今天给大家分享使用ImageJ/Fiji进行三维图像分析！

ImageJ可在一个窗口中显示多个空间或时间相关的图像这些图像集称为图像栈（Stack），组成Stack的图像称为SliceStack图片具备有三个空间维度：X，Y和ZHyperstacks具有四个以上维度，例如X（长）Y（宽），Z（片）C（通道）和T（时间帧）。

ImageJ可对Stack圖像进行重建来构建三维立体模型在医学图像中可以将CT层扫图片重建为三维立体模型。共聚焦图片也可以进行Z-Stack层扫获得三维图片

4、三維切割，Stack图像显示为三维模型后可从不同方向（XY、XZ、YZ方向）进行切割以展示三维图像内部情况展示各横断面可为定性、定量研究和分析內部结构提供有力支持。

如何调整三维切割的方向

选中三维视图，鼠标右击选择Adjust slices可调整XY、XZ、YZ视图切割方向：

ImageJ计算三维图像体积

二维图潒的计数我们很熟悉，那么三维图像如何计数

以三维图像中的立体体为例给大家分享三维图像计数：

结果显示，在三维空间中存在29个立方体：

还可得到这29个物体的体积与表面积等数据：

ImageJ分析三维神经元复杂性

以神经元胞体为圆心（不包括胞体）开始画一系列同心圆得到隨距离从StartingRadius到Ending Radius同心圆与神经元突起交点个数的变化，以此来反映神经元的复杂性：

鼠标调整显示的Slice追踪3D 突起轨迹，点击起点调整Slice点击终點软件即可自动追踪：

同样的方法追踪其他突起：

Sholl Analysis插件可以分析任何类似有胞体和突起的细胞的分支的复杂性，例如星形胶质细胞和小胶質细胞等以小胶质细胞为例，步骤相同效果如下：

今天给大家分享ImageJ三维图像分析就到此为止，希望对大家有所帮助！