肠道菌群紊乱的患者主要可以采用以下几类药物进行治疗，第一是益生菌制剂，比如整肠生、金双歧等，也可以应用益生元;第二是对症治疗的药物，比如止泻药、通便药、助消化药等;第三是中医药调理，有助于改善肠道功能，促进肠道菌群恢复平衡。
1、益生菌制剂
肠道菌群失调常用的益生菌制剂有整肠生、金双歧杆菌三联菌片、枯草二联杆菌活菌胶囊、乳酸菌素片等，双歧杆菌、乳酸杆菌这类益生菌能够抑制肠道有害菌，促进肠道微生态的平衡。患者也可以选择应用益生元制剂，益生元能够促进特定有益菌的生长增殖。
2、对症药物
肠道菌群紊乱的患者也可以根据不适症状来进行适当的药物治疗，比如针对患者的腹泻症状，必要时可以应用蒙脱石散、洛哌丁胺等止泻药。如果有消化不良的症状，可以适当应用助消化的药物，比如多潘立酮、健胃消食片、健脾丸等。
3、中医药治疗
中医并没有肠道菌群的概念，但通过辨证论治，可以整体改善人体的免疫力，促进肠道功能恢复，进而帮助肠道菌群恢复平衡。肠道菌群失衡的患者常表现为腹泻、腹痛、便秘、消化不良、胀气等不适症状，通过中药调理后也可以有效改善。}