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Campbellsci数据采集器
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Campbellsci数据采集器&&& & & & &&& & & & & &&& & &&& & & & & & &&&&& & & & & & & & & & & & &&&& & & & & & & & & & & & & & && & & &&&& & && & & & & &&& & & & &&&&& & & & && & & & & & & & & & & & & & & &&& & & & & & & & & & & & & & &&&&&& & &&& & & &&& & && & & & &&&& & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & && & & & & & & & & & & & & & &&& & &&& & && & & & &&& & & &&& & & & & &&& && & & & & & & & & & & & & & & & & & && & & & & & & & & & & & & &&& && & & & & & & & && & & & & && & & & & & & & & & & & & & & & &&第一章节我们讲了如何利用GEO数据库等
又是零成本发SCI，好喜欢！嘻嘻 - 热点_【北京联盟】
又是零成本发SCI，好喜欢！嘻嘻
/ 作者：小易
北京联盟摘要：第一章节我们讲了如何利用GEO数据库等
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第一章节我们讲了如何利用GEO数据库等工具进行差异分子，还原一篇低成本的3.6分的文章（不知道，点这里：零基础生物医学大数据挖掘系列（一）开篇）。第二章节将继续对已发表的文章来进行数据分析还原，将文章中用到的分析过程和操作,一步一步还原呈现给大家。联盟 http://www.010lm.com/本期挑选的一篇文章是” Identification of breast cancer candidate genes using geneco-expression and protein-protein interaction information 北京联盟 http://www.010lm.com/”是2016年5月安徽大学Yan Chen团队发表在ONCOTARGET。（影响因子为6.359 ，PMID: ）北京联盟 http://www.010lm.com/文章的基本思路是通过构建乳腺癌的共表达和蛋白互作网络来寻找到7个潜在的重要基因，然后根据一个在线的生存分析工具评估7个基因整体的临床意义。北京联盟 http://www.010lm.com/此文是零成本北京联盟 http://www.010lm.com/发表高分文章的经典文章，文中没有做任何实验，花任何经费，也没有开发复杂的分析算法，仅仅通过组合各种现成的工具和使用公共数据库数据来发表了一篇不错的文章。当然个人也对此文能发表在大于5分的杂志也比较意外，建议补充简单的实验来增加说服力。总之，掌握和学会大数据分析对于一个无文章、无经费、无课题的科研小白来说是一个不错的方向，只要结合一个好的idea也能发表高分文章，实现逆袭。北京联盟 http://www.010lm.com/那么我们就开始数据分析了，首先了解下分析流程，解决几个核心问题。北京联盟 http://www.010lm.com/北京联盟 http://www.010lm.com/1． 蛋白与蛋白互作关系是什么，怎么构建蛋白与蛋白互作网络？北京联盟 http://www.010lm.com/2． TCGA数据库中据乳腺癌的基因表达数据怎么获得？北京联盟 http://www.010lm.com/3． 共表达网络是什么，根据2中的基因表达数据怎么构建共表达网络？北京联盟 http://www.010lm.com/4． seed gene是什么，怎么获得？北京联盟 http://www.010lm.com/5． 如何构建子网络，寻找到新颖的潜在基因？ 北京联盟 http://www.010lm.com/6． 如何通过在线的生存工具对多个基因进行生存分析？北京联盟 http://www.010lm.com/本期围绕第一个问题简单介绍下什么是蛋白与蛋白互作？为什么要构建蛋白与蛋白互作网络？北京联盟 http://www.010lm.com/简单来说就A蛋白与B蛋白之间是否会发生结合的信息，生命体内蛋白质是细胞活性及功能的最终执行者，而各个蛋白不是独立地行使功能，而是互相交互作用共同导致某个细胞活动或生命现象。蛋白-蛋白互作网络正是把各种蛋白关系串连起来，构成一个整体、系统的网络。蛋白-蛋白互作网络对了解细胞内调控关系及其分子信号转导起着重要作用，是研究重大疾病机制、疾病治疗、疾病预防和新药研发的理论基础北京联盟 http://www.010lm.com/北京联盟 http://www.010lm.com/这里简单介绍下，蛋白-蛋白互作是通过哪些实验获得的，即如何证明A蛋白与B蛋白互相作用的？北京联盟 http://www.010lm.com/1.酵母双杂交系统北京联盟 http://www.010lm.com/其原理是当靶蛋白（A蛋白）和诱饵蛋白（B蛋白）特异结合后，诱饵蛋白（B蛋白）结合于报道基因的启动子，启动报道基因在酵母细胞内的表达，如果检测到报道基因的表达产物，则说明两者之间有相互作用，反之则两者之间没有相互作用。北京联盟 http://www.010lm.com/2.噬茵体展示技术北京联盟 http://www.010lm.com/在编码噬菌体外壳蛋白基因上连接一单克隆抗体的DNA序列，当噬菌体生长时，表面就表达出相应的单抗（A蛋白），再将噬菌体过柱，柱上若含目的蛋白（B蛋白），就会与相应抗体（A蛋白）特异性结合，这被称为噬菌体展示技术。北京联盟 http://www.010lm.com/3.等离子共振技术北京联盟 http://www.010lm.com/它的原理是利用一种纳米级的薄膜吸附上“诱饵蛋白（B蛋白）”，当待测蛋白（A蛋白）与诱饵蛋白（B蛋白）结合后，薄膜的共振性质会发生改变，通过检测便可知这两种蛋白的结合情况。北京联盟 http://www.010lm.com/4.荧光能量转移技术北京联盟 http://www.010lm.com/通过荧光显微镜技术可定量获取有关生物活体内蛋白质、脂类、DNA 和RNA 的时空信息。北京联盟 http://www.010lm.com/5.抗体与蛋白质芯片技术北京联盟 http://www.010lm.com/通过微型化，集成化，高通量化的抗体芯片来检测蛋白结合情况。北京联盟 http://www.010lm.com/6.免疫共沉淀技术北京联盟 http://www.010lm.com/基本原理是在细胞裂解液中加入兴趣蛋白的抗体（抗A蛋白），孵育后再加入与抗体（抗A蛋白）特异结合于Pansobin珠上的金黄色葡萄球菌蛋白A(SPA)，若细胞中有正与兴趣蛋白（A蛋白）结合的目的蛋白（B蛋白），就可以形成这样一种复合物：“目的蛋白（B蛋白）—兴趣蛋白（A蛋白）—抗兴趣蛋白抗体（抗A蛋白）—SPA|Pansobin”，因为SPA|Pansobin比较大，这样复合物在离心时就被分离出来。经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，复合物四组分又被分开。然后经Western blotting法，用抗体（抗B蛋白）检测目的蛋白（B蛋白）是什么，是否为预测蛋白。这种方法得到的目的蛋白（B蛋白）是在细胞内天然与兴趣蛋白（A蛋白）结合的，符合体内实际情况，得到的蛋白可信度高，是蛋白质-蛋白互作检测的金标准。但这种方法有两个缺陷：一是两种蛋白质的结合可能不是直接结合，而可能有第三者（C抗体）在中间起桥梁作用;二是必须在实验前预测目的蛋白是什么，以选择最后检测的抗体，所以，若预测不正确，实验就得不到结果。北京联盟 http://www.010lm.com/7.GST pull-down技术北京联盟 http://www.010lm.com/原理是将GST融合蛋白（A蛋白）作为探针固化到凝胶柱上，与溶液中的目的蛋白（B蛋白）结合。可以用来确定融合（A蛋白）蛋白与未知或靶蛋白（B蛋白）间的新的相互作用，证实探针蛋白（A蛋白）与已知蛋白质（B蛋白）间可疑的相互作用。但这种方法可能会出现假阳，因为结合是由于电荷的吸附作用，而不是真正的相互作用。北京联盟 http://www.010lm.com/蛋白与蛋白互作数据都是通过以上高通量的亲和实验得到的，而不是仅仅通过单纯的生物信息学预测。当然这些互作信息也存在局限性，例如互作关系在Hela细胞中得到验证，但并不一定适用其他细胞系或某种生理现象。虽然我们还是需要通过实验来进一步验证，但至少系统地、全面地为我们指导实验方向提供精准的预测和实验证据。北京联盟 http://www.010lm.com/本期就到这里了，相信大家对蛋白-蛋白互作有了一定的了解，下一期将演示如何通过一些工具寻找某基因(蛋白)直接互作的蛋白(或基因名)。北京联盟 http://www.010lm.com/北京联盟 http://www.010lm.com/FS数据挖掘版主北京联盟 http://www.010lm.com/赵忻艺，将大数据应用于医学科研，主要包括临床医学数据的挖掘、收集、整理和利用（标准化和科学化的数据库），医学分子大数据的整理、利用及研究（基因、蛋白及代谢）。特别针对肿瘤个体化的基因测序和数据快速处理，寻找个体化的分子标志物、药物靶标和治疗方案。目前，已建立浙大大数据挖掘团队，旨在降低研究者学习大数据的门槛，推动大数据共享与研究协作，发表更高质量的研究成果，为科研决策提供精准的预测和实验证据。北京联盟 http://www.010lm.com/科研路，不孤单！北京联盟 http://www.010lm.com/北京联盟 http://www.010lm.com/Freescience医学科研联盟全国火热招募ing北京联盟 http://www.010lm.com/北京联盟 http://www.010lm.com/50家高校及医院的小伙伴已经加入啦北京联盟 http://www.010lm.com/北京联盟 http://www.010lm.com/科学自由共享北京联盟 http://www.010lm.com/北京联盟 http://www.010lm.com/投稿请扔至freescience@zju.edu.cn北京联盟 http://www.010lm.com/
又是零成本发SCI，好喜欢！嘻嘻
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&冲击第一篇SCI过程实录
冲击第一篇SCI过程实录
作者 quiettimes
2011年初，产生发SCI的年头；
&&2011年3月，在小木虫注册；
&&月，做实验，采集数据；
&&2011年5月，查找文献写作初稿；
& &2011年6月，选择期刊，收集投稿资料，最后定为IEEE GRSL；
& &2011年7月，补充文献资料，修改论文；
& &&&论文投稿；
& & 早上就受到immediate reject decision letter，指出的原因是：requires extensive editing with respect to English，并且the results are preliminary，there is no explanation of the reason behind the results obtained and the dependence from the parameters。
& & ——看来得继续锤炼俺的英语，同时继续提炼自己的观点
& & &&把投的一稿再次打印出来，仔细的看，把拒稿意见读了几遍，似乎自己的文章确实有问题。英文不过关是肯定的，至于结论，因为要投Letter，所以篇幅压缩得很厉害——看来真的如木虫上的前辈说的，第一次投SCI，最好不要找Letter来投，而应该找比较规范的好一点儿的期刊来投，这样修改意见多，能学到更多的东西。——决定认真改一下，扩充内容，投个IEEE Transction之类的。
& & &&由于手足口病，幼儿园放假两周，看来得看孩子了，修改的计划估计得推迟到开学了
& & &&修改了一下，投了IASP2011——俺终于忍不住，又堕落了（整个暑假忙着看房子、看孩子，考博的书都没看完，修改论文——看来得无限期推迟了）
（直播中）
[ Last edited by quiettimes on
at 15:20 ]
收到IASP录用通知，会议的确是好发，这个会议算是审稿时间比较长的了；9月份注册会议后，收到出版社的邮件，居然无需修改，看来俺也算熟手了
看到省教育厅科研立项，支持力度不错，而且要求35岁一下的要占60%，厚厚，是个机会，申请一下；申请下来的话，研究期3年，应该能出SCI了，而且连版面费都有地方报销了，厚厚
[ Last edited by quiettimes on
at 11:30 ]
经过努力，申报的项目通过了学校的评审，在35周岁以下组里排名第二（限3个名额），今天校园网上公示了，庆祝一下……期待到省里也能顺利通过。
[ Last edited by quiettimes on
at 15:42 ]
意外收到IEEE-GRSL的审稿邀请，因为该论文的研究内容与俺投过的内容相近，所以邀请俺审稿。慌乱之中也没看是不是有报酬，就果断地接受了。——没想到自己还没发，先要给别人审稿了，俺可是个生手啊……
[ Last edited by quiettimes on
at 15:46 ]
本人最近也在准备一片& &加油
等待楼主下一步消息
本人也在写第一篇，准备投Water Research，中的希望估计渺茫，但是我还是想冲一冲！
我也正在努力中，加油、加油。
有自己做的试验一般容易中，我也投了一篇，但是没有自己的试验，用的别人的结果，估计难的，
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与700万科研达人随时交流& Science子刊:科学家收集二氧化碳变废为宝
摘要 : 近日，国际顶尖学术期刊《Science》旗下《Science Advances》杂志上在线发表了美国康奈尔大学的化学工程师Lynden Archer的一篇研究论文，研究报道了科学家正在尝试把二氧化碳废气转化为有价值的东西——而且不能耗费太多能量。
近日，国际顶尖学术期刊《Science》旗下《Science Advances》杂志上在线发表了美国康奈尔大学的化学工程师Lynden
Archer的一篇研究论文，研究报道了科学家正在尝试把二氧化碳废气转化为有价值的东西&&而且不能耗费太多能量。
我们人类在2014年向大气中排放了359亿吨的二氧化碳，其中大部分来自发电站燃烧煤和天然气，制造肥料和水泥，以及其他工业过程。Lynden
Archer说，如果化学家能够捕获二氧化碳并以工业化的方式将其转化成其他产品的原料，那么&二氧化碳就不是累赘，而是礼物了。&
多年来，科学们一直在尝试贮藏从发电站和其他排放设施的废烟道气中捕获的二氧化碳，但主要是通过压缩进地下深处的办法。然而，如果没有大量补贴，这种昂贵的储存二氧化碳的方法在经济上是不可行的。把二氧化碳压缩进旧油田以采出更多的油是一个办法，但这还不够，而且考虑到目前的低油价，这种方法是否划算还不很难说。倡导利用二氧化碳而不是封存它的人希望能够将这种无用的废物转化为有价值的产品来获得利润。最可能实现的办法是将这种气体作为生产化学品的原料，这同时可以用一些更环保的东西替换掉石油化学品。
这些倡导者面临一个化学难题。二氧化碳是一种稳定的分子，它的化学键中并没有储藏太多能量。如果要利用二氧化碳，化学家需要输入能量，通常是通过加热，但这需要用电。大部分电来自燃烧煤或天然气的发电站&&这又会向大气中排放更多的二氧化碳，甚至比捕获到的更多。
工程师，化学家和其他研究者指出，新技术正在改变这种局面。Xprize基金会能源与环境组的资深科学家Paul
Bunje希望为解决方案提供一个大奖可以激励不同的技术团队。最近，该基金会宣布，有超过40个团队正在竞争一份2000万美金的大奖。这个名为Carbon
XPrize的大赛的结果将会在2020年春季宣布。赢家的方案需要把最多的二氧化碳转化为净值最高的产品。有些团队考虑生产聚合物，或者替代汽油的燃料，或者工业化学品。
从长远来看，如果能有诸多不同的企业用二氧化碳生产这样或那样的化学品，构成一个碳利用工业，那足以改变世界。像气候变化这样大规模的问题需要多种解决方法，Bunje说。
Carbon Xpriea咨询委员会成员之一
Archer说：&现在的问题是化学界的人如何创造出新的反应，新的机理来将二氧化碳作为原料利用起来。&在《科学进展》(Science
Advances)上，他提供了一个答案：一种在发电时，还能把二氧化碳转化为化工产品的燃料电池。Archer和他的学生Wadji Al Sadat
建造了一个原型反应器，可以使二氧化碳、铝和氧气结合生成草酸盐。草酸盐可以用于制造酸、除锈剂、织物染料以及其他工业化学品。
Archer深知尝试利用二氧化碳做环境友好型化工的陷阱所在。&通常这会因耗能过多而导致成本难以接受&&但我们可以重新得到消耗了的能量，&他说，&这令我们感到惊喜。&
这种电池靠的是铝和空气的反应。电池里面，氧气和一个铝电极反应形成高活性的过氧化铝，过氧化铝可以和较为惰性的二氧化碳反应。这两个反应生成了草酸铝。Archer说，燃料电池从这些化学反应中捕获一部分能量，尽管需要一定的电压来驱动反应，但这个过程放出的电量比消耗的多。因为金属会被消耗掉，因此选择合适的金属就很关键。他选择铝是因为铝资源丰富，而且不贵。而且尽管生产铝的过程会排放二氧化碳，Archer希望他这个系统可以捕获足够多的二氧化碳来生成草酸盐，以抵消排放的二氧化碳。
康奈尔团队提醒说，他们并不完全了解这种电池涉及的化学反应。比如说，燃料电池的早期版本使用了一种被称为离子液体的昂贵材料充当电解液。如果离子液体在其中起到了关键作用而且不可替代，这些技术可能最终是不可行的，Archer说。
草酸盐的需求量并不大，许多致力于碳利用的创业公司生产的化学品的需求量也不大。但是有些公司目标更为宏大。Skyonic公司设在得克萨斯州圣安东尼奥的试验工厂可以捕获水泥厂排放的废气，并将其转化为石灰石和酸。Solidia
Technologies公司将二氧化碳压缩进混凝土中。其他处于不同发展阶段的公司也致力用二氧化碳生产塑料、替代燃料和化学原料。
Herzog说，许多承诺利用捕获的二氧化碳的项目好得有点不真实，不过他并没有指出具体是哪家公司。Herzog是麻省理工大学能源计划的高级研究工程师，也是封存碳的支持者。他说，&二氧化碳是使用过的能源。&如果不在产品的生命周期中投入更多的能源，想利用二氧化碳生产化学品或能源都是十分困难的。&你无法在能源方面获胜。热力学是这么告诉我们的，&Herzog说。
尽管Herzog承认某些此类的公司也许能够盈利，但他仍对碳利用对环境的潜在影响表示怀疑。作为2005年IPCC二氧化碳捕集和封存特别报告的主要作者，他认为报告中关于碳利用的结论仍然是成立的：减少全球排放量的可能性很小。即使化学工业利用二氧化碳来生产所有的产品&&没有人认为这能实现&&它们也不能抵消所有的排放。
加州伯克利一个创业公司Opus 12的创始人之一Kendra Kuhl清楚地知道，碳利用不会彻底解决世界的排放问题。Opus
12正在研究一个电化学的反应，以利用新颖的催化剂和可再生的电力把二氧化碳转化为聚合物原料和其他化学品。Kuhl说，Opus 12会参与Carbon
XPriza的竞争。她说，即使没有足够的产品需求来消耗巨大的二氧化碳排放，考虑到继续挖掘化石燃料来养活石化行业带来的环境后果，尝试利用二氧化碳仍是值得尝试的。&化学行业需要一种新的方式。&
原文链接：
原文摘要：
Economical and efficient carbon capture, utilization, and sequestration
technologies are a requirement for successful implementation of global action
plans to reduce carbon emissions and to mitigate climate change. These
technologies are also essential for longer-term use of fossil fuels while
reducing the associated carbon footprint. We demonstrate an O2-assisted
Al/CO2electrochemical cell as a new approach to sequester CO2 emissions and, at
the same time, to generate substantial amounts of electrical energy. We report
on the fundamental principles that guide operations of these cells using
multiple intrusive electrochemical and physical analytical methods, including
chronopotentiometry, cyclic voltammetry, direct analysis in real-time mass
spectrometry, energy-dispersive x-ray spectroscopy, x-ray photoelectron
spectroscopy, and coupled thermogravimetric analysis&Fourier transform infrared
spectroscopy. On this basis, we demonstrate that an electrochemical cell that
uses metallic aluminum as anode and a carbon dioxide/oxygen gas mixture as the
active material in the cathode provides a path toward electrochemical generation
of a valuable (C2) species and electrical energy. Specifically, we show that the
cell first reduces O2 at the cathode to form superoxide intermediates. Chemical
reaction of the superoxide with CO2 sequesters the CO2 in the form of aluminum
oxalate, Al2(C2O4)3, as the dominant product. On the basis of an analysis of the
overall CO2 footprint, which considers emissions associated with the production
of the aluminum anode and the CO2captured/abated by the Al/CO2-O2
electrochemical cell, we conclude that the proposed process offers an important
strategy for net reduction of CO2 emissions.
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