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Join Legend
Serious alignment problem, requires review.
Zero, or more than one, overlaps
Half dove-tail &50 bp
Alignment identity &98%
Alignment length &50 bp
&2 gaps, each gap &25 bp, not marked as an SSR
&0 gaps, each gap &50 bp, not marked as an SSR
&0 gaps, each gap &500 bp, not marked as an SSR
&0 gaps, each gap &500 bp, marked as an SSR
Minor alignment problem.
Exactly one overlap
Half dove-tail &0 bp and <=50bp
Alignment identity &99.6%
Alignment length &2000 bp
&0 gaps, each gap &25 bp, not marked as an SSR
&0 gaps, each gap &50 bp, not marked as an SSR
&0 gaps, each gap &500 bp, not marked as an SSR
&0 gaps, each gap &500 bp, marked as an SSR
Excellent alignment, meets all defined criteria.
Exactly one RuleInfo
Half dove-tail &=0 bp
Alignment identity &=99.6%
Alignment length &=2000 bp
&=0 gaps, each gap &25 bp, not marked as an SSR
&=0 gaps, each gap &50 bp, not marked as an SSR
&=0 gaps, each gap &500 bp, not marked as an SSR
&=0 gaps, each gap &500 bp, marked as an SSR
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Valid, contained clone
Join not evaluated due to one accession not being finished.
Curator Links
Alignments for CU and CU
Mismatches = 28, Gaps = 4, Length = 2349
Percent identity = 98.8%
Score = 4324 bits (2181), Expect = 0
0 BAC and 0 Fosmid bridging clones.
0 BAC and 0 Fosmid concordant clones.
0 BAC and 0 Fosmid discordant clones.
gatcagactatttacagtttctcaaaatagcaacgcgccaaaacacgcctgctttttt-a 68916
gaccagaacgcctatgggcgcacatatgagcgcaaattcatttgctatttaaacagtgta 68976
gcgcaacacctcaaaatgacccttgcgccgagctgaaagtagcaaaagactattgcgctg 69036
caccttgcgccacattgcgccgggtgtatgataggcccccttaaatctaaagtctgaact 69096
aggcgacaaaaagatgatgacagaattttcagttttaggtgaactgtagctctgcagtaa 69156
agctttttctaatgtagatcattatgtcctttctaacgtgtctctgtctgctgtgtcagt 69216
caggcaagacagcatttcatctggccgcagagcatggacacctggaggtggtggagtttc 69276
tcattggcatgggctgtgctcataacctcaaagacaaggtgagggacggcaagagtcacc 69336
tgtgcacagacgcctctcagtgggtgctaattagatttcactacgtgagacattctaaaa 69396
atgtgcataataaatgtatgagctcaacatttttagaatgccttgcgccacattgcgccg 69456
ggtgtatgatagggcccgagatgtcacagtggtggtaccttttcaaaaggtacagatttg 69516
tacctattaggacaaaattaaactttattgactaatctaacaaaaactaacacctaacac 69576
aaacacacattcatacaagcatagggaagagtaactaacgtgaggtaagaggttgagaag 69636
gtgtaatgatgggaaaacctcggagtttgtaagcacaaaccaagcaaaccaaacgtcatc 69696
aaattcaatataacccttctattgtctctttagggttgaatttagttcacaccagtttag 69756
atgttgggagaaaggtgatacttgcggtctgttcgtgatgtccgagctcccattgttgag 69816
cacgtggttggttggctgatcctttgttctcacgagggttgtagtggggatgtcggtgtt 69876
ttaagctgaagcatccaaaggattctaggcagtgaaatgtcagagcgcggtgcgattaac 69936
cctttccgtctgtgtttccgcctgatttcttgaaggtttcaatacttaggtttgtgagga 69996
agttgcagagagtttgtagaaggtttcaaaacaacgtgtttccagagcagagagatgtgg 70056
agttgccatggagttgcggttcaaagagagacggggagagagaggttgaacagaacgggt 70116
gcgaagagagtttgaacagaggggggtgcgaagagagagagagtttagcttggtcctaaa 70176
ctttatagggcgggttcggatccaccctccatggaaagttgaccaattagaagctaactt 70236
cctggaataataattttactgctctttgtcagagtcagaagaatttgcataggcaaattt 70296
tatgcaaatcgggacagaaatgttaaagtctcttatacgttaatattttgcactcatgtt 70356
aaaatataatgtcaacgatcgatttgtacagcgagtaagcttttcaaaaagtccaaactt 70416
gaacagtataagaggttgtttagcttaggtacagttaaacattatatgcaggggtattaa 70476
aaccaaaaatattaatagaagagaaagggaaactttgcaaaacatatgattaaac--aaa 70534
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tgtttttgtttaatgctgcatggcacattccttttgggtcgtaaataccttggaatcagg 70654
tttcgagtcttctctgggcaaagttggctcggttgtggaataaaaagcaaaataattatg 70714
tgtctggtcggccatatttattacattcgtacctaaaaagtacaaaagtgttcctcttaa 70774
aatttttaggtactaatatatgcttttgaggtaccaatatggccccattaagtacaaatg 70834
tgtaccatttgaaaaggtacaaccccagtgacagctcgagtacctttatttctgagagtg 70894
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atctggaagggcatccgctgcgttaaacatagttggtggttcattccgatgggactaacc 71014
tgaagaaaaatgaatgaatgaattaatgactacagctatttgaaaatgtgaaatctgatg 71074
gttcaaaacaaacaaatactaagaaaatttgtctaaattaagttcttatcaatgcacatc 71134
acttatcaaaaattgagttttgatttatgtacagtagaaaacgtgaaaaatgtcttcatg 71194
gagcatgat 71203
......... 41218
Mismatches = 11, Gaps = 3, Length = 1683
Percent identity = 99.34%
Score = 3178 bits (1603), Expect = 0
0 BAC and 1 Fosmid bridging clones.
0 BAC and 1 Fosmid concordant clones.
0 BAC and 0 Fosmid discordant clones.
ttttttttttttttccaagtcccctagagataaatggttgatttttttttaatgattttt 111068
aaatccctttatctgatcttcgagtcacttttagctcagcttagcataaatcattgaatt 111128
ggattagaccattagcatctcaaacacgaccaaagtgttttagtaattttcatgtttata 111188
gcccgacccttctgtagttattttgtgtaataagaccaacagaatatgaaacattgccac 111248
tttcttggtcgataaggctgggaactatactgtggagtgatgagatgacttattctgatg 111308
taataattaaggcactttgttgtcgtattatgactaataatattacacaatgttgttatc 111368
tggggactattttcaggcactacataatatcattgtgcttttttttttaaaataggtttg 111428
tttatttttttttttacaggttccctacagatacatggttgagttttatcatttattaat 111488
ccctttagctgatcttagagtcacttttagctcagctctgcataaatcattgaattggat 111548
tagaccattagcatctcaaatataaccaaagtgttttagttattttcctatttaaaactt 111608
gactcttctgtagttactttgtgtaataagactgacagaatgtgaaatgttgctattttc 111668
ttggtcgaagtggctaggaactatactgtggagtgatgatattacttattatgatgtaat 111728
aattaaggaactttgttgccacaccatgactaattattttacacacagctgttacctttc 111788
ccagagatgggttgcagctggaagggcatcggctgcgtaaaaaggtgctggataagttgg 111848
cggttcattccactgtggcgaccccggattaataaagggactaagccgacaaagaaatga 111908
atgaatgaatga----cagctgttacctatctggggactactttcaggctttctgcagcc 111964
atggtacgacataaaagtttcttaattattacgtcagagtaaatgtatagttcttagcca 112024
tatcagcatagaaattagcaatttagtacatgtactgtaactacagtagagttaagcagt 112084
aaatgaaaaaatgatcaaaactttttgtgtgagatgctaatggtctaatctgatttaatg 112144
atttatgctaagctaaacgtttgtgtaatattattagtcatggtattgcaaaacagttcc 112204
ttgatcatcactccagaacaagaatacagttcctagacatatcgacctggaaaatagcaa 112264
cgtttaattttctgacggtcttattacacaacgataactacagaagagtcatgctataaa 112324
caggaaaattactaaaactctttggtcatatatgagatgctaatggtctaatctgattca 112384
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atc 112687
Mismatches = 814, Gaps = 321, Length = 45493
Percent identity = 98.06%
Score = 5.624e+04 bits (30454), Expect = 0
0 BAC and 1 Fosmid bridging clones.
0 BAC and 1 Fosmid concordant clones.
0 BAC and 0 Fosmid discordant clones.
gatcagactatttacagtttctcaaaatagcaacgcgccaaaacacgcctgc-tttttta 68916
gaccagaacgcctatgggcgcacatatgagcgcaaattcatttgctatttaaacagtgta 68976
gcgcaacacctcaaaatgacccttgcgccgagctgaaagtagcaaaagactattgcgctg 69036
caccttgcgccacattgcgccgggtgtatgataggcccccttaaatctaaagtctgaact 69096
aggcgacaaaaagatgatgacagaattttcagttttaggtgaactgtagctctgcagtaa 69156
agctttttctaatgtagatcattatgtcctttctaacgtgtctctgtctgctgtgtcagt 69216
caggcaagacagcatttcatctggccgcagagcatggacacctggaggtggtggagtttc 69276
tcattggcatgggctgtgctcataacctcaaagacaaggtgagggacggcaagagtcacc 69336
tgtgcacagacgcctctcagtgggtgctaattagatttcactacgtgagacattctaaaa 69396
atgtgcataataaatgtatgagctcaacatttttagaatgccttgcgccacattgcgccg 69456
ggtgtatgatagggcccgagatgtcacagtggtggtaccttttcaaaaggtacagatttg 69516
tacctattaggacaaaattaaactttattgactaatctaacaaaaactaacacctaacac 69576
aaacacacattcatacaagcatagggaagagtaactaacgtgaggtaagaggttgagaag 69636
gtgtaatgatgggaaaacctcggagtttgtaagcacaaaccaagcaaaccaaacgtcatc 69696
aaattcaatataacccttctattgtctctttagggttgaatttagttcacaccagtttag 69756
atgttgggagaaaggtgatacttgcggtctgttcgtgatgtccgagctcccattgttgag 69816
cacgtggttggttggctgatcctttgttctcacgagggttgtagtggggatgtcggtgtt 69876
ttaagctgaagcatccaaaggattctaggcagtgaaatgtcagagcgcggtgcgattaac 69936
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agttgcagagagtttgtagaaggtttcaaaacaacgtgtttccagagcagagagatgtgg 70056
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gcgaagagagtttgaacagaggggggtgcgaagagagagagagtttagcttggtcctaaa 70176
ctttatagggcgggttcggatccaccctccatggaaagttgaccaattagaagctaactt 70236
cctggaataataattttactgctctttgtcagagtcagaagaatttgcataggcaaattt 70296
tatgcaaatcgggacagaaatgttaaagtctcttatacgttaatattttgcactcatgtt 70356
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aaccaaaaatattaatagaagagaaagggaaactttgcaaaacatatgattaaac--aaa 70534
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ggggagaacatcgatgaaagaaacattgtaagtctaaagccccattcattcacactaaga 72213
acttttagtctaacaatacttttatttgtattcacaccagtgcatggtaacattgtgttt 72273
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tctaattattattattattattaagatcttctagttccagttattattattacactgcaa 72393
aaaatgcttttcttacttagattttttgtcttatttctagtctaaatatctaaaaatttc 72453
tatatcaagaagcattttctagacaagcaaaacatatattcttgttttgagaaataatat 72513
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ctaaataatctcacttcaaaaaaaaaaaaaacaagattaatttgcttaccccattggcag 72632
attattttgcttgttttaaggaaaaactcacttaatattggcatattatttctcaaaaca 72692
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gactagaaataagacaaaaaatctaagtaagaaaagcattttttgcagtagctttactcc 72812
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ttaactgtgatgggtaacatttgactctgttatacatttttgactttacagggcttgcaa 73172
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ttattaatctggggtcaccacagtggaatgaaccgccaatttatccagcaggtttttacg 73292
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cacacagaaacgccaactgagcctaggttcgaaccggcgaccttcttgctgtgaggcgac 73530
agcattacctactttagtggcgcaaatgcctcagcc-attattttgatttaaatctgtta 73589
ttttttcagttgtactaccaaaatctatctacaccgtgcccatagatatatacactagat 73649
atcgcatagggaccctgagcatgcgtcagtagcgccgccatatttgtacagtgctcccag 73709
gacaagtgtcattcaaccacactagtcaagacagtgttataacgtgaagatgcgggactt 73769
tagcgctgtccacgggtgtagtaacgagcaaacaaagaaaacaaagcacaaaggcagaac 73829
atttcataggtaagattaagtttttacgtttttgtatgttctgaacttttgtgctaaacg 73889
ggtaacgttaatgttgataatacagtcacttactgcattcaccattaggaaaagcagcac 73949
taactcgcactaagccctcagcttatgctagttttgttgaataaaatcagcaaacaatgc 74009
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tgaaggagtcgttcataacggagattcattcacaaactaatcgctccctccttcagtatg 74128
agaagtgaaagcagttgaggggctgtgtttcagggcttgattagatcaaatttaacaggg 74188
agggtggatagtacatat-ccatacacacaaacacagctttttgtcagaaatgcctgtgg 74247
gatcgctgatctatcaatgtagaaaagtgatggaaaattataagtttcgtagttaagaaa 74307
aattagcatactgacctcccggaaaacttctgattatagatatatgtgtttttctctggc 74367
tctggatggccacggtcctccactgcagcttggccccgcattaatttcaaaggagcacta 74427
ccctgtactaaaatggcggctctattgacgcattccttccaatagacgacaacagggtag 74487
gcgacatctaatgtatatatctatgcaccgtgccaggtaggctatctagatatctttttg 74547
gttacaaaaa-tctaaatcaaatgtaaactacatgtatgcacatatctagatatcaagat 74606
agcccgccaggcatggtgtagatagattttggtagcccaactgaaaaaacaatagccccg 74666
gaacttctgtctaccagccctgctttataaaccataacagagctgacgttatccatcatt 74726
ttgtgctcaagatgctaaactcaaactagttgccacatggaacatctaaaacagaatggg 74786
gtatatgccgagctagtgtgtttcccatgctgataaacttccggtgacctgttattgtga 74846
gttttttgtcattttatacgattccttttacagcatcgatgttgtaatgtaattcaaata 74906
cattcagttaaacagactttggcattcatttagttgctcaatcgtaaaaagagacaaaaa 74966
gctgtttactcgtacgcacctgtcagaatcggcaggttagcgcagaagctccattgaata 75026
tactggggtaaaattaatgctcatattataaagacatggcggggaaaatgtaatttaatc 75086
cagtgcttcttgtacaatgtaagacccactttatatcggatatcactcagccagatgaga 75146
tcgctgacttttaaagaaaacagacctttaacgcgccaattttgcactggcatacaattc 75206
accagaaaggattaacccaggttactggcaaattaaaagtcctatcagcatgcttcggca 75266
tacaccctattgtatgttttcttcatgttactgatattgtaaaaagtgaatgaaaacttc 75326
actgaaatatcacagtaagactataattttactataatttaccattcagggattaaaatt 75386
ttgctcaaattaatgagagaataataaaaaacgtagctgcgtcccaaatcgcatacttat 75446
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gaattttccaccagaggaagtgacatcacttggagcaagtcaaatgctttttctatcagt 76042
gctgaggttaaagattatagctgtttcttaatatgcgttctttattggtctcgcgtcctc 76102
ttgttctcttgtaacgtccaaccaaaattcagttccataactcaagagcgcaagaacgga 76162
ggatgcattaaatcccggatgcgttcttaatgtcgaggatgtgtggctgcagacttgagc 76222
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cagcatgttatataggtttattattaaatttcagagataaaacttatttatctcagaagt 76342
ttccctaaatgagacggtgaaaggaaacattaatattaaatttcttaataaaggaataag 76402
gacattaagggtgtttatttgcttaaattcatattataatctgttttatttgtagtgtgc 76462
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gaaaaagatc-ttgagtacagatacaaacatgttttttttaggaataacttactattttt 77061
gtgctattgttttatttaagtgttttgttttcgaaaaaaaaaatgtaagtcatattaatt 77121
attatttagatgcaaaatgcacctgcaattcttggatcaccaataaattcatataaagtt 77181
aaagtcagaattattagctcccctttcattttttttcttctttttttaatatttcccaat 77241
ttatggttaatagagcaaggaaattttcactgtatgtctgataatatttattt-gtctgg 77300
agaaagtcttatttattcaatttcggctagaataaa-gcagtttttaattttttaaacac 77359
cattttagggacaaaattattagcccctttaagcttatatatttttcaatagtctacaga 77419
accaaccatcattatacaataacttgcctaattaccctaacctgcctagttaacattatt 77479
aacctagttaagcctttaaatgtcactttaagctctatcgaagtgtcttgaaaaatatct 77539
agtcaaatattatttactgtcatcatggcaaagataaaataaatcagttattagaaatta 77599
gttattaagactattatgtttagaaatgtgttgagaaaatcttccctccgttaaacagaa 77659
attgggggaaaaaaataaataggc-gggctaataattctgacttcaacagtaaatctaac 77718
tgattgaggattttcaatgcatggtaatgtgcttctgcaatagagtaagaggacagctct 77778
tcatctggtggcccagcatgcctcagccagtgaagtcagactgttgatacaggccggcat 77838
caatctggattcagtagacactgtgagtactacaatcttcagttttcagcccaataccac 77898
agcatacttgcttgttatatttttgtagcatggaatagtataacatttactgttc----- 77953
------------------------------------------------------------ -1
----------aattcatagagaaccggtctgcataattcgattctgttcatctttatttc 78003
tatagcacttatacaatgtagattgttatttatacacttatacaatgtctattgtaagct 78063
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Trying banded global alignment with bandwidth = 5001
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No acceptable alignments from banded alignment algorithm
Found 2 acceptable half-dovetail or contained alignment(s) by blast
tpf_solo for chr7
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15:00:43 boukn Exp $ built Nov
4 2011. Toolkit wrapper
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Info: Determined ID: gi| needs Merging.
Info: Blast Including ID:
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Info: Determined ID: gi| needs Merging.
Info: Blast Including ID:
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Info: Determined ID: gi| needs Merging.
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NG returned 2 alignments
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