冷轧变形非晶合金Fe_(80)B_(20)的X射线衍射研究和径向分布函数RDF的测定--《冶金分析与测试(冶金物理测试分册)》1984年02期
冷轧变形非晶合金Fe_(80)B_(20)的X射线衍射研究和径向分布函数RDF的测定
【摘要】：作者测定并比较了Fe_(30)B_(20)非晶合金薄带在冷轧变形前后的X射线衍射图谱及其径向分布函数RDF的曲线。
【作者单位】：
【关键词】：
【正文快照】：
一、前言 一些非晶合金具有优良的磁学性能、高的强度和优异的耐腐蚀性能。非晶材料的特殊性能与它的微观结构之间的关系,引起了结构研究者的广泛注意。但是一般来说,非晶结构的研究还处于积累事实的阶段。 非晶合金在制成各种成品时,通常要受到剪切或其它使之发生变形的作用
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径向分布函数理论的研究与应用
该文用PY法和MSA法计算硬球模型的RDF,用MSA法计算Square-Well(SW)模型的RDF,用SEXP法计算了Lennard-Jones(LJ)12-6模型的RDF,并在LJ12-6模型的基础上推导了LJ9-6模型的RDF的解析式,计算了在不同条件下该模型的RDF.将各种模型的计算值与分子模拟(MC)值进行了全面的比较,结果表明计算结果可靠而且计算时间较短.RDF应用相当广泛,如果知道分子间位能函数和反映流体结构和径向分布函数的具体形式,就可以从理论上推导状态方程,并进一步计算其他各种热力学性质.该文推导硬球模型压缩因子的解析式,用MSA法计算了SW模型的热力学性质,用SEXP法计算了LJ12-6模型的热力学性质,推导了LJ9-6模型的内能、压缩因子、和Helmholtz自由能的解析式,度计算了不同条件下该模型的热力学性质.
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径向分布函数解析
我做盐水溶液的经典分子动力学模拟，在分析径向分布函数时遇到一些问题，向大家求助
1、径向分布图中g(r)的量纲是什么？g(r)最高峰的高度代表什么意思？不同的体系可以通过比较峰的高度来说明相互作用的强弱吗？
2、两个溶液的个g(r)图进行比较时，在第一壳层中，A线峰的高度比B线高，但是相应的配位数却是B线对应的体系的大，着怎样解释？
谢谢:hand:
可以通过不同径向分布的峰高比较两种相互作用强度大小吗？
两条径向分布曲线中其中一条峰的高对比较高，但是相应的配位数却比第二条小，应该怎样理解？
两条径向分布曲线中其中一条峰的高对比较高，但是相应的配位数却比第二条小，应该怎样理解？
径向分布.gif
我不是刚说过吗？配位数是看面积的，不是峰高决定的。
嗯，我的意思是有时候峰高度很大，但是配位数却相应比较小，就像图中那条黑色的线，峰高是最高的但是对应第一壳层的配位数却是最小的，这两者之间出现这样的情况并不矛盾吗？
哦，原来你这是不同原子分数的体系来比较，Cl原子的数密度不一样。你看一下配位数计算的公式就明白了，公式里除了面积以外，还有个系数。
你好，想请教一下，我做表面吸附的想得到吸附分子中的某一原子比如（C）与吸附表面之间的径向分布 函数，怎么set？谢谢
这个不能单纯set就能实现吧，一个原子到一个平面的垂直距离，得编写脚本，我不会啊
您好，我做RDF的时候发现改变Interval的值，径向分布函数峰值也会有变化，这是为什么呢？一个晶胞的配位数是个定值吗？
峰值变化了多少呢？你的Interval又改变了多少呢？
不好意思啊，没有讲清楚。。。。Interval从0.05改成0.2，峰值从7变到了5.5
你interval变到0.2nm，点的间隔就是0.2nm，峰说不定在0.1到0.3之间了，就不显示了
您好！图上是我计算的径向分布函数，我做的是水与金属氧化物表面的相互作用，图是选择所有水中的H原子与金属氧化物中所有氧原子分析出来的径向分布函数，这个正常嘛，水分子有1240个，峰值特别小，而且峰特别多，不知道怎么分析，求指点一二，万分感谢:)
QQ截图19.jpg
请问这个现在会分析了吗？溶液中原子比较混乱，会出现峰低而多的情况，请问，你的这个图能说明说明情况？能反映H与金属氧化物中O的相互作用吗？
我重新算了，下图 分子数确实比较乱的，还是不怎么好
QQ截图22.jpg
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扫描下载送金币空间分布函数SDF的计算及三维图示
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|个人分类:|系统分类:|关键词:SDF 图形化
空间分布函数SDF的计算及三维图示 17:52:00 硕士生李耀对此文有所贡献基本概念分子动力学模拟中常以径向分布函数(radical distribution function, RDF)来描述粒子周围环境的分布特性, 并表征其短程有序性. 分布函数的概念可推广到三维$,$ 三维空间的分布函数被称为空间分布函数(spatial distribution function, SDF), 可定义为与粒子的局部数密度与平均数密度之比 Ω(x,y,z)=ρ(x,y,z)ρˉ, 数学实质是三维的某种密度分布.一般来讲, 三维密度函数的图示方法有好几种, 其中主要的几种在量子化学的轨道图示中都有使用过, 如点云图, 径向分布图, 角度分布图, 等值面图, 切面图. 此外还有几种图示方法是计算流体力学中常用的, 在化学中使用较少.计算方法SDF计算过程与具体体系相关, 不易统一, Gromacs提供了一个g_spatial的工具, 但使用不是很方便. 很多人使用gOpenMol, 如 . 我没有使用过gOpenMol, 无法评论.下面是SDF的计算方法中心分子: 确定要分析的目标分子PBC平移: 将每一个目标分子平移至原点作为中心, 根据周期性边界条件(periodic boundary condition, PBC)对其他分子进行相应平移最佳叠合/旋转一致: 对PBC平移后的构型进行最佳叠合或旋转, 使中心分子取向一致统计密度: 利用中心分子取向一致后的构型统计其周围粒子的密度分布几点说明PBC平移的方法可参考我的博文.若每帧轨迹中含有N个目标分子, 则每帧轨迹最多可得到N个构型. 使用每个目标分子作为中心分子是为了充分利用每帧的数据, 如果你的轨迹文件时间很长, 每帧只使用一个中心分子也可以最佳叠合/旋转一致过程我以前也简略. 如果中心分子在MD过程中构型变化不大, 或其关键部分是刚性的, 变化不大, 那么只要选择中心分子上不共线的三个原子, 第一个原子作原点, 第二个原子处于x轴正向, 第三个原子处于xy平面, z轴垂直于三个原子所在的平面, 将所有PBC平移后的构型都旋转至标准取向即可. 严格来说, 应该对中心分子做最佳叠合, 使所有中心分子相对于参考中心分子的位置的偏差(RMSD)最小. 这不是一个简单的工作, 但可利用四元数方法解决.多个分子的叠合显示可利用Jmol或VMD. VMD支持的多帧XYZ文件, 原子类型及数目必须固定, 有时使用不便; Jmol支持的XYZ文件更宽泛, 但无法操控太大的文件.VMD处理大文件的能力很赞, 一百万个原子轻松, 再多点稍困难. 我最大操作四百万个原子, 比较卡了.统计密度时, 一般是使用直角坐标, 将整个空间分为若干均匀的小格子, 然后统计每个小格子中出现的原子个数, 再除以小格子的体积, 平均, 得到原子的数密度, 将此密度与平均密度相比, 得到SDF.统计密度时, 可只统计中心分子附近某一区域内的(可由RDF获知), 因离中心分子很远的地方SDF基本趋于均匀, 意义不大一般需要对多帧轨迹进行计算统计, 直至算出的SDF数值收敛.一般将SDF保存为cube文件. cube文件格式始于Gaussian, 但现在已基本成为标准格式了. 具体格式可参考Gaussian手册或卢天的博文 .cube文件的可视化程序很多, 大凡好点的分子可视化程序都支持, 常用的如GaussView, VMD, Jmol, ChemCraft, Chemirea, gOpenmol. 如果要同时显示多个等值面, GaussView可能不是一个好的选择, VMD可能最简单, 具体方法可参考 代码CntAtmRotMolSDF具体示例以一帧含5000个水分子的构型为例, 计算水分子周围O原子的SDF.目标分子, 水分子, 此帧5000个以每个水分子为中心, 其余水分子PBC平移至[-L/2, L/2]范围内, 共得5000个构型. 其中一个如下将中心水分子进行叠加显示, 可见最佳叠合/旋转一致前, 由于取向随机, 中心O原子周围H原子基本成球状分布,中心水分子周围其他水分子分布也呈均匀分布将中心水分子旋转一致后, 中心O原子周围H原子分布与单个水分子类似, 但由于水分子构型在MD过程中有变化, 不会完全重合旋转一致后, 中心水分子周围其他水分子的分布不再均匀, 显示出各向异性, 这种各向异性从叠合后的构型图也可看出,O原子分布 H原子分布 水分子分布 计算cube文件, 利用VMD显示等值面, 两个不同值的等值面(蓝色为5, 红色为10)如下, 水分子周围H氢键的四面体结构很明显
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