PAX系列-红狮仪表-PAXCDS40-布赫（上海）流体技术有限公司
美国红狮仪器仪表供应美国REDLION传感器、REDLION信号转换器、REDLION控制器、REDLION计数器、REDLION信号转换模块
&联系人：魏娜电话021-
手机 QQ: 传真：021-&
RedLion产品主要有：人机界面、模块化PID控制器、工业数据平台、传感器、信号转换器、过程仪表、PID控制器、计数器、速率表、定时器、PAX仪表可选扩展卡、通用信号转换模块、无源隔离模块。&
REDLION部分型号列举：G303、G306A、G306C、G308A、G308C、G310C、G310S、G315C、CSMSTRV2、CSMSTRLE、CSMSTRSX、CSMSTRGT、CSPID1/CSPID2、CSTC8000、CSRTD600、CSINI800/CSINI8L0、CSINV800、CSDIO14、CSSG1、CSOUT、DSPLE000、DSPSX000、DSPGT000、PAXP、PAXDP、PAXD、PAXH、PAXS、PAXT、CUB5I、CUB5TC、CUB5V、CUB5P、T16、P16、T48、P48、TCU、PCU、TSC、PSC、DLC、DLCD、DLCN、PAXI、PAXC、LG/LGP、C48C、PAXLC、CUB4L、CUB5B000/CUB5R000、CUB7/CUB7W/CUB7P、PAXR、PAXLR000、PAXCK、C48T、PAXLPT00、CUB7T、UB5T、PAXCDS10、PAXCDS20、PAXCDS30、PAXCDS40、&
美国红狮仪器仪表美国红狮Redlion模块化温度控制器CSOUT&
产品简介：&
产品名称：CSOUT&
所属系列：模块化控制器&
所属品牌：红狮控制产品&
详细信息：&
4通道模拟量输出模块&
MC系列高密度模拟量输出模块&
模拟量输出范围可选：0-5VDC,0-10VDC,&10VDC，nd0/4-20mADC&
输出量彼此隔离，同时隔离与后面板&
输出可通过软件进行配置，标定&
美国红狮仪器仪表自动寻址功能，为您节省配置时间&
可以和CS系列模块共同使用&
RedLion控制系统制造公司位于美国的宾西法尼亚州，他可以制造多种工业控制产品从定时器和计数器到精密复杂的人机界面。其现代化的厂房占地面积为100,000平方英尺。其具有最新的贴片安装和板上芯片的生产能力。RedLion产品主要有：人机界面、模块化PID控制器、工业数据平台、传感器、信号转换器、过程仪表、PID控制器、计数器、速率表、定时器、PAX仪表可选扩展卡、通用信号转换模块、无源隔离模块&
美国红狮RedLion控制部分产品目录:AAMA3535AAMR6436ADI2R11AADI2R11DADI4T11AADI4T11DADI4Y11AADI4Y11DAIMI0202AIMR5306APLCK000APLCK010APLCL400APLCL401APLCL410APLCL411APLHV400
APLHV410APLIA400APLIA410APLID400APLID410APLIT405APLIT415APLLP500APLPT400APLPT410APLPT500APLPT510APLPV400APLPV401APLPV410APLPV411APLR0600APLR0610APLR0630APLRI600APLRI610
A美国红狮仪器仪表PLRI630APLSG400APLSG410APLSP3A0APLSP3B0APLSP4A0APLSP4B0APLSP5A0APLSP5B0APLSP6A0APLSP6B0APLT0600APLT0610APLT0800APLT0810APLTC400APLTC401APLTC402APLTC403APLTC404APLTC405
APLTC410APLTC411APLTC412APLTC413APLTC414APLTC415ARA10256ARA11024ARC10256ARC11024 &
APLCK010 APOLLO CURRENT LOOP INDICATORS APLCL400 APLCL401 APLCL410 APLCL411 APOLLO POWER-LINE MONITORS APLHV400 APLHV410 APOLLO CURRENT METERS APLIA400 APLIA410 APLID400 APLID410 APLIT405 APLIT415 APOLLO LOOP POWERED INDICATOR APLLP500 APOLLO PROCESS TIME INDICATORS APLPT400 APLPT410 APLPT500 APLPT510 APOLLO PROCESS VOLTMETER APLPV400 APLPV401 APLPV410 APLPV411 APOLLO RATE INDICATORS APLR0600 APLR0610 APLR0630 APLRI600 APLRI610 APLRI630 APOLLO STRAIN-GAGE INDICATORS APLSG400 APLSG410 APOLLO SLAVE DISPLAYS APLSP3A0 APLSP3B0 APLSP4A0 APLSP4B0 APLSP5A0 APLSP5B0 APLSP6A0 APLSP6B0 APOLLO THERMOCOUPLE INDICATORS APLTC400 APLTC401 APLTC402 APLTC403 APLTC404 APLTC405 APLTC410 APLTC411 APLTC412 APLTC413 APLTC414 APLTC415 APOLLO VOLTMETERS APLVA400 APLVA410 APLVD400 APLVD410 SIGNAL CONDITIONING DIN RAIL MODULES APMR0016 APMR0086 APMR0096 ACCESSORIES APS01000 APS02000 APSCM010 APSCM100 APSIS000 &红狮仪表APSIS010 C-FACE QUAD PHASE ENCODERS ARA10256 ARA11024 ARC10256 ARC11024 C FLANGE ADAPTER RINGS MAGNETIC PICK-UP ARCJ1000 ARCJ1A00 ARCJ1B00 C FLANGE ADAPTER RINGS WITH HESS SENSOR ARCJ10Z0 ARCJ1AZ0 ARCJ1BZ0 C FLANGE ADAPTER RINGS MAGNETIC PICK-UP ARCJ2000 ARCJ2A00 ARCJ2B00 ARCJ2C00 C FLANGE ADAPTER RING11:58 S WITH HESS SENSOR ARCJ20Z0 ARCJ2AZ0 ARCJ2BZ0 ARCJ2CZ0 MISCELLANEOUS PRODUCTS ASTC0000 APOLLO ACCESSORY BOARDS FOR SLAVE DISPLAY ATB10000 ATB20000 ATB30000 ATB40000 SIGNAL CONDITIONING DIN RAIL MODULES AVMI1133 DIN RAIL RELAY TERMINAL BLOCKS AVMR0037 AVMR4037 BI-DIRECTIONAL MOTION DECODER BDMD1000 BDMD2000 BASE MOUNT KITS BMK10000 BMK1A000 BMK20000 BMK30000 BMK40000 BMK50000 BMK60000 BMK70000 BMK80000 BMK90000 ACCESSORIES BNA00000 BNL00000 BNL10000 C48 BATCH COUNTERS C48CB001 C48CB003 C48CB004 C48CB005 C48CB008 C48CB009 C48CB011 C48CB014 C48CB100 C4红狮仪表C48CB109 C48CB110 C48CB111 C48CB114 C48CB119 C48 2 PRESET COUNTER C48CD002 C48CD005 C48CD007 C48CD012 C48CD015 C48CD017 C48CD100 C48CD101 C48CD102 C48CD105 C48CD106 C48CD107 C48CD110 C48CD111 C48CD112 C48CD115 C48CD116 C48CD117 C48 2 PRESET COUNTER w/PRESCALER C48CP001 C48CP005 C48CP011 C48CP015 C48CP100 C48CP101 C48CP105 C48CP110 C48CP111 C48CP115 C48 1 PRESET COUNTER C48CS003 C48CS004 C48CS013 C48CS014 C48CS103 C48CS104 C48CS113 C48CS114 C48 2 PRESET TIMER C48TD001 C48TD002 C48TD005 C48TD007 C48TD011 C48TD012 C48TD101 C48TD102 C48TD105 C48TD106 C48TD107 C48TD111 C48TD112 C48TD116 C48TD117 C48 1 PRESET TIMER C48TS003 C48TS004 C48TS013 C48TS014 C48TS103 C48TS104 C48TS113 C48TS114 CABLE ASSEMBLIES CBJ11A07&
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[-tj_pname-]14PROM.CDS.3-YHSC (用户手册)
上亿文档资料，等你来发现
14PROM.CDS.3-YHSC (用户手册)
博创兴盛机器人；UP-TECHRobotics.；部件使用指导；User’sManualofRoboticPar；机器人舵机CDS5500用户手册；ProMotionCDSSeriesUser’s；文件编号：PROM.CDS.2；文件修订记录：；版本号V1.0.0；V1.0.1V1.0.2；3第一章部件概述?...............；
博创兴盛机器人UP-TECH Robotics.部件使用指导User’s Manual of Robotic Parts 机器人舵机CDS5500用户手册ProMotion CDS Series User’s Manual? ?文件编号：PROM.CDS.2-YHSC 发布日期：发布 执行日期：执行 版本号： V1.0.2 文件修订记录：版本号 V1.0.0V1.0.1 V1.0.2 3 第一章 部件概述?...........................................................................................................................?1.1产品特性?.......................................................................................................................................?3 1.2结构尺寸?.......................................................................................................................................?3 1.3电气连接?.......................................................................................................................................?4 第二章 通信协议?...........................................................................................................................?6 2.1通信协议概要?...............................................................................................................................?6 2.2指令包?...........................................................................................................................................?6 2.3 应答包?..........................................................................................................................................?6 2.4 指令类型?......................................................................................................................................?7 第三章 内存控制表?......................................................................................................................?11 3.1 内存控制表?................................................................................................................................?11 3.2 电机调速模式?............................................................................................................................?14 第四章 示例?.................................................................................................................................?15 附录?..............................................................................................................................................?18 CDS5500电气原理框图?.....................................................................................................................?18 控制器示例代码?................................................................................................................................?18修订人 何裕德 徐俊辉 何裕德 何裕德时间
拟制 审核 修改 修改备注用户手册 ProMotion CDS Series User’s Manual――――第一章 部件概述1.1产品特性proMOTION CDS系列机器人舵机属于一种集电机、伺服驱动、总线式通讯接口为一体的集成伺服单元，主要用于微型机器人的关节、轮子、履带驱动，也可用于其他简单位置控制场合。CDS 5500的特点如下所示：?? 大扭矩：10Kgf?cm的持续转动输出扭矩，?? 位置伺服控制模式下转动范围0-300°大于20Kgf?cm位置保持扭矩 ?? 可设置为电机模式整周旋转，开环调速 ?? 高转速：最高0.16s/60°输出转速 ?? 总线连接，理论可串联254个单元?? 高达1M通讯波特率 ?? DC 6.5V～8.4V宽电压范围供电?? 0.32°位置分辨率 ?? 0.25KHz的伺服更新率 ?? 双端输出轴，适合安装在机器人关节 ?? 兼容Robotis Dynamixel通讯协议 ?? 高精度全金属齿轮组，双滚珠轴承 ?? 具备位置、温度、电压、反馈 ??连接处O型环密封，防尘防溅水1.2结构尺寸?1.3电气连接1.3.1 引脚定义proMOTION CDS系列机器人舵机电气接口如下图，两组引脚定义一致的接线端子可将舵机逐个串联起来。?1.3.2舵机通讯方式CDS5500具备总线接口，理论多至254个机器人舵机可以通过总线组成链型，通过UART异步串行接口统一控制。每个舵机可以设定不同的节点地址，多个舵机可以统一运动也可以单个独立控制。CDS5500的通讯指令集开放，通过异步串行接口与用户的上位机(控制器或PC机)连接，用户可对其设置、控制。通过异步串行接口发送指令，CDS5500可以设置为电机控制模式或位置控制模式。 在电机控制模式下，CDS5500可以作为直流减速电机，速度可调；在位置控制模式下，CDS5500拥有0-300°的转动范围，在此范围内具备精确位置控制性能，速度可调。只要符合协议的半双工UART异步串行接口都可以和CDS5500进行通讯，对CDS5500进行各种控制。主要有以下两种形式： 方式1：通过调试器控制CDS5500PC机会将调试器识别为串口设备，上位机软件通过串口发出符合协议格式的数据包，经调试器转发给CDS5500。CDS5500会执行数据包的指令，并且返回应答数据包。CDS Series Debuger是博创推荐调试软件，用户也可根据本手册提供的协议设计专用的PC端软件。 方式2：通过专用控制器控制CDS5500方式1可以快捷地调试CDS系列机器人舵机、修改各种性能与功能参数。但是，这种方式离不开PC机，不能搭建独立的机器人构型。用户可以设计专用的控制器，通过控制器的UART端口控制舵机，1.3.3小节给出了控制器UART接口原理图，附录给出了控制器的示例代码。1.3.3 UART接口原理图CDS系列机器人舵机用程序代码对UART异步串行接口进行时序控制，实现半双工异步串行总线通讯，通讯速度可高达1Mbps，且接口简单、协议精简。在用户自行设计的控制器中，用于和CDS5500通讯的UART接口必须如下图所示进行处理。 ? 包含各类专业文献、中学教育、各类资格考试、高等教育、外语学习资料、文学作品欣赏、应用写作文书、14PROM.CDS.3-YHSC (用户手册)等内容。　
　3(V1[1].0)交流配电屏用户... 75页 免费 PROM.CDS.3-YHSC....21 1 生产管理系统使用手册C变电试验 变电试验手持终端 华北电网公司 500kV ...&& 查看话题
16S rDNA常用引物序列
16S rDNA常用引物序列，喜欢的朋友可以看一看
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【转载】分子进化树构建及数据分析的简介+oldfish的批评意见
分子进化树构建及数据分析的简介
mediocrebeing, rodger, lylover[1], klaus, oldfish,
开始动笔写这篇短文之前，我问自己，为什么要写这样的文章？写这样的文章有实际的意义吗？我希望能够解决什么样的问题？带着这样的疑惑，我随手在丁香园（DXY）上以关键字“进化
分析 求助”进行了搜索，居然有289篇相关的帖子（2006年9月12日）。而以关键字“进化 分析”和“进化”为关键字搜索，分别找到2,733和7,724篇相关的帖子。考虑到有些帖子的内容与分子进化无关，这里我保守的估计，大约有3,000~4,000篇帖子的内容，是关于分子进化的。粗略地归纳一下，我大致将提出的问题分为下述的几类：
1．涉及基本概念。例如，“分子进化与生物进化是不是一个概念”，“关于微卫星进化模型有没有什么新的进展”以及“关于Kruglyak的模型有没有改进的出现”，等等。
2．关于构建进化树的方法的选择。例如，“用boostrap
NJ得到XX图，请问该怎样理解？能否应用于文章？用boostrap
test中的ME法得到的是XXX树，请问与上个树比，哪个更好”，等等。
3．关于软件的选择。例如，“想做一个进化树，不知道什么软件能更好的使用且可以说明问题，并且有没有说明如何做”，“拿到了16sr
RNA数据，打算做一个系统进化树分析，可是原来没有做过这方面的工作啊，都要什么软件”，“请问各位高手用clustalx做出来的进化树与phylip做的有什么区别”，“请问有做过进化树分析的朋友，能不能提供一下，做树的时候参数的设置，以及代表的意思。还有各个分支等数值的意思，说明的问题等”，等等。
4．蛋白家族的分类问题。例如，“搜集所有的关于一个特定domain的序列，共141条，做的进化树不知具体怎么分析”，等等。
5．新基因功能的推断。例如，“根据一个新基因A氨基酸序列构建的系统发生树，这个进化树能否说明这个新基因A和B同源，属于同一基因家族”，等等。
6．计算基因分化的年代。例如，“想在基因组水平比较两个或三个比较接近物种之间的进化年代的远近，具体推算出他们之间的分歧时间”，“如何估计病毒进化中变异所需时间”，等等。
7．进化树的编辑。例如生成的进化树图片，如何进行后续的编辑，比如希望在图片上标注某些特定的内容，等等。
由于相关的帖子太多，作者在这里对无法阅读全部的相关内容而致以歉意。同时，作者归纳的这七个问题也并不完全代表所有的提问。对于问题1所涉及到的基本的概念，作者推荐读者可参考由Masatoshi
Nei与Sudhir
Kumar所撰写的《分子进化与系统发育》（Molecular Evolution
and Phylogenetics）一书，以及相关的分子进化方面的最新文献。对于问题7，作者之一lylover一般使用Powerpoint进行编辑，而Photoshop、Illustrator及Windows自带的画图工具等都可以使用。
这里，作者在这里对问题2-6进行简要地解释和讨论，并希望能够初步地解答初学者的一些疑问。
二、方法的选择
First of all, I have no intention to be
offensive, please take my apology if you feel like that. I am not
sure about the purpose of this draft, is it only for watering
or& something else? Simply ignore my
suggestions when you think it's reasonable.
首先是方法的选择。基于距离的方法有UPGMA、ME（Minimum
Evolution，最小进化法）和NJ（Neighbor-Joining，邻接法）等。其他的几种方法包括MP（Maximum
parsimony，最大简约法）、ML（Maximum
likelihood，最大似然法）以及贝叶斯（Bayesian）推断等方法。其中UPGMA法已经较少使用。
一般来讲，如果模型合适，ML的效果较好。对近缘序列，有人喜欢MP，因为用的假设最少。MP一般不用在远缘序列上，这时一般用NJ或ML。对相似度很低的序列，NJ往往出现Long-branch
attraction（LBA，长枝吸引现象），有时严重干扰进化树的构建。(All
tree-reconstruction methods suffer from long branch attraction
including ML, the situation is the worst for MP. Better mention it
is not only for NJ.)贝叶斯的方法则太慢。(MP can also be
extremely slow if we have a large number of sequences because of
all the possible “equally parsimonious
trees”)对于各种方法构建分子进化树的准确性，一篇综述（Hall
BG. Mol Biol Evol ):792-802）认为贝叶斯的方法最好，其次是ML，然后是MP。其实如果序列的相似性较高，各种方法都会得到不错的结果，模型间的差别也不大。(Maybe
it is worthwhile to list another two review papers, Trends in
Genetics 17:262&272 (2001), Nature Rev. Genet. 4:275&284(2003).
They were not branch newly published in 2005 or 2006, but they
comprehensive and actually the basic ideas never
对于NJ和ML，是需要选择模型的。(For
distance methods like NJ, the single most important thing is the
distance matrix while we do not have to obtain this matrix under a
specific substitution model.) 对于各种模型之间的理论上的区别，这里不作深入的探讨，可以参看Nei的书。对于蛋白质序列以及DNA序列，两者模型的选择是不同的。以作者的经验来说，对于蛋白质的序列，一般选择Poisson
Correction（泊松修正）这一模型。而对于核酸序列，一般选择Kimura
2-parameter（Kimura-2参数）模型。(I
am really confused by these recommendations because there are tons
of works to show reasonably more complicated models perform much
better than these simple models. Poisson-Correction model can be
thought as the protein version of Jukes-Cantor model, which is the
simplest probabilistic model for nucleotide substitutions. It's
also quite unrealistic to assume the equal nucleotide frequencies
by using K2P.)如果对各种模型的理解并不深入，作者并不推荐初学者使用其他复杂的模型。(I
do think it is worthwhile to know something about the models
instead of using default settings only, maybe you can introduce
David Posada's ModelTest software here.)
Bootstrap几乎是一个必须的选项。一般Bootstrap的值&70，则认为构建的进化树较为可靠。如果Bootstrap的值太低，则有可能进化树的拓扑结构有错误，进化树是不可靠的。(Is
it reasonable to say “the tree topology is wrong” when we don't
even know the correct answer? Maybe just mention the tree is
unreliable is enoug
对于进化树的构建，如果对理论的了解并不深入，作者推荐使用缺省的参数。需要选择模型的时候（例如用NJ或者ML建树），对于蛋白序列使用Poisson
Correction模型，对于核酸序列使用Kimura-2参数模型。(Again,
I do not like these recommendations.)另外需要做Bootstrap检验，当Bootstrap值过低时，所构建的进化树其拓扑结构可能存在问题。并且，一般推荐用两种不同的方法构建进化树，如果所得到的进化树类似，则结果较为可靠。
三、软件的选择
表1中列出了一些与构建分子进化树相关的软件。
构建NJ树，可以用PHYLIP（写得有点问题，例如比较慢，并且Bootstrap检验不方便）或者MEGA。MEGA是Nei开发的方法并设计的图形化的软件，使用非常方便。作者推荐MEGA软件为初学者的首选。虽然多雪列比对工具ClustalW/X自带了一个NJ的建树程序，但是该程序只有p-distance模型，而且构建的树不够准确，一般不用来构建进化树。(The
guide tree in ClustalX takes the distance matrix based on the
scoring matrix, this kind of measure for evolutionary distance is
sloppy, I guess that's why it is called “guide tree”.)
构建MP树，最好的工具是PAUP，但该程序属于商业软件，并不对学术免费。因此，作者并不建议使用PAUP。而MEGA和PHYLIP也可以用来构建进化树。这里，作者推荐使用MEGA来构建MP树。理由是，MEGA是图形化的软件，使用方便，而PHYLIP则是命令行格式的软件，使用较为繁琐。对于近缘序列的进化树构建，MP方法几乎是最好的。
构建ML树可以使用PHYML，速度最快。或者使用Tree-puzzle，速度也较快，并且该程序做蛋白质序列的进化树效果比较好。而PAML则并不适合构建进化树。ML的模型选择是看构出的树的likelihood值，从参数少，简单的模型试起，到likelihood值最大为止。ML也可以使用PAUP或者PHYLIP来构建。这里作者推荐的工具是BioEdit。BioEdit集成了一些PHYLIP的程序，用来构建进化树。Tree-puzzle是另外一个不错的选择，不过该程序是命令行格式的，需要学习DOS命令。PHYML的不足之处是没有win32的版本，只有适用于64位的版本，因此不推荐使用。(It
is not true, PhyML has compiled executables for standard PC running
windows.)值得注意的是，构建ML树，不需要事先的多序列比对，而直接使用FASTA格式的序列即可。(This
is not true. As I know, all the evolutionary models incorporating
indels are not practical at this stage and they are not widely
implemented at all.)
贝叶斯的算法以MrBayes为代表，不过速度较慢。(It is not true. ML can
be even slower when the surface of likelihood is very flat, the
optimization procedure will almost never get to that peak. Th power
of taking into account the uncertainty in tree reconstruction
Bayesian framework should anyway be mentioned somewhere due to
popularity of Bayesian methods.)一般的进化树分析中较少应用。(No, I don't
agree)由于该方法需要很多背景的知识，这里不作介绍。
&表1 构建分子进化树相关的软件
需要注意的几个问题是，其一，如果对核酸序列进行分析，并且是CDS编码区的核酸序列，一般需要将核酸序列分别先翻译成氨基酸序列，进行比对，然后再对应到核酸序列上。这一流程可以通过MEGA
3.0以后的版本实现。MEGA3现在允许两条核苷酸，先翻成蛋白序列比对之后再倒回去，做后续计算。其二，无论是核酸序列还是蛋白序列，一般应当先做成FASTA格式。FASTA格式的序列，第一行由符号“&”开头，后面跟着序列的名称，可以自定义，例如user1，protein1等等。将所有的FASTA格式的序列存放在同一个文件中。文件的编辑可用Windows自带的记事本工具，或者
EditPlus（google搜索可得）来操作。文件格式如图1所示：
FASTA格式的序列
另外，构建NJ或者MP树需要先将序列做多序列比对的处理。作者推荐使用ClustalX进行多序列比对的分析。多序列比对的结果有时需要后续处理并应用于文章中，这里作者推荐使用GeneDoc工具。而构建ML树则不需要预先的多序列比对。(Again,
I do not think this statement is correct)
因此，作者推荐的软件组合为：MEGA
3.1 + ClustalX + GeneDoc + BioEdit。
四、数据分析及结果推断
一般碰到的几类问题是，（1）推断基因/蛋白的功能；（2）基因/蛋白家族分类；（3）计算基因分化的年代。关于这方面的文献非常多，这里作者仅做简要的介绍。
推断基因/蛋白的功能，一般先用BLAST工具搜索同一物种中与不同物种的同源序列，这包括直向同源物（ortholog）和旁系同源物（paralog）。如何界定这两种同源物，网上有很多详细的介绍，这里不作讨论。然后得到这些同源物的序列，做成FASTA格式的文件。一般通过NJ构建进化树，并且进行Bootstrap分析所得到的结果已足够。如果序列近缘，可以再使用MP构建进化树，进行比较。如果序列较远源，则可以做ML树比较。使用两种方法得到的树，如果差别不大，并且Bootstrap总体较高，则得到的进化树较为可靠。
基因/蛋白家族分类。这方面可以细分为两个问题。一是对一个大的家族进行分类，另一个就是将特定的一个或多个基因/蛋白定位到已知的大的家族上，看看属于哪个亚家族。例如，对驱动蛋白（kinesin）超家族进行分类，属于第一个问题。而假如得到一个新的驱动蛋白的序列，想分析该序列究竟属于驱动蛋白超家族的14个亚家族中的哪一个，则属于后一个问题。这里，一般不推荐使用MP的方法。大多数的基因/蛋白家族起源较早，序列分化程度较大，相互之间较为远源。这里一般使用NJ、ME或者ML的方法。
计算基因分化的年代。这个一般需要知道物种的核苷酸替代率。常见物种的核苷酸替代率需要查找相关的文献。这里不作过多的介绍。一般对于这样的问题，序列多数是近缘的，选择NJ或者MP即可。
如果使用MEGA进行分析，选项中有一项是“Gaps/Missing
Data”，一般选择“Pairwise
Deletion”。其他多数的选项保持缺省的参数。
在实用中，只要方法、模型合理，建出的树都有意义，可以任意选择自己认为好一个。最重要的问题是：你需要解决什么样的问题？如果分析的结果能够解决你现有的问题，那么，这样的分析足够了。因此，在做进化分析前，可能需要很好的考虑一下自己的问题所在，这样所作的分析才有针对性。
本文由mediocrebeing在2005年9月8日所发起的讨论《关于建树的经验》扩充、修改而来。文章的作者按原贴ID出现先后排名，由lylover执笔。作者同时感谢所有参与讨论的战友。作者lylover感谢中国科大细胞动力学实验室的金长江博士所给的一些有益的建议。
lylover. Email:
yzwpf的补充
NJ,ML,Bayes均需要选择模型，对PAUP和MrBayes而言，ModelTest有专门的版本可自动选择模型，意味着它会输出两者专用的设置模型的命令，用户需要的只是将该命令简单的复制粘贴。
MrBayes和MAC5均可利用gap信息构建进化树。
ml法无需比对应该是错误的。至少在paup中未比对会出错。
计算基因分化的年代，这个更一般的是知道进化树中某两个或更多物种的分歧时间，然后可以使用r8s软件分析进化树中其他序列的分歧时间。在mega中打开树后也可进行极为简单的年代分析，但必须满足分子钟假设且无法根据多个分歧时间进行校正！
mediocrebeing的补充
想学建树的都要看看Nei那本绿皮书的相关章节。结合我个人的经验，补充几句。
先说方法的选择。有三种nj（距离法的代表）,
parsimony（最大简约）,
ml（极大似然）。一般来讲，如果模型合适，ml的效果最好。对近缘序列，有人喜欢parsimony，因为用的假设最少(的确很诱人)。其实其它方法都会很好，模型间的差别也不大。parsimony一般不用在远缘序列上，这时一般用nj或ml。对相似度很低的序列，nj往往出现long-branch
attraction，有时严重干扰构树。ml据说影响最小(某篇review说的)。
nj和ml是需要选择模型的。先说nj。nj的模型是用来算距离矩阵的，主要分极大似然模型，和mismatch模型(或p-distance)。一般人们喜欢复杂的模型（HKY84
for nucleotide, and JTT, WAG, ... for amino
acids），但p-distance对远缘序列往往有更好的效果。nei的书中有很好的评述，我的经验也是如此。还有一种叫kimura校正的，其实是p-distance在蛋白的推广。clustalw有这个选项，实际效果我认为反而不好。
ml用的都是极大似然模型。tree-puzzle的文档对各种模型的选择做了很好的评述。其实实用中差别可能并不大。没经验。
至于软件，ml树推荐用phyml，速度最快，或用paml，名气最大；parsimony推荐用老牌paup，但mega或phylip也能做，我不常做parsimony；nj的选择就太多了，出于名气考虑，可以用phylip(但写得有点问题，过慢，bootstrap不方便)，clustalw(只有p-distance，模型太少，但用着很舒服)，mega(没用过)。
tree-puzzle是个好软件，用的是所谓的四级ml近似，效果不如ml，但一般比nj好一点。建议用tree-puzzle代替phylip算距离矩阵，快的多。tree-puzzle还有许多实用功能。mega应该是个好软件，功能很多，很强。但只有windows版。我不用。这些都是有名气的，其实有许多更优秀的软件仅仅由于名气原因不为人所知。闲人们可以去phylip的网站看看。我不在这里瞎介绍了。
另外，很近缘序列一般用nucleotide，有时蛋白根本没区别；远的一定要用amino
acids。画nucleotide树，如果在cds上，一般先做amino acids
alignment，再反过来对应到nucleotide，可以用Emboss的tranalign程序，不过还是很麻烦。由于进化压力问题，对近缘序列，dS树有时效果最好，但现在画这种树很麻烦，不知mega是否有这个功能。
PS:实用中，只要方法、模型合理，建出的树都有意义，可以随便选择自己认为好一个，或用tree
fusion合并，不过这么做的人不多。如果写进化树的paper，各种方法和模型都要试试。
高手们可以来补充，我也学习一下。先谢谢了。
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