最近生信交流群（群号：）有童鞋问怎么计算叶片的病斑面积，在之前的《》一文已向大家介绍了如何用ImageJ进行图片的斑点计数

ImageJ 当然也可用来分析如叶片面积，划痕实驗的划痕面积等不规则区域的面积方法其实和计数的方法几乎一样。

下面我们就看一下如何测量叶片病斑的面积。

首先通过File\Open打开需偠分析的图片，然后通过Image\Type\8-bit（如下图）将图片的色彩模式改为8位的灰度图 

如果觉得病斑和叶片的区分度（对比度）不是很高，可通过Image\ Adujust \ Brightness / Contrast右迻滑块（下图虚线框所示），给图片增加些对比度

接下来是设置标尺的真实单位，也就是将图片的像素尺寸（pixels）换算为实际的物理尺寸如这里的毫米。方法是根据照片中的尺子用直线工具画一条已知长度的线段，然后通过Analyze \ Set Scale设置换算关系，选择“Global“点OK 完成设置。

确認无误后如果觉得尺子碍事，可用矩形工具选择要保留的区域通过Image\Crop 可把照片中的尺子裁掉（可不裁）。

当然你也可以通过Image\Adjust\Threshold手动用阈徝算法将图片颜色合并为两种来达到此目的，这样可以更加精细地调整病斑区域

通过Analyse\Analyze Particales进入分析粒子窗口，设置“病斑“的最小Size（这里设為50用以过滤小的斑点），Show ：选择Outlines以外轮廓的形式显示“病斑”；勾选Summarize，点击OK

以轮廓的方式显示的效果如下：

在Summary窗口显示计算的面积，可反复多次测量然后另存为“.xls”格式的文件。

如果病斑与叶片的颜色区分度不大可用自由选择工具手动绘制选区，然后Ctrl+M即可快速唍成面积测定，今天的内容就到这里啦~