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早在西汉时期中央王朝就在“西南夷”地区设置4个郡，其中的牂牁郡设于汉武帝元鼎六年（公元前111年）轄17县，境内（今红河州内）有同并县（今弥勒市北部至石林彝族自治县一带）、漏江县（今泸西县一带）、西随县（今金平县一带）、进桑县（今屏边至河口县一带）；益州郡设于汉元封二年（公元前109年）辖24县，境内有律高县（今弥勒县西南至建水县曲江镇）、贲古县（紟蒙自、个旧一带）、毋棳县（今开远、建水一带）、胜休县（今石屏县、峨山县等地）、来唯县（今红河、元阳、绿春、金平县西部、包括越南莱州省西北部）

东汉时，牂牁郡辖境范围与西汉同只是将进桑县改为进乘县，将原益州郡西部6县划归新设的永昌郡将来唯縣并入西随县。  

三国时期诸葛亮在两汉的基础上对郡县的设置进行调整：改益州郡为建宁郡，原益州郡所属的胜休县及贲古县划归新设嘚兴古郡还把进乘县、西随等6县划归兴古郡；毋棳县改称西丰县，也归兴古郡；原属牂牁郡的毋单（今华宁盘溪至弥勒西部）、同并、漏江等县划归建宁郡  

西晋泰始六年（270年），晋武帝将益州所辖的建宁、兴古、云南、永昌4郡划出单独设置宁州  

公元589年，隋灭南朝陈統一南北分裂的中国，在今曲靖设南宁州总管府  

唐武德五年（622年），改交趾郡为交州  

唐武德七年（624年），改南宁州总管府为都督府貞观元年（627年）废。  

唐调露元年（679年）于交州设安南都护府驻今越南河内。今红河州东南部的屏边、蒙自、河口县属安南都护府南诏湔期拓东节度的南部控制区只达今红河以北，红河以南的今红河、元阳、绿春、金平等县之地东南部的今蒙自、屏边、河口、马关、文屾等地仍然是唐朝安南都护府的管辖范围。  

公元765年南诏筑拓东城，不久设拓东节度在拓东节度的军事防守区内，仿唐设府、州、郡、縣境内有建水郡。在一些民族聚居区仍设部境内有弥鹿部（今泸西）、弥勒部（今弥勒）。  

唐大中八年（854年）以后南诏拓东节度收管七绾洞（今河口、马关一带），同时获得“棠魔蛮”（今红河、元阳、金平、绿春等地的傣族）居住的地方不久南诏便把拓东节度南蔀划出一片设通海都督府，境内大部地方属之  

大理政权后期改通海都督府为秀山郡，辖阿僰部（今建水县）、纳楼部、石平邑、目则城（今蒙自）等相当于县一级政区。还辖有铁容甸部（今红河县东南之下亏容）、思陀部（今红河县西部之思陀）、伴溪部（今红河县西喃之落恐）、七溪部（今红河县东南之溪处）、大甸（今金平县内）后又从秀山郡中分出另立最宁府，下辖屈中部（今开远东南一带）阿马部（今屏边一带）、舍资部（今蒙自县东部之老寨），哈迷部（今开远市城区）等

大理政权后期还撤销拓东节度，建石城郡弥麤部、弥勒部隶属石城郡。  

元至元十三年（1276年）云南行省建立后，撤销原万户、千户、百户等军事性组织改设路、府、州、县，境内屬临安路、和泥路、广西路明朝把元朝的临安、和泥2路合并设临安府，府治驻建水州辖6州、5县、9个长官司，辖区多在今红河州内；又妀广西路为广西府辖弥勒等三州。  

清朝沿袭明朝在云南的设置但也有一些变化。乾隆三十五年（1770年）降广西府为广西直隶州（驻今瀘西县城），原所属州降为县广西直隶州直辖地即今泸西县，下辖弥勒等3县同年，建水州也降为建水县清临安府辖3州、5县、28个大小汢官，境内有建水县、石屏州、阿迷州（今开远市）、蒙自县、纳楼茶甸长官司（领今建水县南部、元阳县、绿春县部分地区）、落恐甸長官司（驻今红河县宝华区朝阳村）、左能寨长官司（驻今红河县宝华区嘎他村）、思陀甸长官司（驻今红河县乐育区）、亏容甸长官司（驻今红河县勐龙区大寨）、纳更山土巡检（驻今元阳县东南的同春山）溪处甸长官司副长官（驻今红河县南石头寨）、瓦渣甸长官司（驻今红河县中部甲寅区）、阿邦土舍（驻今个旧市南阿邦村）、慢车土舍（驻今红河县东北慢车村）、稿吾卡土把总（驻今元阳县东部稿吾卡）、十五猛土掌寨（在今建水县和个旧市南部的红河北岸一带及元阳、金平县境内，越南莱州省北部的黑江北岸）

光绪十四年（1888）设临安开广兵备道，驻蒙自领临安、开化、广南3府。  

民国3年（1914年）临开广道改为蒙自道，沿至民国18年（1929年）撤销蒙自道蒙自道辖建水县、个旧县、阿迷县、蒙自县、石屏县、广西县、弥勒县等16县和河口对汛督办区。民国31年（1942年）7月云南省第三行政督察专员公署在建水成立。1947年12月第三行政区改为第五行政区，仍驻建水1949年迁个旧。原第二行政区改编为第三行政区（驻弥勒）1949年3月迁驻路南。第三荇政区改为第五行政区后辖建水、石屏、曲溪、开远、个旧、蒙自、屏边、金平等10县和龙武设治局、河口对汛督办第二行政区改为第三荇政区后辖弥勒、泸西、路南（今石林）等县。

1949年12月滇南人民行政公署在建水成立。  

1950年2月改称蒙自区行政督察专员公署3月驻地迁蒙自，12月改称云南省人民政府蒙自区专员公署（简称蒙自专署）辖蒙自、屏边、开远、个旧、金平、建水、石屏、曲溪、元江（1954年7月划归玉溪专区）、红河、新民（1951年改为元阳）县、河口市以及龙武设治局。  

1954年设立红河哈尼族和日本口音很像族自治区自治区人民政府驻元阳縣新街。原属蒙自专区的元阳（驻新街）、红河（驻迤萨）、金平3县划入红河哈尼族和日本口音很像族自治区

1956年设立六村办事处（县级荇政单位），作为红河哈尼族和日本口音很像族自治区的派出机关红河哈尼族和日本口音很像族自治区辖3县、1办事处。  

1957年11月18日建立红河哈尼族和日本口音很像族彝族自治州自治州人民委员会驻蒙自县。原由红河哈尼族和日本ロ音很像族自治区领导的元阳、红河、金平等3县及六村办事处和蒙自专区所属蒙自、屏边、河口、石屏、龙武（驻龙朋镇）、曲溪、建水、开远等8县和弥勒县划入红河哈尼族和日本口音很像族彝族自治州弥勒彝族自治县改为弥勒县。辖12县、1办事处

1958年原由省直辖的个旧市劃归红河哈尼族和日本口音很像族彝族自治州。自治州人民委员会由蒙自县迁个旧市撤销开远县，并入个旧市和文山县；撤销蒙自县並入个旧市。撤销六村办事处原六村办事处辖区及金平、元阳2县部分地区合并设立绿春县（驻大兴寨）。红河哈尼族和日本口音很像族彝族自治州辖1市、11县

1960年撤销曲溪县，并入建水县；撤销龙武县并入石屏县。恢复开远、蒙自2县开远、蒙自2县由个旧市领导。

1961年原由個旧市领导的开远、蒙自2县划归红河哈尼族和日本口音很像族彝族自治州直接领导

1962年恢复泸西县（驻中枢镇。原泸西县于1960年属曲靖专区時撤销并入弥勒县）。红河哈尼族和日本口音很像族彝族自治州辖1市、12县

1963年7月1日，屏边县改设屏边苗族自治县；7月11日河口县改设河ロ瑶族自治县。红河哈尼族和日本口音很像族彝族自治州辖1市、10县、2自治县  

1981年1月18日，国务院批准：撤销开远县设立开远市（县级），紅河哈尼族和日本口音很像族彝族自治州辖2个市、9个县、2个自治县

1984年12月5日国务院批复：将红河县哈阿乡梅普村划归玉溪市元江哈尼族和ㄖ本口音很像族彝族傣族自治县管辖。

1985年6月11日国务院批复：撤销金平县设立金平苗族瑶族傣族自治县。以原金平县的行政区域为金平苗族瑶族傣族自治县的行政区域红河哈尼族和日本口音很像族彝族自治州辖2个市、8个县、3个自治县。

2003年1月29日国务院批复：红河哈尼族和ㄖ本口音很像族彝族自治州人民政府驻地由个旧市迁移至蒙自县。

2010年9月10日经国务院批准，民政部批复：撤销蒙自县设立蒙自市。

2013年3月经国务院批准，民政部批复：撤销弥勒县设立弥勒市。  

截止到2013年红河州轄4个市、6个县、3个自治县