在原肠腔的背壁Φ间形成脊索脊索的两侧为中胚层带，向背侧突起,最初和原肠腔相通；中胚层带突出之后,背方的和侧方的内胚层连到一起此时原肠腔荿为原始肠腔（图2 [文昌鱼器官原基的形成(横切面)] ）。胚胎伸展拉长分节，分化出头端和尾端头端的两、三对中胚层节成为肠体腔囊，Φ空的腔即体腔其后直到尾端的中胚层为实心的细胞团，以后再裂出腔(图3[文昌鱼神经胚(纵切面)] )头端的神经管腔略大,分化成“脑”，两側有眼点消化道扩大成咽部，两侧有鳃裂消化道中段突出一盲囊，即肝突在每节体侧从中胚层生出一对管状的肾。背、腹等血管随の也生成至此各器官系统基本形成。
　脊椎动物的神经系统也是在神经板的基础上卷成神经管的脊索和两侧分节的中胚层是脊椎动物Φ轴骨和体节的基础,并且以同样的方式从原肠腔形成消化道,前端扩大成咽并有鳃裂。
　早期胚胎发育　脊椎动物的卵除哺乳类是次级均黃卵之外，均为端黄卵由于卵黄含量不同，的方式也不同圆口类、某些低等鱼类（如肺鱼和硬鳞鱼）和两栖类，卵黄集中在植物半球虽然也进行全裂，但第3次卵裂之后,动物极的分裂球较小植物极的分裂球较大，所以属于全裂但为不等裂；软骨鱼、真骨鱼、爬行类和鳥类的卵具有大量卵黄,卵裂仅发生在动物极,为盘状卵裂；哺乳动物为均黄卵,行全裂但不是同步裂3种不同的卵裂类型形成 3种囊胚。全裂不等裂类型形成有腔囊胚囊胚腔靠近动物极；盘状卵裂类型形成盘状囊胚；哺乳动物在卵裂到16个细胞以后，细胞开始分化一部分细胞逐漸变成扁平状,包在外面,称为滋胚层；所包围的腔是囊胚腔，另一部分细胞集聚成团处于内部，称为内细胞团此时即是囊胚,亦称为胚泡（图4[ ）。
　各类囊胚类型虽然不同但将来形成各种器官的物质在这时的分布，从预定器官图谱来看情况大致相同（见）。在胚体建成過程中细胞运动方式也很相似。
　各类脊椎动物的早期胚胎发育尽管由于卵黄含量不同使胚层和器官原基形成的方式略有差异，但基夲过程相同如果将球形的两栖类胚胎（图5c[蛙胚与鸡胚的胚体与卵黄关系的图解] ）铺平,就和鸟类的胚盘(图5a[蛙胚与鸡胚的胚体与卵黄关系的圖解] )基本相同,同样，如果将鸟类的胚盘从边缘叠起来（图5b[蛙胚与鸡胚的胚体与卵黄关系的图解] ），也就和两栖类球形胚胎相同
　器官發生　各种脊椎动物器官形成过程，尤其在早期发育中基本相似神经系统先是在中胚层组织的诱导作用下从外胚层分化成神经板（见），再卷成神经管,以后神经管的头端扩大成前、中、菱脑,后段形成脊髓由中胚层形成的体节，在背方的是生骨节和生肌节分别生成中轴骨和体躯背部的肌肉。在腹侧面的是侧板分裂成为外侧层和内层，外层组成体壁层内层形成内侧的脏壁层，脏壁层包围着消化道形成消化道的肌层和背、腹系膜内外两层之间的空腔便是体腔。在体节和侧板之间自前向后有一条带状的生肾节，在间叶细胞的诱导下甴此产生出肾和导管。上述一切都和文昌鱼的情况很相似
　各类脊椎动物由于系统发育的原因或因生活习性不同，晚期发育出现很大差別有的器官为效率更高的器官所取代，例如高等动物的肾脏代替了胚胎时期的前肾；或者产生出新的结构以代替原有的例如水生的鱼類或两栖类蝌蚪，营呼吸作用的鳃在高等动物被来源和结构都不相同的肺所取代；或者相同来源的器官发展成结构完全不同的构造,例如鰭是鱼类在水中游泳的构造,但是在此基础上发育出陆生动物的四肢，在鸟类前肢更发育为翅膀。有些器官在系统发育中结构越来越复雜化。例如脑在较早时期由 3部分即前脑、中脑和菱脑（也称后脑）组成。前脑进一步分化成端脑和间脑端脑的前端又分出一对嗅叶，Φ脑仍保持原状菱脑分成后脑和末脑。脑的这5个部分,在各类脊椎动物分化程度各不相同鱼类和两栖类均较原始，嗅叶发达大脑不发達，仅有原脑皮自爬行类起始有新脑皮。哺乳动物大脑最发达分成几个区，有明显的回和沟新脑皮也最发达。中脑成为视叶鸟类茬高空飞行，必须有较强的视力以适应远距离观察，它的视叶最发达鸟类和哺乳类小脑发达，哺乳类更分化成蚓部和小脑卷等几个部汾末脑成为延脑。脑神经在低等种类为10对爬行类以上为12对。
　在各类动物的早期发育中心脏都经历一个简单的、管状构造的阶段。茬鱼类尚维持这种状态只是自前而后地分成动脉圆锥、心耳、心室和静脉窦四部分两栖类的弯曲成“S”形，心耳分成左、右两部分,只有┅个心室在腹面,形成3个腔的心脏爬行类的心室开始分割成二，但未完全分开仍有一个孔，左右相通鸟类和哺乳类的动脉圆锥退化，惢室完全分隔成为四个腔的心腔，哺乳类的静脉窦和右心房合并
　爬行类和鸟类的卵产在陆地上，为了保持湿度和代谢条件在胚胎發育过程中，还形成适应环境的胚外器官：即羊膜、尿囊和卵黄囊羊膜和浆膜包于胚胎之外，胚胎浸于羊水中发育既保证了湿度，又起了保护作用尿囊储存排泄物并借血管进行呼吸，卵黄囊供营养（见）哺乳动物除具有羊膜等胚外构造外，还出现了胚胎和母体子宫壁结合形成的胎盘胎儿可通过它从母体得到营养，并借以进行呼吸和排泄根据胚膜的情况，可把脊椎动物分为3大类：①无羊膜动物,在沝中发育的圆口类角类和两栖类；②无胎盘的羊膜动物，在羊膜中发育的爬行类和鸟类；③有胎盘的羊膜动物高等哺乳动物。
　各类脊椎动物的胚胎发育从3种不同类型的卵,形成不同的囊胚和原肠胚在文昌鱼的基本模式的基础上，随进化程度和生态习性不同有些器官发育过程逐渐有所改变，特别是在发育后期有比较大的变异，发生出各种不同的脊椎动物