本文采用的Bergey's手册中蓝藻内的分类不论目科属，均为形态分类其中目在手册中为“Subsection”而非“Order”，目、科均未列名称此处目名称为习惯用法，科不列名称；属除Halospirulina和Trichodesmium之外均标为“形态属”(Form
Genus)而非“属”(Genus)表中在形态分类后面加注"@"。预料不久的将来整个蓝藻分类系统将会大调与其它细菌分类及种类统一为系統发育分类系统。
此外因汉语“藻”字可指多种水生光合产氧生物，包括多支互不相关的原生生物甚至高等水生植物此处仍用按照“藻”翻译蓝藻门(Cyanobacteria)细菌分类及种类。但也可依据个人理念将名称定为“某菌”或“某蓝菌”但应注意避免与其余细菌分类及种类重名。
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【摘要】：正 现有的细菌分类及種类分类法,无论其分类准则为何,都是以所观察的特性,或者说,以性状的关系(Phenetic relationship)为依据的因此,这一分类在目前有别于其它生物的分类,原因是人們对细菌分类及种类的祖先缺乏
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