副功能像或者结构像，还有一个mask，如何将这2图融合显示，得到你 第二幅图像显示结果。
2.&&如果我的mask与结构像或者功能像的分辨率不一致，简单融合肯定会存在大小不一致情况，这种问题如何解决？上面讲到的重采样是如何单独实现的？
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水晶3449 心级1424 精华2主题帖子
qxz1 发表于
我的图像是功能像，每个被试只有一个图像，ROI在额叶，我提取出来后，想和全脑做相关 ...
功能像被试怎么只有一个图像呢？看你的也不像是4D数据。难道是静息态的。
如果是任务态的，一个被试一个TR的数据感觉没有意义啊！
空里流霜不觉飞，汀上白沙看不见。
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水晶3449 心级1424 精华2主题帖子
本帖最后由 空里流霜 于
15:01 编辑
古木小永 发表于
师兄，你好，请问你2个问题
1.是如何获取到第二幅图像这样的显示方式的，比如我现在有一副功能像或者结构像 ...
1，第二张图是用XJview显示的。结构像是xjview本身自带的，我只把mask显示上去而已。至于重叠显示，你就在xjview中选择other按钮就可以把你的结构像load进行来了。完成之后选择你的mask就可以了。REST viewer也能做这个，那个也是类似的。2，如果你说的简单融合是1中你的意思的话，那么分辨率不一样不会造成大小不一样，大小应该是一样的，只是分辨率高的清楚一点。重采样的话是通过SPM的reslice这个模块实现的，具体可以看一下北师大严超赣博士的REST的视频。
空里流霜不觉飞，汀上白沙看不见。
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水晶5 心级81 精华0主题帖子
本帖最后由 古木小永 于
10:19 编辑
空里流霜 发表于
1，第二张图是用XJview显示的。结构像是xjview本身自带的，我只把mask显示上去而已。至于重叠显示，你就在 ...
按照你说的办法，我可以得到第二张图的显示方式，用xjview自带的模板是可以正常显示，如下图1，但是当other选择自己的结构像的时候，就出现没有配准好的情况，如图2，请问该如何调整？
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水晶58 心级5 精华0主题帖子
空里流霜 发表于
reslice就可以了。具体选项是SPM的menu面板里面选择coregister的下拉列表里的第二个。 ...
师兄，我用做好的MASK跑完数据了，但是做出的REHO图还是有部分在颅骨，怎么办，抓狂了，还是学识太浅啊！谢谢师兄
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水晶3449 心级1424 精华2主题帖子
一点一滴 发表于
师兄，我用做好的MASK跑完数据了，但是做出的REHO图还是有部分在颅骨，怎么办，抓狂了，还是学识太浅啊！ ...
截个图吧，无图无真相。
最好也把mask单独截个图。
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水晶446 心级24 精华0主题帖子
你好 我想请问一下 我在做基底节的mask 因为有现成的mask 我直接用 包括 putamen caudate 等 但是 我现在需要将putamen分为前后两个mask 即为posterior putamen 和anterior putamen 我想请问 这样我该如何做呢
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水晶446 心级24 精华0主题帖子
本帖最后由 YB九妖 于
16:18 编辑
YB九妖 发表于
你好 我想请问一下 我在做基底节的mask 因为有现成的mask 我直接用 包括 putamen caudate 等 但是 我现在需 ...
we separated the putamen into posterior and anterior parts. The border between these two regions was defined as the line passing through the anterior commissure.
& & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & To avoid partial volume effects (i.e., averaging ofsignals from two functional compartments into one voxel), we lefta gap of 3 mm between the posterior (y & –1; 32 ± 1% of total volume)and anterior (y & + 1; 68.2 ± 1% of total volume) subdivisions of theputamen.
& & & & & & & & & & & & & & & & & & & &
& & & & & & & & & & & & & & & &
& & & & & & & & & & & &
& & & & & & & &
这是我看文献中别人的做法 具体不知如何操作
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水晶3449 心级1424 精华2主题帖子
YB九妖 发表于
we separated the putamen into posterior and anterior parts. The border between these two regions wa ...
这里的问题主要是怎么划定界线。选择Y大于1的部分。我能想到的一种方法就是用masbar来定义一个比较大的立方体型的ROI，只需要一条边在Y=1地方，其它部分都大于这个，然后用这个ROI点乘putamen的ROI，就是取二者的交集。你试试可行吗。
空里流霜不觉飞，汀上白沙看不见。
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水晶28 心级17 精华0主题帖子
我是初学者，遇到了模板mask和我数据的resolution不匹配的问题，请问，如何得知我的数据的resolution？如何将我的数据resolutiong改为61*73*61？
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水晶3449 心级1424 精华2主题帖子
本帖最后由 空里流霜 于
12:41 编辑
豆玎在香港 发表于
我是初学者，遇到了模板mask和我数据的resolution不匹配的问题，请问，如何得知我的数据的resolution？如何 ...
可以用SPM的display功能看到。具体在哪个地方看当测试留给你了。
其实你不需要改你的数据。一般可以更改你的mask，因为mask只是一张图，而你的数据是很大的。
至于如何重采样，你可以搜搜论坛里的帖子，找不到的话可以再问我。
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水晶4 心级14 精华0主题帖子
感谢楼主的细心分享，解决了我的困惑，非常感谢
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水晶28 心级17 精华0主题帖子
空里流霜 发表于
可以用SPM的display功能看到。具体在哪个地方看当测试留给你了。
其实你不需要改你的数据。一般可以更改 ...
谢谢。留给我的测试题，我还是一知半解啊。打开display,找到masks文件夹，打开sub001的一个nii图像，下半部分有dimension:64*64*41,就是这个吗？
我也是想对我的masks重采样，试了几次，reslice之后还是91*109*91呀？请你多指教吧，非常感谢！
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水晶28 心级17 精华0主题帖子
你好，我又查看了你的这个帖子，好像所说的61*73*61就是dimension，是吗？那么，我用dparsf跑完的数据，生成一个masks的文件夹，里面文件的名字里都有91*109*91的字样，是什么意思？可是我用display打开这些文件，dimension显示是64*64*41，我被弄糊涂了。求解救！
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Comsenz Inc.查看: 7452|回复: 8|关注: 0
怎样做MASK去掉背景？
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新手, 积分 5, 距离下一级还需 45 积分
比如像附件中的图片要去除脑以外的背景 我想做一个MASK，脑里面是1，外面是0，二值
怎样弄啊？
谢谢大家回复！
16:20 上传
点击文件名下载附件
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人脑切面图
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自顶一个！
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关注者： 2
把图像上传,下载要扣M币的,
关注者： 181
一般的，自己制作比较复杂图像的mask，利用Photoshop处理是个常用的选择，下面是我给你处理的效果，希望有所帮助。
brain.jpg (18.72 KB, 下载次数: 51)
22:27 上传
mask.jpg (8.11 KB, 下载次数: 19)
22:27 上传
I = imread('c:\\mask.jpg');
I = im2bw(I);
I1 = imread('c:\\brain.jpg');
subplot(2, 2, 1);
imshow(I1); title('原图像');
subplot(2, 2, 2);
imshow(I); title('模板图像');
J = I1;
J(:, :, 1) = J(:, :, 1).*uint8(I);
J(:, :, 2) = J(:, :, 2).*uint8(I);
J(:, :, 3) = J(:, :, 3).*uint8(I);
subplot(2, 2, 3);
imshow(J); title('模板提取');
J = I1;
J(:, :, 1) = J(:, :, 1).*uint8(~I);
J(:, :, 2) = J(:, :, 2).*uint8(~I);
J(:, :, 3) = J(:, :, 3).*uint8(~I);
subplot(2, 2, 4);
imshow(J); title('模板提取');
复制代码
未命名.JPG (72.42 KB, 下载次数: 5)
22:27 上传
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学习了，谢谢。
<h1 style="color:# 麦片财富积分
J(:, :, 1)
J(:, :, 2)
J(:, :, 3)
各代表什么意思？
<h1 style="color:# 麦片财富积分
哦，明白了，.jpg图像，三通道，我以为已经是灰度图像了
<h1 style="color:# 麦片财富积分
一般的，自己制作比较复杂图像的mask，利用Photoshop处理是个常用的选择，下面是我给你处理的效果，希望有 ...
:)能不能请问一下 那个mask.jpg 是什么东西....自制的还是什么...求解释
<h1 style="color:# 麦片财富积分
非常感谢，涨知识了:)
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