如何从《science最新文章》文章中挖掘出新方向

如何确定自己的科研课题?
我现在已经大三了。大概有了自己感兴趣的科研方向,想试着写一些论文。但是不知道科研课题的好坏究竟该如何衡量。还有就是如何查看自己的科研课题在国外以及国内被研究的程度?比如查看对这个科研课题的研究频率等等,是不是主要通过查论文才可以看出来呢?如果是这样的话,该通过哪些渠道可以查国外的论文呢?
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科研课题的好坏究竟该如何衡量?这个主要靠多读。另外读一篇文章的时候看看年代和引用率。一般来说被业界承认的文章引用率都比较高。比如在计算机视觉领域,5年内引用500次以上的文章肯定是教科书级的经典。另外,读的时候记得抱着一颗公正但愤青的心,要像审稿人一样,用批判的眼光去阅读领域内著名期刊的文章,但每一次批判必须做到有理有力有节。
我见过两类比较糟糕的人,一类是盲目崇拜权威,只要是xx作者写的文章,他就五体投地地拜膜。另一类是盲目批判,自己的研究根本没法提,却人云亦云地数落领域里所有大小牛们的缺点。
如何查看自己的科研课题在国外以及国内被研究的程度?你至少要通过老师、同行了解到自己领域最重要的一些出版物(期刊,会议)。当然,也不能只盯着一两个期刊,看的时候可以稍微杂一点,相关领域的也可以抓来看看。
该通过哪些渠道可以查国外的论文呢?
Google Scholar。很好查文章。找到文章还能顺便按着作者或者reference继续查,还能导入BibTex。非常方便。一般学校都有买数据库,如果没有的话,在google scholar里注意右下角的 All xx versions。经常在版权数据库之外,作者本人会在自己网页上挂出paper供大家免费下载。
=====总结=====
感觉你提的问题还都比较初级,我觉得在这个时候没必要特别小心。走一点弯路是正常的,谁学自行车没摔过跤啊~ 只要阅读量上来了,后面很多问题你自己自然会有深刻理解。比如八页文章,能保证一天一篇或者两天一篇,坚持仨月肯定有显著效果。
楼主没有说明自己的专业,各个学科之间的情况可能不大一样,所以回答的也许不太具有针对性,我是做有机小分子催化方法学的,下面结合自己的专业简单回答下楼主的提问。1,科研课题的好坏究竟如何衡量?创新性 你在文章提到“有了自己感兴趣的科研方向,想试着写一些论文”
,写论文当然是为了发表,你在投稿的时候心里肯定会掂量我是投science呢还是投XX大学学报呢?当你像杂志编辑兜售自己的产品(文章)的时候,人家肯定会问你你的文章的创新性(highlight,亮点)在哪里?你肯定没有傻到把一个做烂了得反应重心做一遍就给science投稿,说我把产率从90%提高到了99%,这是一个革命性的breakthrough......一个好的科研课题应该是:人无我有,人有我优概念上的创新
举例来讲,传统上一个化学反应是一种亲电试剂和一种亲核试剂之间的反应,一种物质缺电子,另一种物质富电子,二者眉来眼去,富电子的一方向缺电子的一方放电,二者就成键结合在一起啦,呵呵,这跟男女结婚的故事像极了。两种亲电试剂放在一起不会来电,因为二者都缺电子。现在你发明了一种方法,在二者之间丢进一种物质,将一种亲电试剂变成了亲核试剂,然后这个亲核试剂跟之前的亲电试剂反应,表面上来看两个亲电试剂成键发生了反应。这就像两个男同胞搞基从此步入婚姻的殿堂一般。在化学上有专门的术语:偶极转换来描述这一现象。它颠覆了传统上只有亲电试剂和亲核试剂才能反应认识,极大的拓宽了化学反应的类型。这种创新基本上Nobel级别的方法上的创新
这个也要拿我们专业上的例子来说明,enmaine活化和 iminium活化是小分子中常见两种活化底物的模式,enmaine活化形成一个二电子中间体,iminium活化形成一个四电子中间体,但是有人就考虑到能不能把二电子中间体或者四电子中间体变成三电子中间体,利用三电子中间体的性质,是不是就能完成一些特殊的反应。结果还真的可以,凭着这种新的活化方式普林斯顿大学的Micmallan斩获数篇science,nature其他的创新
C-H活化领域,一般需要定位官能团导向,如果你能发展新的导向基团,也是不错的创新,像jinquan yu的工作。最基础,最没有技术含量的创新就是旧反应,旧方法,旧催化体系,合成了一个新的底物,别人没有那这个底物做过反应,你用这个底物做了一系列反应。这是目前国内学术界最主要的工作,就是国外大牛挖坑,我们负责深挖坑儿。2,如何查看自己的科研课题在国外以及国内被研究的程度?这个简单,在顶尖杂志看相关课题的综述,能在超一区以及一区写综述的基本上都是这个领域的大牛,然后再根据大牛引述文章(一区以及超一区),找到相关文章的作者,关注这些人的动态就可以了解这一课题的发展动态了。还有Wiley-VCH的Hot Topics也是一种不错的途径。还有一种不错的方法就是订阅你专业的相关杂志,现在几乎每种杂志都有RSS FEED功能,订阅后,一旦有新文章上线就会邮件通知你。3,该通过哪些渠道可以查国外的论文呢第一,如果你所在学校订阅相关杂志数据库的话,这个直接下就行,但是别用机器下载,小心被封第二,直接去该文章作者的主页,国外学者一般都有group page,他们一般都会有专门的publication一栏,上面有他们发表过的所有文章,一般都会提供PDF格式供下载的最后,实在没辙就到先关论坛求助,小木虫,丁香花园,每个专业都有各自混的论坛的。
这是个非常非常好的问题。楼主作为一个大三的学生,能提出这一系列的问题,证明对于科研入门有很多的思考,实属难得。我是在实验室做实验的,可能建议不是很适合其它类型的学科,仅供参考。确定和衡量课题好坏,尤其是对于刚刚入门的研究者,非常难。因为要考虑的因素非常多:这个领域是不是太热门,是不是太冷门,能不能做出来,做出来有没有意义,实验室在这个方向上之前做过什么工作,导师在这个方向上有什么想法,需要花多少钱完成这个课题,经费够不够……需要考虑的因素太多。不在一个方向里摸爬滚打一段时间(我觉得至少一年),是很难判断的。但是这些问题,你的研究组的导师和靠谱的师兄师姐都是考虑过的。你可以把你的背景和想法都跟他们说,如果你能确定他们不是在忽悠你(比如把你骗进实验室刷一年试管),那么他们说什么,你就做什么。最好沿着研究组成熟的方向做下去,在一开始的时候不要探险研究新方向,踏踏实实掌握好基本技能。与此同时,多看文献,不要怕难,开始必然看不懂,慢慢就好了。多和别人交流,切忌闷头自己搞。基本技能掌握了,文献看多了,自然就会有想法。到那个时候idea会层出不穷,怕你做都做不过来呢。关于具体查找文献、了解科研进展。建议你先使用cnki/维普/万方,看一下这个方向的中文综述,或者相关中文博士硕士论文的介绍部分,大概了解一下这是个啥东西。再用(就是google旗舰站,不要用百度,也尽量不要用)搜索领域关键词,把搜出来的wiki页面、前面几个重要文献看一下。再找出近几年发表的切合课题的英文综述看一下(建议使用web of science搜索,精炼条件为综述和近几年)。就会知道这个方向大概发展到什么程度,哪里还需要继续研究。Google、Google Scholar、Web of Knowledge、PubMed (生物医药相关)等都是非常好的国外论文搜索引擎,不过如果要下载全文,还要看你的学校买了哪些出版商数据库的下载权限。格外推荐用Web of Knowledge检索(尤其是它的高级检索功能)。Web of Knowledge官方网站上有使用说明,可以用来检索SCI论文、查看被引施引情况、分析领域发展情况等,非常强大。配合histcite软件,可以对领域进行更深入准确的分析(具体可参考罗昭锋的博客中的》这篇文章)。
刚大三的情况下建议先去院里找一个实验室接受你去实习吧,然后看看这个实验室的老师的研究方向哪些是你感兴趣的,选一个进行相关文献的深度阅读,看看有什么地方是花费时间不太多的先做一做。毕竟如果你不是打算读这个老师的研究生的话,到你毕业也就只有两年时间,而且你还有课程或者其他事情要做。
大三初入门,需要导师的指点。tons of papers every year,帮你抱我方向少走弯路。说的你的具体问题现在图书馆的数据库都很全,可以找到重要期刊和会议的论文的。一般关注最近1-3年的top会议(限于专业,这里特针对cs专业)和top期刊上最新成果,看看主流研究热点是什么。关键词搜索你感兴趣的方向,看看相关都做了哪些工作。入门也可以从找survey开始。
随便确定一个课题,喜欢就好。这不是开玩笑。关键是确定之后。如果几年后你还在同一个课题上,我会认为你可能没好好干。因为深入一个方向的同时,必然伴随着阅读量的增长,眼界更加开阔。不管出于兴趣还是出于需要,这时都不应局限于“确定”的课题,而应该做调整,甚至转行。这对于个人发展和原课题的思路开拓都有好处。以我目前的研究为例,开始确定了大方向,之后的成果都是初看上去风马牛不相及的内容。博士入学填表时导师也说,毕业时的论文题目一般都和入学时拟的题目相差很远。对科研来说这是很好的现象,因为很多伟大的成果都是在连结两个不相干的领域。
国内核心期刊对发表论文有个基本要求,就是参考文献不少于20篇,其中外文文献不少于5篇。我不晓得国外有没有类似的要求,猜想是针对国内研究者常常不看文献、“率尔操觚”而制订的。不过直接查文献,有时数量会很庞大,也无从下手。最好是先检索有没有你感兴趣的课题的综述文章,有助于快速掌握该课题的研究动态,已经取得的成果是什么,未解决的问题是什么,发展方向是什么,还是谁是该领域的大牛等。 另外在文献选择上,从我所在的行业看,外文期刊要占一半以上(而不限于上面提到的1/4),因为国内的论文有几个特点:一是“天下文章一大抄”,雷同内容多;二是“新三年、旧三年,缝缝补补又三年”,炒冷饭、吃老本的多;三是“六经注我”,引用多于证明,缺乏创见,参考价值就不高了。很多前沿性的东西,得在外国文献里找。现在“垃圾文献”(没有学术价值的论文)充斥,看文章还真得有披沙沥金的本事,以及时下流行的“批判性思维”的功底。
国内读研想做自己课题?很稀罕啊。努力说服你老板吧。祝好运!
(1)在学习《课程标准》中找主题。(2)从听课、评课、议课中找主题。(3)从学生课业完成情况中找主题。(4)从学生的发展出发找主题。(5)从教育教学方法中找主题。(6)从课堂教学实际和教师的需求出发找主题。(7)从学科内涵、学段教学特点中找主题。(8)从教师自身素质中找主题。 ①依据教师自身特长自觉生成主题; ②从自身的素质缺陷中寻找和揭示主题; ③从教学薄弱环节中挖掘主题。
我说一点确定课题的方法,个人觉得还是很不错的。就是学科的交叉,因为这种交叉的学科论文少,入手写的话也容易。
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经常拜读大牛们发表的《Science》和《Nature》,但是我们可不可以从这些文章中学到精髓,也来发表一篇高分论文呢?
举个例子,比方说发表在《Science》上的这篇文章《The STAT3-Binding Long Noncoding RNA
lnc-DC Controls Human Dendritic Cell
Differentiation》,我们得知:抑制lnc-DC可破坏体外人类外周血单核细胞以及体内的小鼠骨髓细胞分化为DC,并减小了DCs刺激T细胞活化能力。lnc-DC通过激活转录因子STAT3来调节这些效应,lnc-DC直接结合细胞质中的STAT3上,通过阻止STAT3结合SHP1及脱磷酸作用,提高STAT3在tyrosine-705上磷酸化。这篇文章主要涉及的内容有树突状细胞的分化和功能,来搜索一下“Dendritic
cell differentiation and
function”,搜索结果很多,可以设置“影响因子”和“是否拥有样本”缩小范围来进行下一步筛选。如果只是简单的翻阅文章可能理解的还不够深入,我们可以使用文章提供的样本来还原作者的实验思路,甚至还有可能发现更多。
图1 搜索结果及筛选工具
图2 Science文章及样本界面
OK,就看Science这篇文章,文章和样本中提到Monocytes经过6个时间点分化为Dendritic
Cell,而这批数据通过HTA
2.0芯片检测可获得mRNA、lncRNA表达数据。根据从GCBI-Sample下载的数据(GSE54143),首先我们可以分析mRNA、lncRNA随分化时间而发生表达变化的趋势,同时对mRNA进行GO、Pathway分析,不仅如此,我们还可以分析lncRNA调控mRNA的共表达网络,找到核心调控lncRNA和mRNA。
图3 拓展分析思路图
运行方案后稍等10-20分钟,就可以查看各部分详细结果并下载完整的结果报告。结果很多,包括刚才提到的显著mRNA、lncRNA及其趋势等,而在共表达网络图部分发现一些核心基因CCL22、TFRC、SELL、IL23A、FOSB。
图4 lncRNA和mRNA共表达网络图
这些基因不了解没关系,接下来再回到知识库以Immune为关键词检索文献,发现共有905027篇,而与刚才提到的基因相关的文献分别为:CCL22(36篇)、TFRC(20篇)、SELL(106篇)、IL23A(176篇),而FOSB只有3篇。通过Dictionary查询,发现FOSB参与破骨细胞分化信号通路,样本为诱导单核细胞分化为树突状细胞,bingo!然而在microRNA部分只有has-miR-224-5p已经被验证过,由于最近ceRNA研究很热,这可以作为下一个研究课题。
好的,我们来梳理一下:文章提到了转录因子STAT3和lnc-DC之间的关系,通过对数据的挖掘再分析,发现核心基因FOSB以及相关miRNA,而这些都是文章没有提到同时研究很少,那么我们是不是可以做点什么了?
来源:医学生学术
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我院在《Science》杂志“The Art and Science of Traditional Medicine”专题发表文章
时间:[]&&&&
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&&& 我院复杂体系分离分析与新药创制团队关于创新药物开发思路及方法的论文A novel drug discovery strategy inspired by traditional medicine philosophies在1月16日出版的《Science》 “传统医药的艺术与科学”(The Art and Science of Traditional Medicine)专题(Science, 347 (6219Suppl): S38-S40, 2015)中发表。&&& 我院赵新锋副教授和郑晓晖教授为共同第一作者,郑建斌教授和英国剑桥大学樊台平教授(我院陕西省“百人计划”入选者)为共同通信作者,我院为第一署名单位。该论文在深入理解中药配伍理论的基础上,围绕“君-使对药”体内效应物质研究,以中药等复杂体系为对象,建立了中药有效成分群色谱-质谱化学成分辨识、因果关系数理模型辨识和受体色谱活性辨识等系列辨识技术,从而建立了一种简便的基于传统中医药的创新药物开发新策略。&&& 传统药物作为人类治疗疾病的主要手段和近200年来高效创新药物开发的重要源泉,已得到世界各国的广泛关注。美国《Science》杂志社于2012年3月开始在全球范围内邀请传统医药研究领域的杰出专家,组建编辑委员会,征集全球传统医药方面的研究,筛选出标志性研究成果,在《Science》上以专题发表,以推动传统医药与现代医药的有效融合及发展。&&& 复杂体系分离分析与新药创制团队自2002年起先后协同英国剑桥大学、北京大学医学部和北京中医药大学等科研机构,围绕复方成分分离分析及代谢和以此为基础的高效创新药物开发展开了系统研究,提出了一种高效创新药物研发新策略。在日发表的《Science》周刊中,编辑部寄语认为该策略深入理解了中药君、臣、佐、使配伍理论的精髓,是一种简便的创新药物开发新模型。上述研究先后获得了2项国家重大新药创制专项项目、1项国家科技支撑计划项目、1项国家重大科学仪器设备开发专项项目、1项长江学者和创新团队发展计划项目、13项国家自然科学基金项目和9项其他省部级重大项目的资助。现已获得中国发明专利授权7项,获得国际PCT发明专利(美国、加拿大、俄罗斯、新加坡、韩国、新西兰、澳大利亚、日本等34个国家或地区专利授权)。论文链接:
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