所需数据文件：pdb1kim_protH.msv 和TK_xray_ligs.sd. 所需时间：20 分鍾 介绍 本教程中一组配体分子将被对接到胸苷激酶（thymidine kinase ）中，本教程包括： ? 准备分子对接体系执行分子对接计算 ? 分析配体对接姿态 准备分子对接体系，执行分子对接计算 1. 定义受体分子To define the protein as the 在系统视图中展开 1kim_proth可以看到识别出9 个可能的结合位点，最大的可能的结 合位点被展礻在图形视图中 注：使用Display 工具组中的Next Site 和Previous Site 观看其它结合位点 图 受体活性位点示意图 3. 从结合部位定义球 在系统视图中点击选择Site 1，点击View 工具栏Φ的Fit To Screen 按钮放大结合位点 SBD_Site_Sphere...”，打开“SphereObjects Attributes”对话框在对话框中找 到半径（Radius ）那一行，将值设置为9点击OK 按钮。 增大半径的目的是为了使得活性部位的大多数点被包含在这个球内这点可以从视图窗口 得到证实。 在体系视图中通过点击“Site 1”前面的框将“Site 1”从三维窗口中隐去在接着的对接中 “Site 1”不会被用到。 按CTRL+T 隐去窗口中的数据表格（Data Table ） 5. 以表格浏览器形式打开配体文件 在文件浏览器中找到配体文件TK_xray_ligs.sd，双击配體文件以表格浏览形式打开。 图 以表格形式浏览待对接分子 6. 打开流程修改参数 在Protocols 浏览器中展开Receptor-Ligand Interactions 文件夹，双击Dock