另外肾脏病的不同发展时期其組织病理的改变也不一致。比如同样为IgA肾病，可以在病理上表现为从接近正常的肾组织到多数肾小球硬化的几乎所有发展阶段所以了解肾脏组织形态学的改变对临床医生判断病情、治疗疾病和估计预后方面提供了重要的依据。可以说肾脏病理检查的开展是肾脏病学发展过程中的一个飞跃。目前肾脏病理检查结果已经成为肾脏疾病诊断的金指标。概括起来肾穿刺检查的临床意义主要有以下几点：
⑴奣确诊断：通过肾穿刺活检术可以使超过三分之一患者的临床诊断得到修正。
⑵指导治疗：通过肾穿刺活检术可以使将近三分之一患者的臨床治疗方案得到修改
⑶估计预后：通过肾穿刺活检术可以更为准确的评价肾脏病患者的预后。
另外有时为了了解治疗的效果或了解疒理进展情况（如新月体肾炎、狼疮性肾炎及IgA肾病等）还需要进行重复肾脏病理检查。
为明确诊断指导治疗或判断预后，而又无穿刺禁忌证时内科各种原发、继发及遗传性肾实质疾病（尤其是弥漫性病变）皆可肾穿刺。
⑴原发性肾脏疾病：①急性肾炎综合征肾功能急劇坏转、疑急进性肾炎时，应尽早穿刺；按急性肾炎治疗2～3月病情无好转应做肾穿②原发性肾病综合征，先治疗激素规则治疗8周无效時肾穿刺；或先穿刺，根据病理类型有区别的治疗③无症状性血尿，变形红细胞血尿临床诊断不清时无症状性蛋白尿，蛋白尿持续>1g/d诊斷不清时应做肾穿刺检查
⑵继发性或遗传性肾脏病：临床怀疑无法确诊时，临床已确诊但肾脏病理资料对指导治疗或判断预后有重要意义时应做肾穿刺。
⑶急性肾功能衰竭：临床及实验室检查无法确定其病因时应及时穿刺（包括慢性肾脏病人肾功能急剧坏转）
⑷移植腎：①肾功能明显减退原因不清时，②严重排异反应决定是否切除移植肾；③怀疑原有肾脏病在移植肾中复发

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