肛肠科创建于1957年（前身为痔疮科）1993年成立独立专科，2000年10月被确定为厦门中医市首批医学重点学科创建单位2001年10月被确定为福建省中医重点专科建设单位，经过几年的不斷努力和建设专科在组织管理与专科规模、人才培养与梯队建设、医疗、科研及教学等方面取得了长足的进步，逐渐成为突出中医特色以中西医结合为主要方法，国际先进理论与方法相结合系统、规范化诊治肛肠疾病，技术力量雄厚规模最大，辐射全省的肛肠专科也是福建省尤其是厦门中医市及闽南地区诊治肛肠疾病、进修学习、培养专科人才的重要基地。

　　肛肠科有住院床位80张医护人，24人（其中副高以上人才6人年手术台次超，1200人次接受来自省内外的广大患者），科室诊疗设施配备齐全人才梯队结构合理，技术力量雄厚能采用中医、西医及中西医结合方法治疗各种肛肠疾病。率先开展慢传输型、出口梗阻型及混合型便秘的诊断与治疗厦门中医中医院肛肠科在长期的医疗实践过程中对各种肛肠疾病的内治、手术、物理等治疗方法形成了自己独特、富有疗效的个性化治疗手段，自制具囿中医特色、疗效显著的系列内服外用制剂并拥有现代化检查仪器及治疗设备。