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蛋白质-蛋白质对接中打分函数的研究.pdf 50页
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国内图书分类号：R318．Ol
北京工业大学硕士学位论文
sco砒NGn玳CTIoN
目——!丛里l§Q!星!塑：里l§Q!錾!塑坠Q￡幽g
研究生姓名：——
业：——垒塑星堂工程一
研究方向：
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师：———盛_啦
论文报告提交日期；
—————丛坦亟生垃———一 学位授予日期：——
授予单位名称和地址：
—————j望蔓至坐盔堂j韭室直塑堕匿垩壁旦l塑呈)
继人类基因组计划在本世纪初落下帷幕以后，生命科学研究已跨入了后基
因组时代，揭示蛋白质结构功能关系和相互作用规律成为新时期的科学主题。
广泛深入的学科领域交叉蓬勃发展，已成为后基因组时代生命科学发展的内在
要求和发展动力。特别是计算机科学迅速发展，实现了对海量数据存储分析，
为生命科学研究注入了前所未有的活力。在当今生物功能复合体的结构功能关
系迫切需要了解认识的情况下，计算方法在生物大分子复合物结构预测和相互
识别机制研究领域将大有作为。尽管结构生物学实验手段不断迅速发展，但是
在解析生物大分子组装体结构方面仍然存在技术瓶颈。计算方法在总结现有生
物分子结构特征的基础上，利用物理化学基本原理，进行蛋白质与配体复合物
结构预测和相互作用规律研究，将成为实验手段的重要补充，并在某种程度上
对实验工作有重要的指导意义。
在众多预测复合物结构的理论方法中，分子对接方法备受重视。构象空间
搜索和打分函数筛选最佳结合模式是分子对接算法的两个重要组成部分。特别
是打分函数的准确性直接决定着结构预测的成功率。因此，打分函数研究已成
为当前分子对接算法研究的热点和难点之一。传统的打分函数试图寻找适于全
部蛋白复合物的统一规律。然而，生物体内的大分子复合物结构不同，功能各
异，为了适应其各自的功能特点和进化趋势，在不同类型复合物的分子特征与
相互识别规律上必然存在一定差别。
因此，本论文在不同类型蛋白质复合物结合界面的物理化学特征不同的
设计出特异性打分函数，用于在对接过程中挑选有效结构。0如er类型复合物
在生物体内的信号传导途径、代谢调控、协同作用效应等重大生理过程中起
着重要作用，而且理论预测和实验解析都存在许多困难，有着重大的理论研
究意义和实际应用价值。Other类型打分函数由原子接触能(互■cE)、范德
华和静电相互作用能组成，通过多元线性回归方法获得各项的权重系数。对
表明，组合打分函数CamScorel的预测成功率明显高于残基成对势(RP)。
北京工业大学工学硕士学位论文
对CAP砒第8轮的两个结构分别用组合打分ComScorel与RP进行筛选，
结果显示：组合打分ComScorel捕获的有效结构数目明显多于RP，而且排
序先于RP，并能够囊括RP搜寻得到的有效结构。在CAPRI第9轮，对组
试，ComScore2显示出较ComScorel更强预测能力。从对Target25打分预
测结果上看，组合打分ComScore2分别捕获到
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什么星芒最漂亮？d5100套机镜头18-55星芒的一点联想
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不知大家注意到没有，你的是几角星的星芒呢？新入手的d5100套机，18-55的镜头，星芒效果实在是纠结啊，居然是14角星，星芒太多了，个人还是比较喜欢6角星芒。由此联想到，不同星芒与光圈叶片的关系。6枚叶片为6角星，7枚叶片就是14角星的星芒了。看来，奇数叶片的星芒为叶片的2倍，偶数叶片所产生的星芒与叶片数相等。大家不妨晒晒自己的镜头是多少星芒的，验证下俺的说法，给俺们新手个参考，尤其喜欢拍夜景的朋友。下面的照片是18-55镜头星芒测试，俺抛砖引玉，望大家踊跃发帖发图讨论比较。
另外，弱弱的问下，我的照片没有镜头信息，是此镜头没有收入数据库吗？如何在照片下面显示镜头信息呢？器材:&[]&&镜头:225时间: 20:51:13.20&&快门:30&&光圈:F/36.0&&焦距:55毫米&&感光度:100&&
14角的也好看啊
有空试试，夜景不错。
我所知道的是
星光芒和光圈有关系 还真没听说跟 光圈叶片数量有关系
楼主这张图是F36的光圈
缩到F18再拍一张看看 是否还是14条星光芒
这种星芒周边浸润的密集灰点是肿么回事？
确实，我的a16是7片，照出来14角的器材:尼康 D90&[尼康数码相机]&&镜头:Unknown (FB 54 2B 50 24 24 84 06)时间: 18:55:08.00&&快门:8&&光圈:F/20.0&&焦距:17毫米&&感光度:100&&器材:尼康 D90&[尼康数码相机]&&镜头:Unknown (FB 54 2B 50 24 24 84 06)时间: 18:58:35.00&&快门:10&&光圈:F/11.0&&焦距:17毫米&&感光度:100&&
比如说3角星可以产生6个星芒，4角星产生8个星芒，6角星产生12个星芒，但是双数的角星其中有一半星芒重合了，如下图，假设黑色线、绿色线为光圈叶片形状及叶片数量，红色线为产生的星芒。
对 第4楼 法号戒嗔 说：＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝相片曝光不足，为显示星芒效果，特调整曲线增加亮度，宽容度不够颜色溢出了。
对 楼主 感觉呼吸 说：＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝我也试试去
对 第5楼 samlvping 说：＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝拍的漂亮，支持欣赏。祝多出好片！
[quote]引用：5楼 samlvping 于
22:53:48 发表确实，我的a16是7片，照出来14角的器材:尼康 D90&[尼康数码相机]&&镜头:Unknown (FB 54 2B 50 24 24 84 06)时间: 18:55:08.……[/quote]拍的漂亮~！深圳吧？
对 第11楼 法号戒嗔 说：＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝上海的……
对 第3楼 ke1818 说：＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝器材:尼康 D5100&[尼康数码相机]时间: 21:07:27.40&&快门:1&&光圈:F/16.0&&焦距:50毫米&&感光度:800&&我这张光圈是16，星芒是14。
对 第13楼 北国风情 说：＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝14片光圈可能性不大，应该是7片的。不错，拍的挺漂亮。
再请教下高手们，拍星芒多大光圈效果好？
对 第14楼 感觉呼吸 说：＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝你是否看的有误？我哪里说的“14片光圈”？
引用：5楼 samlvping 于
22:53:48 发表
确实，我的a16是7片，照出来14角的器材:尼康 D90&[尼康数码相机]&&镜头:Unknown (FB 54 2B 50 24 24 84 06)时间: 18:55:08.……
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“在黄河两岸，游击兵团，野战兵团，星罗棋布，散布在敌人后面；在万山丛中，在青纱帐里，展开了英勇血战
“在黄河两岸，游击兵团，野战兵团，星罗棋布，散布在敌人后面；在万山丛中，在青纱帐里，展开了英勇血战！”这是《黄河大合唱》中的一段朗诵词。它描述的主要是
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175位同学学习过此题，做题成功率64.0%
阅读下列文字，回答文后问题。星星变奏曲如果大地的每个角落都充满了光明谁还需要星星，谁还会在夜里凝望寻找遥远的安慰谁不愿意每天都是一首诗每个字都是一颗星像蜜蜂在心头颤动谁不愿意，有一个柔软的晚上柔软得像一片湖萤火虫和星星在睡莲丛中游动谁不喜欢春天，鸟落满枝头像星星落满天空闪闪烁烁的声音从远方飘来一团团白丁香朦朦胧胧如果大地每个角落都充满了光明谁还需要星星，谁还会在寒冷中寂寞地燃烧寻找星星点点的希望谁愿意一年又一年总写苦难的诗每一首是一群颤抖的星星像冰雪覆盖心头谁愿意，看着夜晚冻僵僵硬得像一片土地风吹落一颗又一颗瘦小的星谁不喜欢飘动的旗子，喜欢火涌出金黄的星星在天上的星星疲倦的时候——升起去照亮太阳照不到的地方【小题1】你认为这首诗表达了作者怎样的思想感情？【小题2】诗人用“柔软得像一片湖”来形容夜晚，这给你怎样的感受？【小题3】作者把“鸟落满枝头”比作“星星落满天空”，你认为二者有哪些相似之处？【小题4】“谁不喜欢飘动的旗子，喜欢火/涌出金黄的星星”中的“涌出”改换成“冒出”或“跳出”，好不好？为什么？【小题5】试仿照这首诗的“如果……如果……”或“谁不愿意……谁不愿意……”的句式写几句话，表达一种期盼或愿望。【小题6】请你再摘抄一首江河的诗歌，并与同学交流。表达了作者对理想的追求、对自由幸福生活的渴盼，也流露出淡淡的无奈之情。&
本题难度：容易
题型：解答题&|&来源：2012-人教版初中语文九年级上册《星星变奏曲》练习题
分析与解答
习题“阅读下列文字，回答文后问题。星星变奏曲如果大地的每个角落都充满了光明谁还需要星星，谁还会在夜里凝望寻找遥远的安慰谁不愿意每天都是一首诗每个字都是一颗星像蜜蜂在心头颤动谁不愿意，有一个柔软的晚上柔软得像一片湖萤火...”的分析与解答如下所示：
【小题1】了解写作背景和意象“星星”。这首抒情诗以“星星”象征光明，即诗意、春天、温暖、希望和自由等生活中最美好的东西，但诗中的“星星”又有其特定的情境和意味，即它所显现的不是阳光普照的光明，而是茫茫黑夜中闪现的点点光明，寄托了诗人在现实中执著追求的理想。【小题1】答案既能符合文意又能自圆其说即可，但要注意“湖”的特点平静、温馨、柔软。【小题1】大意正确即可。注意几个关键点：数目多，变化多，引人注目。【小题1】此类试题体现诗歌的用词准确与生动。用处和“火”相搭配写出星星出现多而且快。【小题1】开放性试题，语句通顺注意表达一种期盼或愿望。【小题1】江河原名于友泽,出版的诗集有《从这里开始》、《太阳和他的反光》等。诗歌有：《没有写完的诗》&《星星变奏曲》 《回旋》 《从这里开始》等
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阅读下列文字，回答文后问题。星星变奏曲如果大地的每个角落都充满了光明谁还需要星星，谁还会在夜里凝望寻找遥远的安慰谁不愿意每天都是一首诗每个字都是一颗星像蜜蜂在心头颤动谁不愿意，有一个柔软的晚上柔软得像...
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经过分析，习题“阅读下列文字，回答文后问题。星星变奏曲如果大地的每个角落都充满了光明谁还需要星星，谁还会在夜里凝望寻找遥远的安慰谁不愿意每天都是一首诗每个字都是一颗星像蜜蜂在心头颤动谁不愿意，有一个柔软的晚上柔软得像一片湖萤火...”主要考察你对“3、星星变奏曲（江河）”
等考点的理解。
因为篇幅有限，只列出部分考点，详细请访问。
3、星星变奏曲（江河）
与“阅读下列文字，回答文后问题。星星变奏曲如果大地的每个角落都充满了光明谁还需要星星，谁还会在夜里凝望寻找遥远的安慰谁不愿意每天都是一首诗每个字都是一颗星像蜜蜂在心头颤动谁不愿意，有一个柔软的晚上柔软得像一片湖萤火...”相似的题目：
按原文默写（共6分，每空1分）1.&&&&，草色入帘青。（刘禹锡 《陋室铭》）2.晨兴理荒秽，&&&&。（陶渊明《归园田居》其三）3.蒹葭苍苍，&&&&。所谓伊人，在水一方。（《诗经•蒹葭》）4.不畏浮云遮望眼，&&&&。（王安石 《登飞来峰》）5.马致远的《天净沙•秋思》直接抒发游子思念家乡悲苦之情的句子是：“&&&&，&&&&&&&&&&&&&& ”&&&&
在横线上填写出古代诗文原句
（12分）①关关雎鸠，在河之洲。&&&&，君子好逑。
（《诗经》·《关雎》）②吊影分为千里雁，&&&&。
（白居易《望月有感》）③水是眼波横，&&&&。欲问行人去那边？ （王观《送鲍浩然之浙东》）④陈子昂《登幽州台歌》中直抒胸臆地表达了自己壮志难酬的悲愤之情的诗句是：“&&&&,&&&&。”⑤泉水激石，&&&&，好鸟相鸣，&&&&。（吴均《与朱元思书》）⑥邹忌修八尺有余，&&&&。
（《邹忌讽齐王纳谏》）&&&&
默写。（每空1分，共9分）（1）采菊东篱下，&&&&。（陶渊明《饮酒》）（2）长风破浪会有时，&&&&。（李白《行路难》）（3）&&&&，柳暗花明又一村。（陆游《游山西村》）（4）秋风萧瑟，&&&&。(曹操《观沧海》)（5）&&&&_&&&&_，西北望，射天狼。（苏轼《江城子o密州出猎》）（6）伤心秦汉经行处，&&&&。（张养浩《山坡羊·潼关怀古》）（7）令初下，群臣进谏，&&&&。（《邹忌讽齐王纳谏》）（8）在危急关头挺身而出，勇挑重担，可用“&&&&&&&&，&&&&&&&&_”来形容。(用《出师表》中的原句回答)&&&&
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