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贴数:1&分页:硝酸铵发信人: NHivNOiii (硝酸铵), 信区: LifeScience
标&&题: [请教]qPCR相对定量怎么计算标准差？
发信站: 水木社区 (Fri Mar 19 18:19:34 2010), 站内 && 可能是个基本问题，可是我实在没想明白…… && METHODS 25, 402-408 (2001)
Analysis of Relative Gene Expression Data Using Real-Time Quantitative PCR and the 2^-ΔΔCT Method
Kenneth J. Livak and Thomas D. Schmittgen && 来自于上面这篇qPCR的古老文献的想法，觉得里面计算标准差S.D的方法很有问题。 && qPCR相对定量，两组样本：野生型Wt和突变体Mu1（以后可能还有Mu2、Mu3……）；两对引物：对照Ctrl和检测目标TrgtA（以及TrgtB、TrgtC……）。每组实验三重复。用ΔΔCt方法相对定量Trgt在不用样本中的表达差异。 && 也就是得到如下4组12个Ct值。如果只论最终的ΔΔCt（的数学期望），不管先均值再相减，还是先相减再均值，结果都会一样。问题在于ΔΔCt的标准差应该怎么算？ &&&&&&&&&&Ctrl&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&TrgtA&& ΔCt(Trgt.vs.Ctrl) &&&&&& Wt-Ctrl-1 \&&&&&&&&&&&&&&&& Wt-TrgtA-1&&&&Wt-ΔCt-1 \
Wt&&Wt-Ctrl-2 --& Avg(Wt-Ctrl)&&Wt-TrgtA-2&&&&Wt-ΔCt-2 --& Avg(Wt-ΔCt) &&&& Wt-Ctrl-3 /&&&&&&&&&&&&&&&& Wt-TrgtA-3&&&&Wt-ΔCt-3 / &&&&&& Mu-Ctrl-1 \&&&&&&&&&&&&&&&& Mu-TrgtA-1&&&&Mu-ΔCt-1
Mu&&Mu-Ctrl-2 --& Avg(Mu-Ctrl)&&Mu-TrgtA-2&&&&Mu-ΔCt-2 &&&& Mu-Ctrl-3 /&&&&&&&&&&&&&&&& Mu-TrgtA-3&&&&Mu-ΔCt-3 &&&& 1) 先将Ctrl个重复的Ct值平均，计算Trgt和Ctrl均值的差，也就是基因间的ΔCt；再将野生型Wt的ΔCt平均，计算突变体各个ΔCt和上述均值间的样本间ΔΔCt，三值求S.D.(上图所示)。 && 2) 先计算样本间的ΔCt，将Ctrl平均后再计算基因间ΔΔCt，三值求S.D. && 3) 以上方案两步具有对照性质的重复不计算均值（所谓对照性质，对于基因，是Ctrl基因；对于样本，是Wt样本），而是用对应值相减，差值直接算S.D.。可是这里有个问题：什么是“对应值”？如果没有那么明晰的一一对应关系怎么办？例如3个Wt个体，3个Mu个体，自行安排不同对应相减会有很严重的田忌赛马效应，最终的标准差计算结果会差得非常远。（上面提到那篇文献就是如此，直接按照数据出现的顺序对应相减了） && 究竟应该怎么计算呢？ &&&&&& -- &&&& ※ 修改:·NHivNOiii 于 Mar 19 18:20:52 2010 修改本文·[FROM: 162.105.248.*]
※ 来源:·水木社区 newsmth.net·[FROM: 162.105.248.*]
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blogTitle:'EXCEL中标准差函数STDEV.P、STDEV.S、STDEVPA和STDEVA之间的区别',
blogAbstract:'首先假设设总体数量是100，样本数量是10。\n\n&1、如果计算10个样本的标准差，用STDEV.S（可以把S想成sample样本）或者STDEVA函数。\n两者计算公式均为：\n\n\t两者区别是STDEV.S函数忽略样本中的逻辑值和文本，STDEVA不忽略，详细如下：\n1）STDEV.S函数的参数可以是数字或者是包含数字的名称、数组或引用。逻辑值和直接键入到参数列表中代表数字的文本被计算在内。如果参数是一个数组或引用，则只计算其中的数字。数组或引用中的空白单元格、逻辑值、文本或错误值将被忽略。 \n2）STDEVA函数的参数可以是下列形式：数值；包含数值的名称、数组或引用；数字的文本表示；或者引用中的逻辑值，例如 TRUE
和 FALSE 。包含 TRUE
的参数作为 1
来计算；包含文本或 FALSE
的参数作为 0（零）来计算。如果参数为数组或引用，则只使用其中的数值。数组或引用中的空白单元格和文本值将被忽略。如果参数为错误值或为不能转换为数字的文本，将会导致错误。\n',
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