广西4地带绦虫分离株COX1序列分析--《中国血吸虫病防治杂志》2012年03期
广西4地带绦虫分离株COX1序列分析
【摘要】：目的分析广西4地带绦虫分离株COX1序列,了解亚洲绦虫在广西的分布。方法对鹿寨、融水、田东、三江等4县现症病人进行驱虫,收集绦虫成虫。绦虫成虫经反复洗涤后,各取孕节一节,研碎后提取基因组DNA;同时设计特异性引物,PCR扩增各分离株COX1片段,对扩增产物进行T A克隆测序;应用相关软件分析序列的同源性、遗传距离,同时构建系统发生树。同时,从GenBank检索亚洲绦虫、猪带绦虫和牛带绦虫COX1基因序列,并与4地分离株基因序列进行比较。结果广西4地5个带绦虫分离株的COX1碱基序列长度均为444 bp。鹿寨株与亚洲绦虫之间基因差异为5个位点(1.11%),同源性为98.87%,遗传距离为0.011,其在邻接法和简约法构建的系统发生树中位于同一分枝。融水A株与猪带绦虫同源性达100%,B株与牛带绦虫和亚洲绦虫的同源性分别达98.20%和96.17%;田东和三江分离株与猪带绦虫的同源性分别为99.55%和96.40%,遗传距离分别为0.005和0.037;鹿寨株与牛带绦虫的同源性达96.40%。结论广西鹿寨县存在亚洲绦虫流行,融水县存在牛带绦虫和猪带绦虫混合流行。
【作者单位】：
【关键词】：
【基金】：
【分类号】：R383.3【正文快照】：
广西是少数民族聚居地,素来有生食肉类的习俗,带绦虫感染率较高[1]。近年来,在对当地进行人群绦虫感染情况调查以及对成虫的形态学观察中发现,广西并非仅存在猪带绦虫和牛带绦虫流行,如黎学铭等[2]于1998年在广西鹿寨县首次检获我国大陆人体感染亚洲绦虫(Taenia asiatica),韩
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京公网安备74号16种环节动物线粒体基因排列、特征比较及系统发育分析--《水产科学》2015年02期
16种环节动物线粒体基因排列、特征比较及系统发育分析
【摘要】：为深入开展环节动物的分类及遗传进化等研究,比较分析了已登录到GenBank中16种环节动物全基因组的结构特征。结果发现,16种环节动物线粒体全基因组序列中A+T的含量均超54.3%,碱基G存在低含量的偏向,第三位密码子G含量2.6%~12.7%。基因组的基因组成及排列模式具有一定的保守型,存在5个保守基因联块蔟,线粒体基因组排列顺序在研究环节动物系统发育关系方面起着重要的作用。计算13个编码基因和2个rRNA的基因平均遗传距离,cox1(0.34)相对最保守,atp8(0.8)相对最不保守。大多数环节动物线粒体控制区存在茎环结构。基于13个编码基因氨基酸序列通过3种方法可构建稳健的系统发育树,蛭纲和寡毛纲聚为一进化分枝,构成有环类单系群,螠虫纲、星虫纲和多毛纲聚为一进化分枝,形成单系群。5个纲间的聚类结果与之前的基于线粒体基因和其他分子标记研究研究结果有所不同。多毛纲呈单系发生,被分为两个主要类群,头节动物中的锥头虫科和缩头虫科没有聚为单独的一进化分枝,而是分别聚类到触角动物下面的足刺动物和沟触角动物,多毛纲内部分类不同于现有的形态学分类结果。
【作者单位】：
【关键词】：
【基金】：
【分类号】：Q953【正文快照】：
环节动物是一个高度多样化的动物门,目前已描述的超过16 500种,栖息于海洋、淡水或潮湿的土壤,是底质生境中最占优势的潜居动物。环节动物传统上被划分为两个主要的群体:有环类和多毛类,前者包括寡毛纲和蛭纲,后者主要是由多毛纲生物组成。但是近年来有证据表明,一些曾经被认
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京公网安备74号题名:&五种肢孔派（Podotremata）蟹类线粒体基因组测定及短尾类系统发生研究
答辩日期:&
中文摘要:&&短尾次目（Brachyura），是真正的蟹类，数量大，形态多样，生境复杂。其系统进化一直是甲壳动物系统学研究的热点。尽管短尾类本身作为单系群已经得到大多数甲壳动物学家的认可，但短尾类内部各个类群之间的的系统发育关系仍有许多有争议，尤其是肢孔派（Podotremata）的进化地位。肢孔派进化地位的确立有助于了解早期短尾类的系统进化、真短尾类起源。
后生动物线粒体基因具有分子结构简单、进化速度快、母系遗传和容易获取等优点，广泛用于系统发育和种群遗传研究。相比于单个基因和几个基因的简单联合，线粒体基因组能够提供从基因排序和DNA序列变异两个方面提供进化信息。因此，线粒体基因组全序列已经成为探讨后生动物深层次的系统发育关系的理想材料。
本研究通过Long-PCR和步移测序的方法确定和注释了毛刺贝绵蟹（Dynomene pilumnoides）、东方人面蟹（Homola orientalis）、大摩罗蟹（Moloha majora）、东方乌氏蟹（Umalia orientalis）和短额琵琶蟹（Lyreidus brevifrons）线粒体基因组。利用比较基因组学和生物信息学等手段分析短尾类线粒体基因组的特征。联合GenBank数据库中已有的短尾类和歪尾类，以及本实验室已测定的马来似人面蟹线粒体基因组序列，以7种海姑虾下目物种为外群，利用蛋白编码基因的核苷酸和氨基酸两个数据库集，基于贝叶斯和最大似然法重建了短尾类系统发育关系。主要结果如下：
（1）毛刺贝绵蟹、大摩罗蟹、东方人面蟹、东方乌氏蟹和短额琵琶蟹的线粒体基因组长度分别为16,475 bp、15,910 bp、16,082 bp、15,466 bp和16,112 bp。与其他后生动物一样，每个低等蟹线粒体基因组均包含经典的37个基因（13个蛋白编码基因、2个rRNA基因和22个tRNA基因）。
（2）与大多数短尾类一样，大摩罗蟹、东方人面蟹和东方乌氏蟹线粒体基因组中仅有一个非编码区。但是，短额琵琶蟹和毛刺贝绵蟹有多个非编码区。与原始泛甲壳动物线粒体原始基因排序相比，大摩罗蟹、东方人面蟹、东方乌氏蟹和短额琵琶蟹中位于rrnS和trnI之间的非编码区为其假定控制区。然而，通过与干练平壳绵蟹和脊足武田绵蟹控制区序列同源性分析，认为毛刺贝绵蟹中最长的位于trnL1和trnQ之间的非编码区为其假定控制区；其控制区位置发生易位。
（3）大摩罗蟹、东方人面蟹和马来似人面蟹线粒体控制区中均存在重复单元和重复次数均不同重复序列区。正是由于重复序列的出现，人面蟹的控制区长度差异明显。值得一提的是，东方人面蟹和马来似人面蟹中的重复单元序列相似性高达95%以上。
（4）与泛甲壳动物线粒体基因原始序列相比，5种低等蟹线粒体基因中trnH均转移trnE和trnF之间，该特征为短尾类动物所&共享&。除trnH外，在毛刺贝绵蟹线中，还存在2个基因/区域的重排（trnQ和CR）。这种新型的线粒体基因排序可能是由于部分序列发生重复并伴随着随机的不完全删除造成：trnQ基因从trnI和trnM基因之间移至CR和rrnL之间；CR位于trnQ和trnL1之间。
（5）在5种低等蟹线粒体13个蛋白编码基因中，绝大多数的基因是以经典的ATN为起始密码子。部分ATP8和nad1 基因的起始密码子为GTG。与真短尾类不同，低等蟹cox1基因均是以ACG为起始密码子。在5种低等蟹蛋白编码基因中，使用最频繁的氨基酸为Leu、Phe、Met和Ile。在二倍和四倍兼并密码子中，NNA和NNT的概率要远远大于NNC和NNG；与编码蛋白基因中第三位密码子呈现出强烈的AT偏好性一致。
（6）通过分析未矫正Pi、两两基因之间序列的相似性、非同义替换和同义替换的比率（Ka/Ks）等进化参数发现，nad5、nad4、nad1进化速率快，cox1、cox2、cytb、cox3基因保守。因此，nad5、nad4、nad1可以作为备选标记用于接下来研究低等蟹的系统发育。
（7）除trnS2和trnI，5种低等蟹tRNA基因均可折叠形成经典的四叶草结构。与大多数后生生物一样，东方乌氏蟹、毛刺贝绵蟹和大摩罗蟹trnS2基因二级结构缺失了二氢尿嘧啶（DHU）臂；而在短额琵琶蟹和大摩罗蟹中分别存在2 bp和1 bp的DHU臂。trnI仅在短额琵琶蟹中，缺少DHU臂，这种现象在短尾类中首次出现。5种低等蟹tRNA基因的长度、编码极性，以及反密码子序列均与已公布的短尾类线粒体基因组一致。
（8）在5种低等蟹中rRNA基因均由轻链编码，其基因长度和相对位置保守。7种低等蟹线粒体基因组中，rrnL的相似性高于rrnS。
&(9) 基于线粒体基因组13个蛋白编码基因的核酸和氨基酸序列方分别使用最大似然法（ML）和贝叶斯法（BI），以7种海姑虾为外群，构建6种歪尾类和33种短尾类之间的系统发育关系，分析认为：歪尾类和短尾类为互为单系群，形成姐妹群体。毛刺贝绵蟹和3种人面蟹亲缘关系更近，位于短尾类系统发育树的底部，支持绵蟹亚派的分类系统。东方人面蟹、大摩罗蟹和马来似人面蟹聚为一枝，支持人面蟹的单系发生。短额琵琶蟹、东方乌氏蟹和旭蟹聚为一枝，支持蛙蟹总科为单系发生。3种蛙蟹与真短尾类聚互为姐妹群体，支持肢孔派为并系发生。
学位类别:&硕士
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师国慧. 五种肢孔派（Podotremata）蟹类线粒体基因组测定及短尾类系统发生研究[D]. 北京. 中国科学院大学. 2015.
作者单位:&1.中国科学院海洋研究所
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犬泡状带绦虫线粒体cox1和nad1基因的扩增与种系发育分析
以采自广州和佛山的犬泡状带绦虫为研究对象,利用PCR技术扩增其线粒体基因组的细胞色素c氧化酶第1亚基(cox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸还原酶第一亚基(nad1)序列,扩增产物经纯化、克隆和测序.结果扩增出泡状带绦虫线粒体cox1基因序列长度为444 bp,nad1基因序列长度为530 bp.将实验获得序列与GenBank收录的相关序列进行比对分析,发现采自不同国家和地区的泡状带绦虫cox1基因差异度较小(0～2.3%),而nad1基因的差异度较大(0.2～14.2%),对进一步研究泡状带绦虫的群体遗传结构奠定了基础.
LIANG Xiang-jie
ZHANG Hao-ji
LI Gao-giang
LI Jin-ping
ZHANG Geng-li
PU Wen-jun
LI Guo-ging
作者单位：
佛山科学技术学院,动物医学系,广东,佛山,528231;深圳市康达尔养猪有限公司,广东,深圳,518122
佛山科学技术学院,动物医学系,广东,佛山,528231
佛山科学技术学院,动物医学系,广东,佛山,528231;华南农业大学兽医学院,广东,广州,510642
华南农业大学兽医学院,广东,广州,510642
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