关注今日：6 | 主题：184602
微信扫一扫
【求助】如何计算分子中各原子的部分电荷? 有没有简单快速的办法,比如软件?
页码直达：
这个帖子发布于12年零297天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
如何计算分子中各原子的部分电荷? 有没有简单快速的办法,比如软件?
不知道邀请谁？试试他们
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
只要是能够进行量化计算的软件都能作到这一点。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
你需要什么样的电荷，有机分子还是protein,核酸.....。当作有机小分子吧，常用的有gasteiger,Gasteiger-Huckel,MMFF等。Gasteiger可以用babel,openbabel,Sybyl可以大批量处理使用MOPAC，AMPAC可以更加精确，适合于单个处理。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
小分子用HYPERCHEM就可以，如果要更精确一点的用G98W，如果是要免费的用GAMESS FOR WINDOWS，如果你有CHEMOFFICE，其中的CHEM3D就有MOPAC也可以作，如果你在其中安装了GAMESS的插件，也可以利用GAMESS计算。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
谢谢楼上的指教.本人发现计算分子中各原子的部分电荷现有不同的方法和名词,都被搞晕了,本人化学基础不好,希望你指教:从网上查到好像有4种方法:1、经验方法2、Mulliken电荷3、从分子静电势进行计算4、快速计算方法- Gasteiger and Marsili Method哪种方法好啊?有啥不同的地方Mulliken 和 Gasteiger是什么?都指的什么东西?还有我用chem3D Ulta 8.0(已***的)算部分电荷,怎么菜单上有Gaussian,但是不能使用.可以单独下载这个插件,让它可以自动安装在我的chem3D Ulta 8.0下运行吗?去哪下载免费的呢? MOPAC能使,是点computer properties,然后选charges运行把.底下有个方框显示的charges: Mulliken, 是表示用的Mulliken的计算方法吗?我都要被搞死了, 呜呜...
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
关于丁香园对于一名大一学生来说，如何简单比较有机分子极性的大小？ - 知乎19被浏览4133分享邀请回答13添加评论分享收藏感谢收起3添加评论分享收藏感谢收起查看更多回答您当前的位置：&>&
分子量计算器
发布时间： 20:31:06&来源：&作者：&编号:&更新:628
在线计算器&&& &的计算软件下载
注意!化学式区分大小写
使用说明：
输入一个常用书面的化学式，如下面的例子所示：
Fe3[Fe(CN)6]2 或 Fe3(Fe(CN)6)2
结构简单的公式，也允许：
CH2=C(CH3)2
HOOC-CH2-C(OH)(COOH)-CH2-COOH
H3C-(CH2)7-CH=CH-(CH2)7-COOH 等.
符号可以用空格隔开：
Na2 S O4 或 Na 2 S O 4 相同的处理方式 Na2SO4.
公式包含一个点，显示一水合物或其他加合物, 如 CaSO4 & 1/2H2O,
要输入使用的格式 CaSO4(H2O)1/2, CaSO4(H2O)0.5, 或 CaSO4(H2O).5
因为该方案对于任何一个点作为小数点.
不要输入一个整数和一个分数组成号码, 如 1 1/2 (将改为 11/2).
使用 3/2 或 1.5代替.
&看不清楚,点击刷新
学生学习的天地利用Hyperchem软件进行分子结构构建及性质；1.初步了解分子模型方法的原理和应用；2.学习使用Hyperchem软件构建简单的分子；化学的学习使我们认识了许多分子的分子式及二维结构；HyperChem软件是HyperCube公司开；(1)分子力学(MolecularMechani；分子力学的基本假设：玻恩-奥本海默近似，原子核的；(2)半经验计算(Se
利用Hyperchem软件进行分子结构构建及性质计算实验目的1.初步了解分子模型方法的原理和应用。2.学习使用Hyperchem软件构建简单的分子并使用适当方法优化结构。3.学习使用Hyperchem软件计算简单分子的几何和电子性质。实验原理化学的学习使我们认识了许多分子的分子式及二维结构，如何得到分子的三维结构，以及分子在空间的几何特征和电子特征，则可以借助于理论计算的工具和方法去模拟计算。HyperChem软件是HyperCube公司开发的Windows界面程序。是常用的分子设计和模拟软件。它可以应用于构建简单及复杂的分子模型并进行综合计算与分析。分子构建过程可以通过熟练各个菜单及工具栏的操作来实现，计算和分析需要我们了解常用的计算方法。在本实验室中我们需要了解一下计算方法，这些方法位于HyperChem的Setup菜单下。(1)分子力学(MolecularMechanics)方法：分子力学又叫力场方法，目前广泛地用于计算分子的构象和能量。适用于超大规模体系，超低精度计算。分子力学的基本假设：玻恩-奥本海默近似，原子核的运动与电子的运动可以看成是独立的；分子是一组靠各种作用力维系在一起的原子集合。这些原子在空间上若过于靠近，便相互排斥；但又不能远离，否则连接它们的化学键以及由这些键构成的键角等会发生变化，即出现键的拉伸或压缩、键角的扭变等，会引起分子内部应力的增加。每个真实的分子结构，都是在上述几种作用达到平衡状态的表现。分子力学从几个主要的典型结构参数和作用力出发来讨论分子结构，即用位能函数来表示当键长、键角、二面角等结构参数以及非键作用等偏离“理想”值时分子能量的变化。不同的分子力场方法采用不同的势能函数。MM+：适用于有机分子的计算。Amber：适用于有机分子、蛋白质和核酸等大分子的计算。(2)半经验计算(Semi-empirical)方法：是求解HF(Hartree-Fock)方程时采用各种近似，或者直接使用拟合的经验参数来近似求解自洽场。采用单电子近似，完全不考虑双电子作用而挑选的等效单电子Hamilton算符。适用于大规模体系，低精度计算。其中AM1和PM3方法都适用于基态分子的计算。1(3)密度泛函(DensityFunctional，DFT)方法，是基于量子力学和玻恩-奥本海默绝热近似的从头算方法中的一类解法，是一种研究多电子体系电子结构的量子力学方法。通过电子密度的泛函计算电子相关。通过把电子能量分成动能，电子-核相互作用，库仑排斥和说明剩余电子相互作用的交换相关项这几部分进行分别计算。适用于小规模体系，高精度计算。DFT中包含很多泛函计算方法，其中B3LYP泛函是经常使用的方法。此外需要选择合适的基组。基组是体系轨道的数学描述，对应着体系的波函。将其带入到薛定谔方程中，就可解出体系的本征值（也就是能量）。本次实验采用中等基组6-31G(d,p)或6-31G**。6-31G是劈裂价键基组。劈裂价键基组可以用于增大所描述轨道的大小(也就是轨道的尺寸)，但不能改变形状。极化函数可以通过给轨道添加角动量来改变轨道的形状(或者说更准确的描述分子的轨道，因为有些分子有很强的共扼体系，对这样体系的描述加极化函数是非常有必要的)。极化基组6-31G(d,p)，表明在6-31G劈裂价键基组的基础上对重原子(如C，N，S等)添加d函数，对H原子添加p函数。模型计算软件及计算机Hyperchem软件Windows版，电脑一台。实验步骤构建甲醇，甘油及环己醇分子及性质计算分析(1)打开Hyperchem软件界面，双击工具栏Draw，点中C原子，在界面上单击，出现一个C原子。(2)点击Build，在下拉菜单里选择Addhydrogens，可以看到界面中出现CH4.(3)双击工具栏Draw，点中O原子，然后在CH4的一个H原子处，点击H原子，这时候H原子就被O原子取代，然后重复(2)操作，可以得到CH3OH.(4)点击Display，在下拉菜单里点Labels，在弹出对话框中选Symbol，可以在界面中看到元素的符号；然后Display--Labels--BondLength，在界面中出现键的键长，记录下各个键的键长，此为初始键长。(5)点Select，勾选Atoms和MultipleSelections，然后选中分子中的三个连续的原子，然后点Edit，在下拉菜单里点SetBondAngle，在弹出对话框里可以看到角度值，记录下这三个原子之间的角度，依次类推，记录其它三个原子之间的键2角。此为初始键角。(6)点Setup，在下拉菜单里点MolecularMechanics，在弹出对话框里选MM+，然后OK。(7)点Compute，在下拉菜单里点GeometryOptimization，然后OK。可以看到界面窗口中分子在优化过程的变化情况。计算完成后，我们在界面的左下角会看到Conv=Yes的字样，说明计算完成，还会显示分子的能量E,右下角是选用的计算方法，MM+。(8)然后Display--Labels--BondLength，在界面中出现键的键长，记录下各个键的键长。(9)点Select，勾选Atoms和MultipleSelections，然后选中分子中的三个连续的原子，然后点Edit，在下拉菜单里点SetBondAngle，在弹出对话框里可以看到角度值，记录下这三个原子之间的角度，依次类推，记录其它三个原子之间的键角。(10)点Compute，在下拉菜单里点Properties，在弹出对话框里记录TotalEnergy，DipoleMoment及单位，然后点Details记录下进一步详细的数据。(11)点Setup，在下拉菜单里点MolecularMechanics，在弹出对话框里选Amber，然后OK。(12)点Compute，在下拉菜单里点GeometryOptimization，然后OK。可以看到界面窗口中分子在优化过程的变化情况。计算完成后，我们在界面的左下角会看到Conv=Yes的字样，说明计算完成，还会显示分子的能量E,右下角是选用的计算方法，Amber。然后重复步骤(8)，(9)，(10)，记录相关数据。(13)点Setup，在下拉菜单里点Semi-empirical，在弹出对话框里选AM1，然后OK。(14)点Compute，在下拉菜单里点GeometryOptimization，然后OK。可以看到界面窗口中分子在优化过程的变化情况。计算完成后，我们在界面的左下角会看到Conv=Yes的字样，说明计算完成，还会显示分子的能量E,右下角是选用的计算方法，AM1。然后重复步骤(8)，(9)，(10)，记录相关数据。(15)点Compute，在下拉菜单里点PlotMolecularGraphs,在弹出对话框中Property选ElectrostaticPotential，然后在Representation里选2DContours，这是在界面里出现静电势图，然后点Edit，在下拉菜单里点CopyImage，然后粘贴到Word文档里。点工具栏里的Select，在界面上点击分子，则图像消失。这时我3们可以来显示其它图形。同理，点Compute，在下拉菜单里点PlotMolecularGraphs,在弹出对话框中Property选ElectrostaticPotential，然后在Representation里选3DIsosurface，然后点Edit，在下拉菜单里点CopyImage，然后粘贴到Word文档里。(16)点Compute，在下拉菜单里点Orbitals，在弹出对话框中Orbital里选中LUMO(即最低空轨道)，在白色长条里输入0，记录Energy和Symmetry，然后OrbitalPlotting里选中3DIsosurface，点Plot，界面中出现轨道图，然后点Edit，在下拉菜单里点CopyImage，然后粘贴到Word文档里。同样，点Compute，在下拉菜单里点Orbitals，在弹出对话框中Orbital里选中HOMO(即最高占据轨道)，在白色长条里输入0，记录Energy和Symmetry，然后OrbitalPlotting里选中3DIsosurface，点Plot，界面中出现轨道图，然后点Edit，在下拉菜单里点CopyImage，然后粘贴到Word文档里。计算出(LUMO―HOMO)的能量差值。(17)点Setup，在下拉菜单里点Semi-empirical，在弹出对话框里选AM1，然后OK。(18)点Compute，在下拉菜单里点GeometryOptimization，然后OK。可以看到界面窗口中分子在优化过程的变化情况。计算完成后，我们在界面的左下角会看到Conv=Yes的字样，说明计算完成，还会显示分子的能量E,右下角是选用的计算方法，PM3。然后重复步骤(8)，(9)，(10)，记录相关数据。(19)重复(15)，(16)的操作，记录相关数值及复制图形。(20)点Setup，在下拉菜单里点DensityFunctional，在弹出对话框里OrbitalBasisSet选Large，然后OK。(21)点Compute，在下拉菜单里点GeometryOptimization，然后OK。可以看到界面窗口中分子在优化过程的变化情况。计算完成后，我们在界面的左下角会看到Conv=Yes的字样，说明计算完成，还会显示分子的能量E,右下角是选用的计算方法，Density。然后重复步骤(8)，(9)，(10)，记录相关数据。(22)重复(15)，(16)的操作，记录相关数值及复制图形。(23)基于以上对甲醇计算分析的基础上，分别构造甘油和环己醇的分子结构，然后重复步骤(20)和(21)的操作，记录相关数据。(24)重复(16)的操作，计算出(LUMO―HOMO)的能量差值。思考题1.比较Hyperchem下各种方法下计算得到的甲醇分子的键长的差别，同时与高斯软件计算的高精度的DFT计算值比较，并计算相对误差。4注：高斯高精度DFT计算值在B3LYP/6-31G(d,p)理论水平下完成。计算值见下图。2.比较Hyperchem下甘油和环己醇的DFT计算值与高斯软件计算的高精度的DFT计算值，并计算相对误差。注：高斯高精度DFT计算值在B3LYP/6-31G(d,p)理论水平下完成。计算值见下图。3.简述静电势(ElectrostaticPotential)的含义并举例说明分子的静电势可以解释哪些现象。4.简述LUMO和HOMO，(LUMO―HOMO)能量差值的具体含义。5三亿文库包含各类专业文献、高等教育、中学教育、幼儿教育、小学教育、应用写作文书、文学作品欣赏、行业资料、各类资格考试、利用Hyperchem软件进行分子结构构建及性质计算64等内容。　
　HyperChem软件中Script的常用语句注解_药学_医药卫生_...分子结构及其文件操作 file-format item 定义分子结构...进行优化操作 do-single-point 进行单点计算 do-... 　HyperChem 程序的运行环境 HyperChem 程序包,用 C++...建立计算分子的数据文件 以丁二烯为例: 选择 Build-...性质: 第 6 页共 67 页(中生网--大量生物软件... 　分析功能,是优秀 的分子图形和分子设计的工具软件之...HyperChem 或其它量子力学计算法得出的关于分子 性质...Zoom:对分子结构进行缩放。进行缩放操作时,最好选择... 　丙烷Hyperchem程序应用 22页 免费 《量子化学计算软件...骨架结构: 加氢并模型化: 加氢并模型化: 2、用半...分子性质: 6、分子轨道图-最高占据轨道 2D、3D ... 　程序应用-环戊烷 Hyperchem 程序应用-环戊烷 画分子结构模型图: 画分子结构模型图: 加氢、模型化: 进行优化: 用半经验方法 CNDO 进行优化: 用从头算计算方法进行... 　程序应用Hyperchem 程序应用-乙炔 画分子骨架结构图:...进行优化: 用半经验方法 CNDO 进行优化: 从头算...分子性质: 分子性质: 乙炔分子 2D、3D 静电势图:... 　(1) 先用半经验方法进行分子优化, Setup 中选择 ...4、 HyperChem 量子化学的程序还可用于计算分子性质 ...可 以迅速构成分子体系骨架,建立起 2D、3D 分子... 　《C 语言程序设计》的基础上,结合本专业,进 一步...使用 Hyperchem 进行 一些简单的分子力学 计算。 ...利用 MS 建立晶体及晶 体结构性质分析 2 1 2 ...}