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GUASSIAN中的NBO计算结果分析
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GUASSIAN中的NBO计算结果分析
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&【求助】NBO计算的.47文件
【求助】NBO计算的.47文件
作者 sophia_999
请教：在服务器里计算NBO产生的.47文件默认保存在哪里呀？
这个你最清楚，我们怎么知道呢？？按个SSL,一个一个文件夹去找！！！
引用回帖:Originally posted by heyo_123 at
这个你最清楚，我们怎么知道呢？？按个SSL,一个一个文件夹去找！！！ 我不清楚啊。我在最后一行加上$nbo bndidx plot archive file=nbo $end，在windows下47文件保存在scratch里面了，可是在服务器里我就找不到了。
要不这样问吧，最后一行怎样写才能把47文件保存到当前文件夹呢？
引用回帖:Originally posted by sophia_999 at
我不清楚啊。我在最后一行加上$nbo bndidx plot archive file=nbo $end，在windows下47文件保存在scratch里面了，可是在服务器里我就找不到了。
要不这样问吧，最后一行怎样写才能把47文件保存到当 ... 你的*.log文件在哪，*.47文件就在哪，你的Linux环境中应该也有个Scratch文件夹，看里面在吗，
引用回帖:Originally posted by heyo_123 at
你的*.log文件在哪，*.47文件就在哪，你的Linux环境中应该也有个Scratch文件夹，看里面在吗？？ 没有scratch文件夹。log文件的路径下也没有.47文件啊。我能通过最后一行指定存到某个路径吗？
这个我以前做过，默认和log文件在一起的，你的最后一行有小错误吧
在linux环境下，$nbo bndidx plot archive file=nbo $end会生成nbo.47文件，与你的.log或.out在一个目录下，与scrarch设置没什么关系。
引用回帖:Originally posted by sjzxbe at
在linux环境下，$nbo bndidx plot archive file=nbo $end会生成nbo.47文件，与你的.log或.out在一个目录下，与scrarch设置没什么关系。 我觉得也应该是这样的，可是有log文件没有47文件，难道高斯安装有问题？
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&求助关于NBO分析的一个问题
求助关于NBO分析的一个问题
计算两个分子，已经正常结束了，log文件打开是两个完整的分析，但是观察文件中的NBO分析，发现变成了三个碎片，其中一个分子中的一个氢原子被当成一个片段计算了，不知道这个是属于什么情况？
文件太大，没法复制。传个图吧，那个大的分子中间有一个羰基和烯醇结构式，羟基上面的氢单独为一个碎片。
[ 来自科研家族
[ Last edited by
at 10:12 ]
羟基氢离另一个氧距离太近，构成低势垒氢键(LBHB，可参看PNAS,95,12799)，使得原先O-H键被大大削弱，因此NBO分析时没有自动找出O-H对应的BD，故把那个氢单独作为一个unit不足为奇。
引用回帖:: Originally posted by sobereva at
羟基氢离另一个氧距离太近，构成低势垒氢键(LBHB，可参看PNAS,95,12799)，使得原先O-H键被大大削弱，因此NBO分析时没有自动找出O-H对应的BD，故把那个氢单独作为一个unit不足为奇。 那怎么解决？
看你想研究什么问题。如果与判断unit无关，则无须理会。如果非要让O-H出现BD，以使氢被归进大分子的unit，则需要利用$CHOOSE关键词指定lewis结构，从而让O-H之间出现BD（由于这个键是削弱了的，因此占据数会比一般的O-H键的BD要低）
引用回帖:: Originally posted by sobereva at
看你想研究什么问题。如果与判断unit无关，则无须理会。如果非要让O-H出现BD，以使氢被归进大分子的unit，则需要利用$CHOOSE关键词指定lewis结构，从而让O-H之间出现BD（由于这个键是削弱了的，因此占据数会比一般 ... 那CHOOSE关键词指定时，是否需要指定全部原子的键？
引用回帖:: Originally posted by sobereva at
看你想研究什么问题。如果与判断unit无关，则无须理会。如果非要让O-H出现BD，以使氢被归进大分子的unit，则需要利用$CHOOSE关键词指定lewis结构，从而让O-H之间出现BD（由于这个键是削弱了的，因此占据数会比一般 ... 另外，如果我研究的键与判断unit无关，或者是与被孤立的氢原子无关，而主要是另外两个unit，那么NBO分析时将它分为三部分对另外两个分析的结果有没有影响，
CHOOSE需要指定全部原子。
NBO是定域化的分析手段，是诸多分析方法的集合。对于NPA分析毫无影响，对于NBO成键分析，这只会稍微影响到羟基氧与相邻的碳之间的键。
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与700万科研达人随时交流定是整数；你好，很感谢你的回复；(41.41%)0..36；（1s2s2px2py2pz）；(58.59%)0..04；(45.08%)0..00%；(54.92%)0..00%；BD是代表成键轨道；3楼:Originallypostedbyxll；你好，很感谢你的回复；(4
定是整数。 你好，很感谢你的回复。我想问问是不是看这一块的信息？ 1. (1.99777) BD ( 1) C 1 - O 2
( 41.41%) 0.6435* C 1 s( 34.36%)p 1.91( 65.64%)
0.2 0.0 0.8102
( 58.59%) 0.7654* O 2 s( 24.04%)p 3.16( 75.96%)
0.3 0.0 -0.8716 2. (2.00000) BD ( 2) C 1 - O 2
( 45.08%) 0.6714* C 1 s( 0.00%)p 1.00(100.00%)
0.0 1.0 0.0000
( 54.92%) 0.7411* O 2 s( 0.00%)p 1.00(100.00%)
0.0 1.0 0.0000 BD是代表成键轨道。后面括号里面的（1）或者（2）是代表σ键和π键吗？ lkui486 (站内联系TA) 3楼: Originally posted by xllifan at
17:17:20 你好，很感谢你的回复。我想问问是不是看这一块的信息？ 1. (1.99777) BD ( 1) C 1 - O 2
( 41.41%) 0.6435* C 1 s( 34.36%)p 1.91( 65.64%)
0.2 0.0 0.8102
... 这个得看具体的杂化形式。比如你的C和O分别怎么杂化的。1似乎是单键C的SP2和O的SP3轨道作用。2似乎是双键C的P和O的P轨道作用。 xllifan (站内联系TA) 4楼: Originally posted by lkui486 at
17:35:34 这个得看具体的杂化形式。比如你的C和O分别怎么杂化的。1似乎是单键C的SP2和O的SP3轨道作用。2似乎是双键C的P和O的P轨道作用。 ... 谢谢你的及时回复。我又看了一下。 σ(C-O)=0.5862(2sC)+0.4903(2sO)+0.8102(2pzC)-0.8716(2pzO) 可以得到上述结果，这样C-O之间是σ键。 π(C-O)=1.000(2pxC)+1.000(2pxO) 可以得到上述结果，这样C-O之间是π键。 请问，上述的σ键和π键是如何确定的？？？谢谢。 lkui486 (站内联系TA) 5楼: Originally posted by xllifan at
17:46:52 谢谢你的及时回复。我又看了一下。 σ(C-O)=0.5862(2sC)+0.4903(2sO)+0.8102(2pzC)-0.8716(2pzO) 可以得到上述结果，这样C-O之间是σ键。 π(C-O)=1.000(2pxC)+1.000(2pxO) 可以得到上述结果，这样C-O之间是π ... 按照这个公式计算就可以得到分别的键级啊。1是的结果差不多是1，2的结果就是2。那么就说明你的C和O分别有一个σ和一个π键。 lkui486 (站内联系TA)
5楼: Originally posted by xllifan at
17:46:52 谢谢你的及时回复。我又看了一下。 σ(C-O)=0.5862(2sC)+0.4903(2sO)+0.8102(2pzC)-0.8716(2pzO) 可以得到上述结果，这样C-O之间是σ键。 π(C-O)=1.000(2pxC)+1.000(2pxO) 可以得到上述结果，这样C-O之间是π ... 你的模型中hi羰基么？这两个原子形成的？ xllifan (站内联系TA) 6楼: Originally posted by lkui486 at
17:52:58 按照这个公式计算就可以得到分别的键级啊。1是的结果差不多是1，2的结果就是2。那么就说明你的C和O分别有一个σ和一个π键。 ... 弱弱的问下，是不是成键轨道的具体组成： σ(C-O)=0.5862(2sC)+0.4903(2sO)+0.8102(2pzC)-0.8716(2pzO) π(C-O)=1.000(2pxC)+1.000(2pxO) 结果大约等于1的就是σ键？ 结果大约等于2的就是π键？ 还有其他情况吗？谢谢。 lkui486 (站内联系TA) 8楼: Originally posted by xllifan at
19:19:39 弱弱的问下，是不是成键轨道的具体组成： σ(C-O)=0.5862(2sC)+0.4903(2sO)+0.8102(2pzC)-0.8716(2pzO) π(C-O)=1.000(2pxC)+1.000(2pxO) 结果大约等于1的就是σ键？ 结果大约等于2的就是π键？ 还有其他情况 ... 根据我的理解就是这样子的。
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++== 1. 如何通过GaussView + Chemcraft 绘制NBO轨道
第一步：计算 用gaussian产生nbo轨道文件。下面是一个输入例子（为了用Chemcraft比较nbo和分子轨道，还加上了gfinput，pop=full这些选项）：
#p b3lyp/6-31g gfinput pop(full,nboread)
Ar H 1 1.33 F 1 1.95 2 180.
$nbo bndidx plot $end
这个计算完成后，除了gaussian的输出文件外，还会产生FILE.31~.41文件。
PS: 补充说明NBO的输入控制选项 bndidx是指计算键级，plot指输出所有用来画NBO轨道的文件（默认文件名为FILE.31 ~ FILE.41），可以自己命名。加上archive关键字可以输出FILE.47文件（默认名，也可以自定义名称），其中保存了NBO分析的所有信息，可以通过GenNBO软件读取。举例如下： $nbo bndidx plot file=Test-NBO archive file=Test-NBO $end 则会输出Test-NBO.31 ~ Test-NBO.41以及Test-NBO.47文件
第二步：打开NBO文件 用Chemcraft打开FILE.31，会自动加载所有的NBO轨道文件。在跳出的“Additional files for NBO visulization”中有一项“NBO output”是空的，需要把gaussian的输出文件加进去。然后Chemcraft就显示分子模型了。（可能需要通过Edit-Rebond来显示键）
第三步：显示NBO 在Chemcraft的Tools菜单下选择Orbitals/Render molecular orbitals。在“Choose orbitals source”中会出现几种轨道类型。我们关心的是NBO，故选第一个。在接下来的轨道列表中选择想要显示的轨道（在轨道前的方框中打勾），可选多个轨道。根据图像的质量，还可以调整格点质量，不过最开始可以先用默认设置。
Chemcraft回到主界面。在左上列表中选择刚刚产生的NBO轨道，在左下方会出现一些选项。其中第一行的两个“Show isosurface”和“Both-signed”是必选的。其它的可以根据需要调整。
第四步：把NBO保存为cube文件 可以直接通过Chemcraft显示NBO轨道， 还可以选择各种显示方式（包括GaussView型）。但是如果不喜欢就需要保存cube文件，并用其他软件显示。 找到想要的NBO后，重复第四步，注意在轨道列表中把右下角的“Save to cube file”也选上，并适当调整网格精度。这样就可以把NBO保存为cube文件了。 cube文件可以用很多软件打开，如Gaussview，还有免费的Gabedit，Molden，JIMP2等，根据经费而定。
如果了解cube文件格式，还可以把cube文件编辑为2维数据，用matlab、origin等程序画等高线图（contour）。
源自小木虫：http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=1585328
2.Natural Bond Order的计算 NBO 3.1没有这个功能。先产生.47文件： # ... pop=nboread
$nbo archive $end
然后编辑Gaussian产生的file.47文件，加上NRT选项，加法如下： $GENNBO
$NBO NRT $END
(原先没有NRT，只有一个空格，即$NBO $END，也可以加上RESONANCE 等关键字)
$COORD 再用Gennbo 5.0进行计算。NBO键级的结果在输出文件的最后。
NRT计算不是很稳定，经常会遇到找不到参考结构的错误, 这时候换个小点的基组也许可以解决。 引自：http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=1877461
3.Natural Bond Order的类型 NBO5有5种键级： Wiberg bond index matrix in the NAO basis:
？ Atom-atom overlap-weighted NAO bond order:
？ MO bond order:
？（有负值？） 这三种的关键字是（keyword=BNDIDX），还有NLMO（keyword=NLMO）和NBO键级（keyword=NRT；NBO 4.0以上版本）。常用的是Wiberg，NLMO，和NBO。NBO键级可以把键级分解成共价成分和离子成分，不过代码不稳定，很多体系会出错。对有些高对称体系，NLMO有时会破坏对称性。如果没有特别要求，一般用Wiberg就足够了。
我现在也只是知道怎样生成NBO5.0需要的.47的文件。
先建立高斯的gjf文件，命令行加入pop=nboread，在输入文件的最后加入$nboarchive file=**(自己命名） $end
即可在Scratch文件中找到生成的.47的文件。
讨论分子的LUMO HOMO轨道形状，关键词用pop(reg)或pop(full)，保存check文件，再用gaussian中的utilities下面fcheck转化为fcheck文件，再用gview打开fcheck文件即可。
后电荷/静电势/电子密度等的变化与转移，利用AIMALL、AIM2000等软件可以计算相互作用键临界点处的性质。 gyli (站内联系TA) Gaussian09里可以使用双杂化泛函 计算弱相互作用
coolrainbow (站内联系TA) 有个免费软件叫SAPT2008，可以做非常详细的分子间作用力计算 三亿文库3y.uu456.com包含各类专业文献、高等教育、幼儿教育、小学教育、外语学习资料、专业论文、各类资格考试、GUASSIAN中的NBO计算结果分析54等内容。　
　对于 Gaussian 用户, 可以在 route section 里写上 pop=saveNBO 或 pop=save...从 NBO 模块的二阶微扰能的分析结果看,NBO 12(N 的孤对电子轨道)和 NBO ... 　中 (ChemBio3D Ultra 12.0 中无 MOPAC 且粘贴后...(初始猜测) 、 NBO (成键轨道分析)和 Solvation(...13) 计算结束,得到高斯计算结果 Gaussian Output ... 　GUASSIAN中的NBO计算结果分析_化学_自然科学_专业资料。GUASSIAN 中的 NBO 计算结果分析在任务控制行中加上“Pop=nbo”关键词,可对分子进行全面的自然键轨道分析,... 　NBO分析的一些小结 Microsoft Word 文档_小学作文_小学教育_教育专区。如何通过 GaussView + Chemcraft 绘制 NBO 轨道第一步:计算 用 gaussian 产生 nbo 轨道文件... 　但是实际情况是氧上 面应该是正电荷,C 原子上带负电荷用Gaussian 计算 CO 的...可以算出 Mulliken 分析中,C 带负电荷,但是用 NBO 或者 AIM,都还是 C 带正... 　B-C6-B, 表示中间的连接臂为-(CH2)6-基团 结构优化采用 B3LYP/6-31G(d,p)方法,电荷分析采用 Mulliken 和 NBO 分析,所有 计算都在 Gaussian 03 程序中... 　详细解读gaussian的计算link过程_理学_高等教育_教育专区。详细解读 gaussian 的...NBO 分析 L608 非迭代 DFT 能量 L609 分子中的原子特性 L701 单电子积分一... 　支持的分子结构计算程序输出文件格式有:GAUSSIAN、 ...(Molkel)Molekel 还支持高斯的 NBO 结果,具体方法...免费)Linux 下对分子体系执行“分子中的原子”分析...小木虫仪器共享
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&求助NBO计算时出错
求助NBO计算时出错
作者 chaowen1314
我计算NBO时一直在301出错，向各位大侠请教，一下是我的输入文件
& &%chk=1.chk
%mem=200MW
# b3lyp geom=connectivity& &genecp&&pop=nboread
Molecule Name
I& && && && && && &1& && && && &&&B1
I& && && && && && &1& && && && &&&B2& & 2& && && && &&&A1
P& && && && && && &1& && && && &&&B3& & 3& && && && &&&A2& & 2& && && && &&&D1
N& && && && && && &1& && && && &&&B4& & 4& && && && &&&A3& & 3& && && && &&&D2
N& && && && && && &4& && && && &&&B5& & 1& && && && &&&A4& & 5& && && && &&&D3
H& && && && && && &6& && && && &&&B6& & 4& && && && &&&A5& & 1& && && && &&&D4
C& && && && && && &5& && && && &&&B7& & 1& && && && &&&A6& & 4& && && && &&&D5
H& && && && && && &8& && && && &&&B8& & 5& && && && &&&A7& & 1& && && && &&&D6
C& && && && && && &8& && && && &&&B9& & 5& && && && &&&A8& & 1& && && && &&&D7
H& && && && && &&&10& && && && & B10& & 8& && && && &&&A9& & 5& && && && &&&D8
C& && && && && &&&10& && && && & B11& & 8& && && && & A10& & 5& && && && &&&D9
H& && && && && &&&12& && && && & B12& &10& && && && & A11& & 8& && && && & D10
C& && && && && &&&12& && && && & B13& &10& && && && & A12& & 8& && && && & D11
H& && && && && &&&14& && && && & B14& &12& && && && & A13& &10& && && && & D12
C& && && && && && &5& && && && & B15& & 1& && && && & A14& & 4& && && && & D13
C& && && && && && &4& && && && & B16& & 1& && && && & A15& & 5& && && && & D14
C& && && && && &&&17& && && && & B17& & 4& && && && & A16& & 1& && && && & D15
H& && && && && &&&18& && && && & B18& &17& && && && & A17& & 4& && && && & D16
C& && && && && &&&18& && && && & B19& &17& && && && & A18& & 4& && && && & D17
H& && && && && &&&20& && && && & B20& &18& && && && & A19& &17& && && && & D18
C& && && && && &&&20& && && && & B21& &18& && && && & A20& &17& && && && & D19
H& && && && && &&&22& && && && & B22& &20& && && && & A21& &18& && && && & D20
C& && && && && &&&22& && && && & B23& &20& && && && & A22& &18& && && && & D21
H& && && && && &&&24& && && && & B24& &22& && && && & A23& &20& && && && & D22
C& && && && && &&&24& && && && & B25& &22& && && && & A24& &20& && && && & D23
H& && && && && &&&26& && && && & B26& &24& && && && & A25& &22& && && && & D24
C& && && && && && &4& && && && & B27& & 1& && && && & A26& & 5& && && && & D25
C& && && && && &&&28& && && && & B28& & 4& && && && & A27& & 1& && && && & D26
H& && && && && &&&29& && && && & B29& &28& && && && & A28& & 4& && && && & D27
C& && && && && &&&29& && && && & B30& &28& && && && & A29& & 4& && && && & D28
H& && && && && &&&31& && && && & B31& &29& && && && & A30& &28& && && && & D29
C& && && && && &&&31& && && && & B32& &29& && && && & A31& &28& && && && & D30
H& && && && && &&&33& && && && & B33& &31& && && && & A32& &29& && && && & D31
C& && && && && &&&33& && && && & B34& &31& && && && & A33& &29& && && && & D32
H& && && && && &&&35& && && && & B35& &33& && && && & A34& &31& && && && & D33
C& && && && && &&&35& && && && & B36& &33& && && && & A35& &31& && && && & D34
H& && && && && &&&37& && && && & B37& &35& && && && & A36& &33& && && && & D35
&&C H N P I 0
$nbo bndidx $end
你最好把错误文件的最后几行贴出来，应该有错误说明
L301是基组错误，应该是I原子不能用6-31G基组，你可以看下手册了解一下不同原子的基组使用方法，6-31G适用于H-Kr这些原子的
坐回沙发....
引用回帖:: Originally posted by yoghurt117 at
你最好把错误文件的最后几行贴出来，应该有错误说明
L301是基组错误，应该是I原子不能用6-31G基组，你可以看下手册了解一下不同原子的基组使用方法，6-31G适用于H-Kr这些原子的
坐回沙发.... Rotational constants (GHZ):& && &0.1583267& && &0.1099851& && &0.0922304
General basis read from cards:&&(5D, 7F)
Atomic number out of range for 6-31G basis set.
Error termination via Lnk1e in d:\Gaussian03\l301.exe at Sun Jan 15 10:23:05 2012.
Job cpu time:&&0 days&&0 hours&&0 minutes&&3.0 seconds.
File lengths (MBytes):&&RWF=& &&&11 Int=& && &0 D2E=& && &0 Chk=& && &7 Scr=& && &1
上面的是错误信息，希望高手指点，
L301是基组错误，应该是I原子不能用6-31G基组，你可以看下手册了解一下不同原子的基组使用方法，6-31G适用于H-Kr这些原子的
Atomic number out of range for 6-31G basis set.
Error termination via Lnk1e in d:\Gaussian03\l301.exe at Sun Jan 15 10:23:05 2012.
去：找一找I对应的基组！
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