今天我们分享在KEGG上找通路的“盲找法”教程~所谓“盲找法”就是：可能你可能还没做项目，还不知道哪个是目标基因或者酶，或者就是任性想看个通路打发一下时间……step 1首先打开KEGG数据库，你会进入下面这个界面，我们直奔主题，点击KEGG PATHWAY，就如图中标识的那样哈。噔噔，点击进去之后，你看到的界面是下图这样的。红框标识的是PATHWAY的一级分类，篮框框住的是二级分类。比如第一个Metabolismpathway的二级pathway已经列出来了。step 2比如我想找细胞凋亡相关的通路，乍一看页面上没有，但是有一个cellular process，很明显我们的通路大概应该必须在这里。我们就轻轻的点击“cellular process”，页面迅速的跳到这部分的二级pathway了，这时你可以看到二级通路下面，更细化的通路，确实有我们想要的东东。step 3在点击三级分类的通路，就可以找到我们想要的pathway map了。比如我点击三级分类pathway map 的“cell cycle”，然后就进入了下面这样的界面。注意哈，一般默认是人的pathway，如果你像查看其他物种上的pathway，你需要点击下拉三角形，选择你所关心的物种。如下面图中所示哈。so easy, dei不dei呢。但是又有老师问，如果是有了基因名，怎么找KEGG pathway呢？那都不是事儿……请关注我们接下来的分享哦~基迪奥生物(gene-denovo)　
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KOBAS软件的功能模块中首先是ID Mapping，图为将检索的基因ID通过Blast或直接映射到相应的基因名字，接下来会将这些基因通过数据库富集到相应的Pathway， Go term，Disease。
&图为KOBAS软件将每个检索基因富集到的KEGG Pathway 并给出相应的P-Value值。
& 图为KOBAS软件将每个检索基因富集到GO ontology，每个Go term 会有相应的P-Value值。
OmicsBean ( )是一款针对不同实验设计的组学数据分析系统，整合了GO ontology，KEGG，String等数据库，更侧重输出结果的图表设计，相比富集分析系统增加了数据分析和分子互作模型构建等功能模块。
&图为OmicsBean 对检索基因的富集分析结果，包括Go富集，KEGG富集。GO富集包括Biological Process, Cell Component, MolecularFunction.&
&图为OmicsBean对检索基因的GO富集结果，不同的检索基因富集到同一个GO Term,并有相应的热图表示。
&图为OmicsBean 对检索基因的KEGG富集结果，每条KEGG通路都有相应的P-Value值。
&图为OmicsBean对检索基因构建的分子互作网络调控模型，分子只有相互作用才能实现分子功能。
DAVID，KOBAS，OmicsBean系统都提供富集结果文件的下载，满足科研用户对结果数据进行分析作图发表文章。
从数据库层面上讲， DAVID注释范围从最初的GO注释，扩展到现在超过40个注释种类，包括GO注释，KEGG注释，蛋白相互作用，蛋白功能区域，疾病相关，生物代谢通路，序列特点，异构体，基因功能总结，基因在组织里的表达和论文等。KOBAS 整合了 Gene Ontology，OMIM, KEGG DISEASE, FunDO, GAD，NHGRI GWAS Catalog 疾病数据库， PATHWAY, PID, BioCarta (from PID), Reactome, BioCyc等通路数据库。OmicsBean整合了KEGG, Gene Ontology,String数据库。
从功能模块层面讲，DAVID除了富集功能外还有功能信息的簇分析，将功能信息进行分组，并通过打分标识其在功能列表中的显著性。KOBAS除了富集功能外，将Blast整合进系统中，可以针对序列Fasta文件进行富集分析，实现了跨物种的富集分析而且还整合了疾病的多个数据库。OmicsBean可以对多组学的多种实验设计数据进行分析，包括PCA,Clustering,HeatMap,Venn等数据分析功能，除了富集功能外，还可以动态构建分子互作网络模型。
从结果展示层面讲，DAVID，KOBAS主要是表格输出，OmicsBean的结果展示是图表、模型，可以下载用于文章的发表。&&[2]&下一页(/)版权所有，未经书面许可，不得转载
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联系信箱：请教，David或KEGG 如何对一组基因做pathway分析_百度知道
请教，David或KEGG 如何对一组基因做pathway分析
我有更好的答案
上面已经去掉了单行注释String literal is not properly closed by a double-quote 你这句话是双引号字符串是不正确关闭，你自己好好看哈，正常情况下是不会再报这个错了
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出门在外也不愁使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析
现在使用在线的通路注释，一般使用DAVID、KOBAS等工具。不同的工具可能需要输入不同的基因名或基因编号。下面举例操作一遍。
在gprofiler网站进行基因ID转换。
进入网址“”，选择g:convert，将要转换的物种基因名列表贴进去，选择相应物种，然后选择输出格式，例如我选择“ENSG”，就是输出ensembl格式的ID。得到附件“基因ID转换.xls”
<img BORDER="0" src="/blog7style/images/common/sg_trans.gif" real_src ="http://mail./jy3/s?func=mbox:getMessageData&sid=MAcTsCXvmvpVLXkspSvvowJYLPwvFYwX&mid=20:1tbiFAk34VIUzkTUpAAAs3&part=3" STYLE="width: 480 height: 244 cursor:"
ALT="使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析"
TITLE="使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析" />
进入kobas网站“”，该网站不能识别基因name，而可以识别ensembl
ID，所以上面我就转换了一下。
如下图，进入“Annotate”，将上面转换得到的ensembl ID列表贴进去，选择相应的物种，进行run即可；
<img BORDER="0" src="/blog7style/images/common/sg_trans.gif" real_src ="http://mail./jy3/s?func=mbox:getMessageData&sid=MAcTsCXvmvpVLXkspSvvowJYLPwvFYwX&mid=20:1tbiFAk34VIUzkTUpAAAs3&part=4" STYLE="width: 480 height: 343 cursor:"
ALT="使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析"
TITLE="使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析" />
然后选择“use this file as identity input”
<img BORDER="0" src="/blog7style/images/common/sg_trans.gif" real_src ="http://mail./jy3/s?func=mbox:getMessageData&sid=MAcTsCXvmvpVLXkspSvvowJYLPwvFYwX&mid=20:1tbiFAk34VIUzkTUpAAAs3&part=5" STYLE="width: 480 height: 257 cursor:"
ALT="使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析"
TITLE="使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析" />
然后选择注释的数据库，一般选择Gene ontology 和kegg pathway；如下:
<img BORDER="0" src="/blog7style/images/common/sg_trans.gif" real_src ="http://mail./jy3/s?func=mbox:getMessageData&sid=MAcTsCXvmvpVLXkspSvvowJYLPwvFYwX&mid=20:1tbiFAk34VIUzkTUpAAAs3&part=6" STYLE="width: 480 height: 315 cursor:"
ALT="使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析"
TITLE="使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析" />
然后就能得到结果列表了，如下图所示。也可全部导出，如附件的KEGG、GO。
<img BORDER="0" src="/blog7style/images/common/sg_trans.gif" real_src ="http://mail./jy3/s?func=mbox:getMessageData&sid=MAcTsCXvmvpVLXkspSvvowJYLPwvFYwX&mid=20:1tbiFAk34VIUzkTUpAAAs3&part=7" STYLE="width: 480 height: 244 cursor:"
ALT="使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析"
TITLE="使用KOBAS进行KEGG&pathway和Gene&Ontology分析" />
注：基因name、ID转换有多种方法、KEGG和GO注释也有多种工具，灵活选择、尝试。
以上网友发言只代表其个人观点，不代表新浪网的观点或立场。GO分析和KEGG pathway分析 - 实验交流 - 生物秀
标题: GO分析和KEGG pathway分析
摘要: [GO分析和KEGG pathway分析] 本人想急需GO分析 和KEGG pathway分析，有哪位高人能教会，我愿以人民币的方式感谢，实在是着急，没办法了，高人请联系malon2000126 com 关键词:[基因 基因组 亚细胞 物种 目的基因 信号通路 蛋白质]……
本人想急需GO分析 和KEGG pathway分析，有哪位高人能教会，我愿以人民币的方式感谢，实在是着急，没办法了，高人请联系回复找个公司，直接付钱，还不担心数据被盗。回复你想知道哪方面呢？找些书看看，免费就可以搞定了回复找些书看看，总可以得到些结果，但视研究内容，不一定能得到需要的结果回复你找到方法了吗？我也想做pathway的分析，可以向你请教一下吗？回复
你想知道哪方面呢？找些书看看，免费就可以搞定了 您好！我想针对30个目的基因进行GO功能分类和亚细胞分类分析，我按照您说的找了些资料看看，但是只会在GO网站上对单个基因进行GO分析，可是不知道如何进行多个基因的分析，您能帮帮忙吗？我是真的特别着急，如果您方便在线教教我，条件您来提，急急急回复
您好！我想针对30个目的基因进行GO功能分类和亚细胞分类分析，我按照您说的找了些资料看看，但是只会在GO网站上对单个基因进行GO分析，可是不知道如何进行多个基因的分析，您能帮帮忙吗？我是真的特别着急，如果您 ... 你做的什么物种？已经有参考基因组了吧？回复顶一下，现在有没有这方面的书记可以学的？请牛人出来指点一下回复
你做的什么物种？已经有参考基因组了吧？... 人源回复
人源... 我做了蛋白质差异分析，从里面找到了30个表达差异的蛋白，想对这30个表达差异的蛋白再进一步分析，比如亚细胞定位、信号通路(Signaling Pathway)分析等等，现在感觉我从下手，找书看都不知道从哪里找，请多多帮忙回复
我做了蛋白质差异分析，从里面找到了30个表达差异的蛋白，想对这30个表达差异的蛋白再进一步分析，比如亚细胞定位、信号通路(Signaling Pathway)分析等等，现在感觉我从下手，找书看都不知道从哪里找，请多多帮忙... 人的话，那用DAVID就可以了回复
人的话，那用DAVID就可以了... 多谢，我先去看看，不懂的再来请教，多谢！回复blastp
http://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html
如果你输入了合适的可以识别的ID，例如KO编号，加颜色，将基因组的基因对应的KO编号输入KEGG就会得到图片，
其中存在的呈色彩，不通、不存在的用黑色表示。
要看菌株的，先进行比对，然后得到KO编号，在pathway里面有空白图片，mapxxxxx.conf里面有对应的位置，color上就可以了。回复
http://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html
如果你输入了合适的可以识别的ID，例如KO编号，加颜色，将基因组的基因对应的KO编号输入KEGG就会得到图片，
其中存在的呈色彩，不通、不存在的用黑色 ... 谢谢，不太明白，我先试试回复我想做这个，不知道有人知道了么，我也着急呀回复我也要做这个，求高人讲解！
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